转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 57 / 167 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003383 Chr05 NC_080391.1:44823668-44823677promoter 内 1908-1917 bp - 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 44825761-44827943(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr01G005869 Chr01 NC_080387.1:74626624-74626633promoter 内 1872-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 74623630-74624504(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr04G002165 Chr04 NC_080390.1:34922880-34922889promoter 内 1809-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 34925072-34927779(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr03G000098 Chr03 NC_080389.1:1098045-1098054promoter 内 1707-1716 bp + 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 1084505-1095760(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr07G004540 Chr07 NC_080393.1:58058181-58058190promoter 内 1274-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 58054939-58055463(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr04G000684 Chr04 NC_080390.1:7983488-7983497promoter 内 1053-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 7979145-7980549(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr05G003230 Chr05 NC_080391.1:41460072-41460081promoter 内 955-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 41463118-41466014(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr04G000071 Chr04 NC_080390.1:669433-669442promoter 内 939-948 bp - 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 662723-666380(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr08G001900 Chr08 NC_080394.1:16505409-16505418promoter 内 833-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 16508577-16508650(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr07G003526 Chr07 NC_080393.1:40440968-40440977promoter 内 809-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 40444160-40446786(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr07G000730 Chr07 NC_080393.1:5092519-5092528promoter 内 782-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 5083408-5089309(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr06G002334 Chr06 NC_080392.1:33867702-33867711promoter 内 665-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 33871038-33875530(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr08G003791 Chr08 NC_080394.1:43757502-43757511promoter 内 581-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 43752043-43754091(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr02G000704 Chr02 NC_080388.1:11323721-11323730promoter 内 399-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 11317401-11320128(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr07G002719 Chr07 NC_080393.1:26648646-26648655promoter 内 322-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 26652325-26658739(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr02G003111 Chr02 NC_080388.1:52090385-52090394promoter 内 145-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 52085105-52086538(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr04G000994 Chr04 NC_080390.1:13774512-13774521promoter 内 129-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 2 13778384-13779091(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr04G004165 Chr04 NC_080390.1:56307064-56307073promoter 内 3964-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56307101-56309170(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr07G002718 Chr07 NC_080393.1:26640742-26640751promoter 内 3951-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 26640792-26648171(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr03G002140 Chr03 NC_080389.1:33337693-33337702promoter 内 3880-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33337814-33343397(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr03G000582 Chr03 NC_080389.1:6493544-6493553promoter 内 3767-3776 bp - 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 6493778-6499935(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr03G000732 Chr03 NC_080389.1:8223290-8223299promoter 内 3736-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 8216955-8223034(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr04G003605 Chr04 NC_080390.1:52516817-52516826promoter 内 3734-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52515660-52516559(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr07G004628 Chr07 NC_080393.1:59127661-59127670promoter 内 3502-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 59121469-59127171(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr07G002649 Chr07 NC_080393.1:25662238-25662247promoter 内 3477-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25659899-25661723(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr05G000052 Chr05 NC_080391.1:246410-246419promoter 内 3465-3474 bp - 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 246946-248099(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr05G000051 Chr05 NC_080391.1:236991-237000promoter 内 3426-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 237566-239845(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr07G003935 Chr07 NC_080393.1:49675712-49675721promoter 内 3382-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49674263-49675102(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr03G000281 Chr03 NC_080389.1:3209080-3209089promoter 内 3288-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3206167-3208376(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr08G000606 Chr08 NC_080394.1:4487566-4487575promoter 内 3255-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4488312-4496516(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr03G000283 Chr03 NC_080389.1:3219158-3219167promoter 内 3253-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3217644-3218419(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr04G000538 Chr04 NC_080390.1:5990195-5990204promoter 内 3158-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5988411-5989361(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr06G002008 Chr06 NC_080392.1:25782591-25782600promoter 内 3158-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25783434-25787258(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr05G000586 Chr05 NC_080391.1:4429052-4429061promoter 内 3128-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4427178-4428188(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CTAGATACGC
SmilChr07G003954 Chr07 NC_080393.1:50049604-50049613promoter 内 3091-3100 bp + 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50041000-50048703(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr08G001960 Chr08 NC_080394.1:17258189-17258198promoter 内 3065-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17259125-17260410(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr05G004058 Chr05 NC_080391.1:54537870-54537879promoter 内 3031-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 54538840-54543137(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52401895-52401904promoter 内 3028-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52395274-52400931(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
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SmilChr01G004779 Chr01 NC_080387.1:65958422-65958431promoter 内 2637-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 65959786-65963505(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG
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SmilChr02G001377 Chr02 NC_080388.1:26053325-26053334promoter 内 2614-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 26054712-26057441(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTAG