转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 61 / 152 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000350 Chr02 NC_080388.1:4524057-4524075promoter 内 3537-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 4524521-4525545(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATTCCAACCACAAACTT
SmilChr04G001759 Chr04 NC_080390.1:28911096-28911114promoter 内 3537-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 28910544-28910650(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAGTGGTGGTTGCAAGAA
SmilChr05G002537 Chr05 NC_080391.1:28318633-28318651promoter 内 3519-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 28319115-28319843(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCAGTCAACCACCTTTTT
SmilChr04G001459 Chr04 NC_080390.1:24005180-24005198promoter 内 3379-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24005802-24012038(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCAAGGTGGTTGCAGCGC
SmilChr03G002175 Chr03 NC_080389.1:33795326-33795344promoter 内 3263-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 33788937-33794606(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCGAGTGGTTGGAGACC
SmilChr02G000726 Chr02 NC_080388.1:11796231-11796249promoter 内 2991-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 11793787-11795239(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTCACAACCACTCTAGC
SmilChr01G004331 Chr01 NC_080387.1:61457359-61457377promoter 内 2910-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61454574-61456286(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTAATTT
SmilChr04G002064 Chr04 NC_080390.1:33371792-33371810promoter 内 2849-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 33368725-33370658(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCCTCAACCACATACAA
SmilChr03G003601 Chr03 NC_080389.1:54648121-54648139promoter 内 2765-2783 bp + 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54645464-54646903(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTTGGTGGTTGTGGCGG
SmilChr05G002640 Chr05 NC_080391.1:29803823-29803841promoter 内 2672-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29805152-29807568(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGTGGTGGTTGTGCGGT
SmilChr03G004246 Chr03 NC_080389.1:60964909-60964927promoter 内 2626-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 60963097-60963552(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAGATGGTTGGTGGAG
SmilChr04G000933 Chr04 NC_080390.1:12176493-12176511promoter 内 2557-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 12172227-12175067(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGTCCAACCACACACTC
SmilChr04G001505 Chr04 NC_080390.1:24763993-24764011promoter 内 2389-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24765605-24768768(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGTATGTGGTTGGTGAAG
SmilChr02G005220 Chr02 NC_080388.1:73408401-73408419promoter 内 2270-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 73404859-73406688(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAAAATTGGTTGGGATTA
SmilChr03G003556 Chr03 NC_080389.1:54212587-54212605promoter 内 2238-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54208083-54210842(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCAAGGTGGTTGCACAAT
SmilChr05G002136 Chr05 NC_080391.1:22451636-22451654promoter 内 2121-2139 bp + 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 22453516-22454850(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTCGCCAACCACCAAATA
SmilChr05G001141 Chr05 NC_080391.1:9536854-9536872promoter 内 1858-1876 bp + 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9532331-9534729(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAAGTGGTTGAATGTG
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32968794-32968812promoter 内 1820-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 32970975-32982329(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATTACAACCACTTCCAA
SmilChr05G001322 Chr05 NC_080391.1:11354910-11354928promoter 内 1706-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 11351234-11352633(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCAAGTGGTTGAGAATC
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55133032-55133050promoter 内 1689-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55135344-55138558(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTTCCAACCACTAGCAG
SmilChr01G001524 Chr01 NC_080387.1:29201048-29201066promoter 内 1609-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29203440-29206343(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGATGTGGTTGAGTTGG
SmilChr01G004576 Chr01 NC_080387.1:63808008-63808026promoter 内 1588-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 63798588-63805613(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAGTTGGTTGGACCAA
SmilChr02G000426 Chr02 NC_080388.1:5425916-5425934promoter 内 1527-1545 bp - 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 5428390-5432739(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTTTGGTGGTTGGATTGC
SmilChr03G004289 Chr03 NC_080389.1:61307365-61307383promoter 内 1497-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61302116-61304879(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACACTAGTGGTTGGAAATT
SmilChr05G001490 Chr05 NC_080391.1:13665279-13665297promoter 内 1355-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 13667925-13674438(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGGTGTAGTTGGAAAAG
SmilChr02G004388 Chr02 NC_080388.1:66242022-66242040promoter 内 1296-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 66244727-66248655(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATGGCAACCACCTACTT
SmilChr04G002063 Chr04 NC_080390.1:33371792-33371810promoter 内 679-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 33367761-33368488(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCCTCAACCACATACAA
SmilChr02G001096 Chr02 NC_080388.1:19774864-19774882promoter 内 467-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 19778398-19784710(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTTTCCAACTACCTGGGA
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69519316-69519334promoter 内 326-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 69512361-69515659(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTCCCAACCACACCTGA
SmilChr02G000311 Chr02 NC_080388.1:3918007-3918025promoter 内 128-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 3905371-3914152(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTTCCAACAACTTCTCC
SmilChr01G001553 Chr01 NC_080387.1:29521461-29521479promoter 内 116-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29514942-29517594(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACATCCCAACCACAACTCA
SmilChr01G003709 Chr01 NC_080387.1:55449370-55449388promoter 内 3960-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55449411-55453972(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCACCAACCACATTTCT
SmilChr03G001471 Chr03 NC_080389.1:17557026-17557044promoter 内 3923-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17557104-17560495(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACTACACCATC
SmilChr02G000803 Chr02 NC_080388.1:13402960-13402978promoter 内 3913-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13402053-13402890(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTCCAACTACACCATC
SmilChr03G003012 Chr03 NC_080389.1:47021127-47021145promoter 内 3913-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47021215-47022940(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTAATCCAACCACTAACTT
SmilChr02G001306 Chr02 NC_080388.1:24256753-24256771promoter 内 3800-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24254933-24256570(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATGATCAACCACCTCCGA
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25315343-25315361promoter 内 3696-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25306259-25315056(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCAAGGTGGTTGCTGCAT
SmilChr04G000473 Chr04 NC_080390.1:5044630-5044648promoter 内 3693-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5042737-5044340(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAAGTGGTTGAATGTG
SmilChr02G005594 Chr02 NC_080388.1:75692186-75692204promoter 内 3667-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75692520-75693781(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACATGTGGTTGAGAAGT
SmilChr03G002098 Chr03 NC_080389.1:32445994-32446012promoter 内 3663-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32446332-32448539(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTCAGGTGGTTGGTGACC
SmilChr01G002199 Chr01 NC_080387.1:38245237-38245255promoter 内 3641-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38245597-38251792(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCATGAGTGGTTGAAATCG
SmilChr01G002220 Chr01 NC_080387.1:38580640-38580658promoter 内 3638-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38581003-38587193(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCATGAGTGGTTGAAATCG
SmilChr02G000658 Chr02 NC_080388.1:9988405-9988423promoter 内 3635-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9986786-9988057(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTGTTGTGGTTGGAGGCC
SmilChr04G003210 Chr04 NC_080390.1:48945903-48945921promoter 内 3590-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48946314-48950345(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGCGGTGGTTGTAGCGC
SmilChr02G005583 Chr02 NC_080388.1:75652202-75652220promoter 内 3566-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75650735-75651785(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTAGGTGGTTGCAGGTT
SmilChr05G002776 Chr05 NC_080391.1:32324338-32324356promoter 内 3539-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32324800-32325667(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACATTCAACCACTTTATT
SmilChr04G003006 Chr04 NC_080390.1:46443721-46443739promoter 内 3512-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46439302-46443250(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGCGGTGGTTGTAGCGC
SmilChr05G001128 Chr05 NC_080391.1:9418033-9418051promoter 内 3454-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9417052-9417504(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTCCCAACCACAAAATC
SmilChr05G000632 Chr05 NC_080391.1:4777099-4777117promoter 内 3453-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4771763-4776569(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACATACAACCACCATTGC
SmilChr01G004647 Chr01 NC_080387.1:64550160-64550178promoter 内 3390-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64548769-64549567(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCTTCCAACCAACTTCTA