转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 61 / 160 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006166 Chr01 NC_080387.1:77091134-77091144promoter 内 2074-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 77087665-77089217(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr01G005766 Chr01 NC_080387.1:73747452-73747462promoter 内 2041-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 73749412-73754693(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTGC
SmilChr02G000243 Chr02 NC_080388.1:3133163-3133173promoter 内 2038-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3135126-3138047(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr03G004517 Chr03 NC_080389.1:63208895-63208905promoter 内 2013-2023 bp - 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 63210883-63215270(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr02G004839 Chr02 NC_080388.1:70503193-70503203promoter 内 1963-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70499630-70501165(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTAAACGGTTA
SmilChr03G000159 Chr03 NC_080389.1:1739151-1739161promoter 内 1898-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1741254-1747479(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr02G004127 Chr02 NC_080388.1:63523602-63523612promoter 内 1727-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 63520369-63521338(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G000516 Chr07 NC_080393.1:3620132-3620142promoter 内 1724-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3622409-3624551(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr01G001842 Chr01 NC_080387.1:33371424-33371434promoter 内 1711-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33362876-33369144(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGCGACGGTTA
SmilChr01G001170 Chr01 NC_080387.1:23797249-23797259promoter 内 1692-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23750700-23794950(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr02G000824 Chr02 NC_080388.1:13860452-13860462promoter 内 1658-1668 bp - 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13854850-13858119(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr05G002893 Chr05 NC_080391.1:34713826-34713836promoter 内 1549-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 34707061-34711384(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G004055 Chr07 NC_080393.1:51862405-51862415promoter 内 1528-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51857466-51859942(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G004613 Chr07 NC_080393.1:58942457-58942467promoter 内 1511-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58938947-58939977(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr07G004614 Chr07 NC_080393.1:58952911-58952921promoter 内 1511-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58949401-58950431(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr01G003457 Chr01 NC_080387.1:53144144-53144154promoter 内 1505-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53138650-53141658(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr01G003458 Chr01 NC_080387.1:53153592-53153602promoter 内 1504-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53148162-53151105(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr01G000306 Chr01 NC_080387.1:5970873-5970883promoter 内 1501-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 5966236-5968383(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G004217 Chr07 NC_080393.1:54371401-54371411promoter 内 1452-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 54364349-54368862(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTAC
SmilChr02G004252 Chr02 NC_080388.1:64705007-64705017promoter 内 1439-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 64700080-64702455(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr05G002737 Chr05 NC_080391.1:31541153-31541163promoter 内 1422-1432 bp + 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 31543732-31547354(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G004056 Chr07 NC_080393.1:51862405-51862415promoter 内 1392-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51865014-51866122(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr03G002387 Chr03 NC_080389.1:37789952-37789962promoter 内 1373-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37784571-37787334(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr05G000451 Chr05 NC_080391.1:3426006-3426016promoter 内 1373-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 3428634-3434449(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr01G000713 Chr01 NC_080387.1:16004698-16004708promoter 内 1372-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 15999615-16002079(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G001218 Chr07 NC_080393.1:9316751-9316761promoter 内 1350-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9319402-9321734(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35340730-35340740promoter 内 1299-1309 bp + 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr02G000141 Chr02 NC_080388.1:1886510-1886520promoter 内 1298-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1881120-1883817(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr03G002938 Chr03 NC_080389.1:46111573-46111583promoter 内 1274-1284 bp + 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46107894-46108856(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr03G002939 Chr03 NC_080389.1:46121092-46121102promoter 内 1263-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46117412-46118364(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr06G000896 Chr06 NC_080392.1:8475579-8475589promoter 内 1197-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 8466820-8472785(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTTC
SmilChr07G004553 Chr07 NC_080393.1:58259011-58259021promoter 内 1195-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58261817-58266994(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr03G000125 Chr03 NC_080389.1:1378315-1378325promoter 内 1148-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1374491-1375472(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr05G002736 Chr05 NC_080391.1:31528006-31528016promoter 内 963-973 bp + 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 31513636-31524978(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GAAAACGGTTA
SmilChr03G002494 Chr03 NC_080389.1:39719020-39719030promoter 内 940-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39722081-39724770(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTAAACGGTTA
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