预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00013392-RA_Salv |
SmilChr02G003833 |
MYB | XP_057794421.1 |
MP00476 |
TAACCGTAATA |
9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 61 / 160 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G006166 |
Chr01 | NC_080387.1:77091134-77091144promoter 内 2074-2084 bp |
- | 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 77087665-77089217(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr01G005766 |
Chr01 | NC_080387.1:73747452-73747462promoter 内 2041-2051 bp |
+ | 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 73749412-73754693(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTCTGC |
SmilChr02G000243 |
Chr02 | NC_080388.1:3133163-3133173promoter 内 2038-2048 bp |
- | 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 3135126-3138047(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr03G004517 |
Chr03 | NC_080389.1:63208895-63208905promoter 内 2013-2023 bp |
- | 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 63210883-63215270(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr02G004839 |
Chr02 | NC_080388.1:70503193-70503203promoter 内 1963-1973 bp |
+ | 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 70499630-70501165(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GTAAACGGTTA |
SmilChr03G000159 |
Chr03 | NC_080389.1:1739151-1739161promoter 内 1898-1908 bp |
- | 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 1741254-1747479(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr02G004127 |
Chr02 | NC_080388.1:63523602-63523612promoter 内 1727-1737 bp |
- | 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 63520369-63521338(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G000516 |
Chr07 | NC_080393.1:3620132-3620142promoter 内 1724-1734 bp |
- | 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 3622409-3624551(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr01G001842 |
Chr01 | NC_080387.1:33371424-33371434promoter 内 1711-1721 bp |
+ | 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 33362876-33369144(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TGCGACGGTTA |
SmilChr01G001170 |
Chr01 | NC_080387.1:23797249-23797259promoter 内 1692-1702 bp |
+ | 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 23750700-23794950(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr02G000824 |
Chr02 | NC_080388.1:13860452-13860462promoter 内 1658-1668 bp |
- | 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 13854850-13858119(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr05G002893 |
Chr05 | NC_080391.1:34713826-34713836promoter 内 1549-1559 bp |
- | 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 34707061-34711384(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G004055 |
Chr07 | NC_080393.1:51862405-51862415promoter 内 1528-1538 bp |
- | 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 51857466-51859942(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G004613 |
Chr07 | NC_080393.1:58942457-58942467promoter 内 1511-1521 bp |
+ | 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 58938947-58939977(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr07G004614 |
Chr07 | NC_080393.1:58952911-58952921promoter 内 1511-1521 bp |
+ | 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 58949401-58950431(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr01G003457 |
Chr01 | NC_080387.1:53144144-53144154promoter 内 1505-1515 bp |
- | 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 53138650-53141658(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr01G003458 |
Chr01 | NC_080387.1:53153592-53153602promoter 内 1504-1514 bp |
- | 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 53148162-53151105(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr01G000306 |
Chr01 | NC_080387.1:5970873-5970883promoter 内 1501-1511 bp |
- | 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 5966236-5968383(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G004217 |
Chr07 | NC_080393.1:54371401-54371411promoter 内 1452-1462 bp |
- | 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 54364349-54368862(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTAC |
SmilChr02G004252 |
Chr02 | NC_080388.1:64705007-64705017promoter 内 1439-1449 bp |
+ | 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 64700080-64702455(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr05G002737 |
Chr05 | NC_080391.1:31541153-31541163promoter 内 1422-1432 bp |
+ | 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 31543732-31547354(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G004056 |
Chr07 | NC_080393.1:51862405-51862415promoter 内 1392-1402 bp |
- | 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 51865014-51866122(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr03G002387 |
Chr03 | NC_080389.1:37789952-37789962promoter 内 1373-1383 bp |
- | 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 37784571-37787334(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr05G000451 |
Chr05 | NC_080391.1:3426006-3426016promoter 内 1373-1383 bp |
+ | 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 3428634-3434449(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr01G000713 |
Chr01 | NC_080387.1:16004698-16004708promoter 内 1372-1382 bp |
- | 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 15999615-16002079(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G001218 |
Chr07 | NC_080393.1:9316751-9316761promoter 内 1350-1360 bp |
- | 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 9319402-9321734(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr02G001958 |
Chr02 | NC_080388.1:35340730-35340740promoter 内 1299-1309 bp |
+ | 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 35343432-35344730(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr02G000141 |
Chr02 | NC_080388.1:1886510-1886520promoter 内 1298-1308 bp |
- | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 1881120-1883817(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr03G002938 |
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+ | 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 46107894-46108856(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr03G002939 |
Chr03 | NC_080389.1:46121092-46121102promoter 内 1263-1273 bp |
+ | 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 46117412-46118364(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
GAAAACGGTTA |
SmilChr06G000896 |
Chr06 | NC_080392.1:8475579-8475589promoter 内 1197-1207 bp |
- | 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 8466820-8472785(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
TAACCGTTTTC |
SmilChr07G004553 |
Chr07 | NC_080393.1:58259011-58259021promoter 内 1195-1205 bp |
- | 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 58261817-58266994(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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+ | 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 1374491-1375472(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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+ | 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 31513636-31524978(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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- | 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 39722081-39724770(+) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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+ | 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 58332437-58334799(-) |
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MP00476 |
GAAAACGGTTA |
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- | 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 58244564-58245175(-) |
SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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SMil_00013392-RA_Salv |
MP00476 |
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SMil_00013392-RA_Salv |
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SmilChr01G002501 |
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+ | 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.3/ 100 | 1 | 5691270-5693390(+) |
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