转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001059; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014491-RA_Salv SmilChr06G001059 Dof XP_057768449.1 MP00402 TTTTTTTTTTTTTTACTTTTT

可能结合的靶基因

9875 个结合位点 6278 个候选靶基因 第 63 / 126 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003164 Chr02 NC_080388.1:52678454-52678474promoter 内 3739-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 52675067-52678212(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGGACATGAAGCAA
SmilChr02G001808 Chr02 NC_080388.1:32912398-32912418promoter 内 3715-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32910261-32912132(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CTTTGTTTATTCTTACTTTTC
SmilChr01G002484 Chr01 NC_080387.1:42566843-42566863promoter 内 3595-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 42567249-42570302(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CCAATCCCTTATTTACTTTTG
SmilChr02G002363 Chr02 NC_080388.1:41413210-41413230promoter 内 3329-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 41410794-41412558(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTCTTCTTAATTTACTTTTA
SmilChr02G003623 Chr02 NC_080388.1:57530135-57530155promoter 内 3193-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 57530943-57535126(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TACATCCTCCTATTACTTTTT
SmilChr02G002793 Chr02 NC_080388.1:47989404-47989424promoter 内 3036-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 47986801-47988459(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGAAGAGTAAAAAAAAA
SmilChr01G000465 Chr01 NC_080387.1:9534582-9534602promoter 内 2826-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9535757-9539133(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTATATATTTACTTTTT
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57530135-57530155promoter 内 2824-2844 bp + 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 57528041-57528978(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAATAGGAGGATGTA
SmilChr01G000669 Chr01 NC_080387.1:14828128-14828148promoter 内 2758-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 14829371-14831561(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTACAAGTGGAGGATG
SmilChr03G000335 Chr03 NC_080389.1:3813371-3813391promoter 内 2719-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3797148-3812109(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAACACTTTTTTCAACTTTTT
SmilChr02G002160 Chr02 NC_080388.1:38828300-38828320promoter 内 2601-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 38819841-38826920(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CAAAAGTAGACGGAGGTGATG
SmilChr02G004164 Chr02 NC_080388.1:63959333-63959353promoter 内 2590-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 63960744-63963558(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGATGAATAA
SmilChr01G005155 Chr01 NC_080387.1:69322809-69322829promoter 内 2177-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 69324633-69326962(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTTTGGTTTTTTTACTTTTG
SmilChr01G001425 Chr01 NC_080387.1:27881026-27881046promoter 内 1992-2012 bp - 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 27875044-27879037(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TATTCACATTTTTCACTTTTT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67113180-67113200promoter 内 1920-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 67115261-67119955(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTCATTTCTTCTTTAC
SmilChr02G001772 Chr02 NC_080388.1:32470402-32470422promoter 内 1920-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32472483-32473434(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ACTTTCTCTCTCCTACTTTTA
SmilChr01G005139 Chr01 NC_080387.1:69190796-69190816promoter 内 1609-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 69171462-69188424(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAGGAATAAAGAATT
SmilChr02G000214 Chr02 NC_080388.1:2775574-2775594promoter 内 1409-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2778166-2781351(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGATGAATAA
SmilChr02G003672 Chr02 NC_080388.1:58099466-58099486promoter 内 1382-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 58102085-58104031(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGATGAATAA
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9922135-9922155promoter 内 1221-1241 bp - 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9924915-9928587(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAGGGCAGATGGGC
SmilChr01G005093 Chr01 NC_080387.1:68788940-68788960promoter 内 998-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 68783775-68785957(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATTATTTATCATTTACTTTTT
SmilChr02G003792 Chr02 NC_080388.1:59571421-59571441promoter 内 993-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 59574429-59576739(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGCACAATAAGATA
SmilChr01G001100 Chr01 NC_080387.1:22524792-22524812promoter 内 137-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22528656-22530377(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCTCCATTGTTACTACTTTTT
SmilChr02G001233 Chr02 NC_080388.1:22637866-22637886promoter 内 39-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22633016-22633924(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTCTATTTTTCTTTACTTTAT
SmilChr02G005580 Chr02 NC_080388.1:75632647-75632667promoter 内 3957-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75632691-75636781(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGGGGATAAAAAGTG
SmilChr01G002205 Chr01 NC_080387.1:38374302-38374322promoter 内 3949-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38374354-38376882(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCCTCTTCCCTGACACTTTTT
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38389480-38389500promoter 内 3949-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38389532-38392060(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCCTCTTCCCTGACACTTTTT
SmilChr02G000866 Chr02 NC_080388.1:14904959-14904979promoter 内 3949-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14905011-14905097(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATCGGTTTTATTTTACTTTTT
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28144686-28144706promoter 内 3919-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28144768-28222538(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTCGAAAATAGTGAGA
SmilChr02G000179 Chr02 NC_080388.1:2286786-2286806promoter 内 3892-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2286895-2288286(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAGTAATAAAATAAG
SmilChr01G004119 Chr01 NC_080387.1:59719789-59719809promoter 内 3814-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59717132-59719622(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCGTTTCCCTTTGAACTTTTT
SmilChr02G000849 Chr02 NC_080388.1:14414649-14414669promoter 内 3725-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14414925-14418249(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TCTCCTACTTTATTACTTTAT
SmilChr02G003021 Chr02 NC_080388.1:50897587-50897607promoter 内 3718-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50897870-50901111(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGGACATGAAGCAA
SmilChr02G001642 Chr02 NC_080388.1:30501526-30501546promoter 内 3672-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30501855-30503404(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAATAACTAGAATG
SmilChr01G001450 Chr01 NC_080387.1:28196382-28196402promoter 内 3637-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28196746-28198342(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 TTTTTTTCATATTTTCTTTTC
SmilChr01G003365 Chr01 NC_080387.1:52397493-52397513promoter 内 3629-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52389794-52397141(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAAAAAAAATATTT
SmilChr02G003408 Chr02 NC_080388.1:55259465-55259485promoter 内 3619-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55256670-55259103(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAGGGTAAATGAGG
SmilChr03G000241 Chr03 NC_080389.1:2857186-2857206promoter 内 3602-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2855374-2856807(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGAGAATGAAGCTC
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21003242-21003262promoter 内 3601-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21001451-21002862(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GAAAAGTAAAACCGATGAGGA
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51410679-51410699promoter 内 3565-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51388125-51410263(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATAAAGTAATAAAGTAGGAGA
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1159151-1159171promoter 内 3526-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1155514-1158696(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGAGAATGAAGCTC
SmilChr02G003671 Chr02 NC_080388.1:58099466-58099486promoter 内 3477-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58099990-58102023(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTGAAAAGATGAATAA
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3658994-3659014promoter 内 3458-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3655196-3658471(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGAGAATGAAGCTC
SmilChr02G000867 Chr02 NC_080388.1:14904959-14904979promoter 内 3410-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14905550-14905624(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATCGGTTTTATTTTACTTTTT
SmilChr02G000868 Chr02 NC_080388.1:14904959-14904979promoter 内 3263-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14905697-14905783(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 ATCGGTTTTATTTTACTTTTT
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3080845-3080865promoter 内 3261-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGAGAATGAAGCTC
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3163762-3163782promoter 内 3250-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTTGAGAATGAAGCTC
SmilChr02G003569 Chr02 NC_080388.1:56855810-56855830promoter 内 3184-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56856627-56857276(+) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 GTCATTTTATATTCACTTTTT
SmilChr02G005579 Chr02 NC_080388.1:75632647-75632667promoter 内 3166-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75628944-75631832(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 CACTTTTTATCCCCACTTTTT
SmilChr03G000447 Chr03 NC_080389.1:4794574-4794594promoter 内 3151-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4792703-4793744(-) SMil_00014491-RA_Salv MP00402 AAAAAGTAAGGGTAAATGAGG