转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 64 / 167 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003863 Chr03 NC_080389.1:57708413-57708433promoter 内 557-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57704919-57704989(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAGACAGGATAAGATAAAG
SmilChr08G001480 Chr08 NC_080394.1:11930475-11930495promoter 内 553-573 bp - 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11933923-11936534(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr05G000782 Chr05 NC_080391.1:6104061-6104081promoter 内 539-559 bp + 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6098239-6100619(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr01G005030 Chr01 NC_080387.1:68256662-68256682promoter 内 468-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68252373-68253149(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAATTTTTATCCATAACCCC
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16271585-16271605promoter 内 452-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16265866-16268056(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCACCTTTATCCAGTACTAC
SmilChr03G004163 Chr03 NC_080389.1:60406098-60406118promoter 内 448-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60396169-60402565(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAATTTGGATAATTAGCGA
SmilChr08G000491 Chr08 NC_080394.1:3542855-3542875promoter 内 441-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3546415-3548583(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTCTTTATCTTATTTTTT
SmilChr01G000543 Chr01 NC_080387.1:11128172-11128192promoter 内 432-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11131741-11134705(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAATATGGATAATAAGGCT
SmilChr06G000097 Chr06 NC_080392.1:697113-697133promoter 内 419-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 700695-703432(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAATAAAGGATAAGGAAAAT
SmilChr05G001604 Chr05 NC_080391.1:14787441-14787461promoter 内 418-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14791024-14791884(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTGCTCTTATCCGATATTTC
SmilChr08G000971 Chr08 NC_080394.1:7224629-7224649promoter 内 389-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7220411-7221037(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGATTAACGGATAAGATTAAA
SmilChr03G003190 Chr03 NC_080389.1:49363207-49363227promoter 内 284-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49359408-49359510(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAATCCTTATCTTGATCCAC
SmilChr02G002162 Chr02 NC_080388.1:38837686-38837706promoter 内 277-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38832419-38833982(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCTAACTTATCCTGTTTGAG
SmilChr08G000212 Chr08 NC_080394.1:1435796-1435816promoter 内 275-295 bp + 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1439522-1445120(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTGATAGGATAAGAATCGA
SmilChr04G000171 Chr04 NC_080390.1:1529654-1529674promoter 内 249-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1533406-1536174(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATCATTATCCATTTTCTT
SmilChr03G003259 Chr03 NC_080389.1:50489616-50489636promoter 内 241-261 bp - 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50493376-50494987(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTACACTTATCCGGTGTTTC
SmilChr04G001561 Chr04 NC_080390.1:25906514-25906534promoter 内 215-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 25910300-25911847(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr03G000738 Chr03 NC_080389.1:8378386-8378406promoter 内 202-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8382185-8385838(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTCGTTATCCACTACTCA
SmilChr01G002446 Chr01 NC_080387.1:42058518-42058538promoter 内 195-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42051228-42054732(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr04G001108 Chr04 NC_080390.1:15903928-15903948promoter 内 176-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15898378-15900123(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAGTAGTGGATAACGAGAGA
SmilChr02G002808 Chr02 NC_080388.1:48135653-48135673promoter 内 144-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48139510-48141224(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAAAATTGGAGAAGAAGAGG
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52503577-52503597promoter 内 134-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAATGCTTATCCTTTATTTA
SmilChr04G001026 Chr04 NC_080390.1:14406627-14406647promoter 内 132-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14410496-14413638(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTCGTTATCCACTACTCA
SmilChr01G005003 Chr01 NC_080387.1:68072621-68072641promoter 内 131-151 bp + 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68076491-68103913(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGTTAAAAGATAAGGAAAAG
SmilChr04G003730 Chr04 NC_080390.1:53629421-53629441promoter 内 92-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53621881-53625532(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAAGTTTATCCAAATCCAT
SmilChr05G001813 Chr05 NC_080391.1:18098297-18098317promoter 内 68-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18089460-18094384(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAACTTTATCCAAATTGTG
SmilChr07G001952 Chr07 NC_080393.1:16983262-16983282promoter 内 40-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16987223-16987303(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTATACTTATCCTTATTAAT
SmilChr06G001364 Chr06 NC_080392.1:14218371-14218391promoter 内 21-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14222351-14223919(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr01G003935 Chr01 NC_080387.1:57634661-57634681promoter 内 2909-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 57633155-57633589(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATAATTTTATCCACAACCTC
SmilChr03G001556 Chr03 NC_080389.1:19621300-19621320promoter 内 1042-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 19624259-19628291(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAAAAGTGGATAAGCTCTAG
SmilChr01G004883 Chr01 NC_080387.1:66904350-66904370promoter 内 559-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 66896875-66900928(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGTATTGGATAAATATATT
SmilChr07G002359 Chr07 NC_080393.1:21919185-21919205promoter 内 3914-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21919272-21921321(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATATCAGGATAAGCTTGCA
SmilChr07G000521 Chr07 NC_080393.1:3647557-3647577promoter 内 3890-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 3647668-3649751(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTGTCTTTATCCAAATTTAT
SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21337050-21337070promoter 内 3332-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21337719-21339873(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATATATGGATAAATTTGAT
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22354958-22354978promoter 内 3314-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 22352657-22354291(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATATATGGATAAATTTGAT
SmilChr06G000405 Chr06 NC_080392.1:3290143-3290163promoter 内 3249-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 3290895-3308856(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCCTCATTATCCACTCATTA
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68727198-68727218promoter 内 3227-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 68724846-68726444(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATTAATGGATAAAAATGGT
SmilChr08G000035 Chr08 NC_080394.1:247257-247277promoter 内 3121-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 248137-250766(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCATGTTCGGATAAGCTTATT
SmilChr03G002135 Chr03 NC_080389.1:33234772-33234792promoter 内 2550-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 33231916-33233341(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGCAAGTGGATAAACATAGT
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21004380-21004400promoter 内 2463-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21001451-21002862(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTTATGGATAAATATCGT
SmilChr02G004884 Chr02 NC_080388.1:70926110-70926130promoter 内 2299-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 70927812-70928715(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTTCTTATCCTCAATTGC
SmilChr05G003297 Chr05 NC_080391.1:43160529-43160549promoter 内 2094-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 43162436-43164677(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTATTGGATAAAAATGAT
SmilChr01G000326 Chr01 NC_080387.1:6566658-6566678promoter 内 1820-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6559594-6564497(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCATATTTATCCACAAATAT
SmilChr04G001529 Chr04 NC_080390.1:25203379-25203399promoter 内 1643-1663 bp - 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 25198009-25201041(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCATTTTGGATAATTTTGAA
SmilChr03G000606 Chr03 NC_080389.1:6696011-6696031promoter 内 1631-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6692792-6693661(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTATGTTTATCCACTTGCTT
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28355168-28355188promoter 内 1309-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 28350071-28352496(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGCAAGTGGATAAACATAGT
SmilChr06G001304 Chr06 NC_080392.1:13569537-13569557promoter 内 1271-1291 bp - 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 13562726-13566827(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAACTAGGATAAGGGTCGT
SmilChr06G001306 Chr06 NC_080392.1:13569537-13569557promoter 内 1099-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 13572439-13573585(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGACCCTTATCCTAGTTTTC
SmilChr03G002905 Chr03 NC_080389.1:45802324-45802344promoter 内 1036-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 45805289-45808881(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATATTTATCCATTTTTAT
SmilChr07G002358 Chr07 NC_080393.1:21919185-21919205promoter 内 722-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21912633-21915926(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAAGCTTATCCTGATATAT