转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 64 / 147 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004454 Chr02 NC_080388.1:66941416-66941430promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66937617-66938057(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACCACATT
SmilChr01G003521 Chr01 NC_080387.1:53848148-53848162promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53851598-53855012(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GATAGGGTTAGGTTA
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38044439-38044453promoter 内 538-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38039935-38040990(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACAACTTAGGTAA
SmilChr03G001771 Chr03 NC_080389.1:24171605-24171619promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24175088-24176313(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACATTGTC
SmilChr01G005559 Chr01 NC_080387.1:72412515-72412529promoter 内 471-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72406073-72408999(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTCCCTAACTCTTTT
SmilChr01G005473 Chr01 NC_080387.1:71713104-71713118promoter 内 444-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 71716661-71719500(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTCAGAGTTAGGTGC
SmilChr02G004387 Chr02 NC_080388.1:66236231-66236245promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66239796-66241119(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTCAAAGTTAGGTTT
SmilChr02G005374 Chr02 NC_080388.1:74418039-74418053promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74421615-74424248(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCCTTCG
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69074026-69074040promoter 内 357-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 69065789-69070396(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTAGAAA
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3072186-3072200promoter 内 347-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3065973-3068546(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTTGAGTTAGGTAT
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72164332-72164346promoter 内 334-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTCCCTAACTCTTTT
SmilChr02G003894 Chr02 NC_080388.1:61027679-61027693promoter 内 277-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61019991-61023969(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGAATGTTAGGTCA
SmilChr03G001087 Chr03 NC_080389.1:12580448-12580462promoter 内 229-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12574078-12576690(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACAAATCT
SmilChr03G002627 Chr03 NC_080389.1:41685030-41685044promoter 内 193-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41679789-41681236(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTAGAAA
SmilChr01G000329 Chr01 NC_080387.1:6720111-6720125promoter 内 131-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6723981-6724799(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACATGCTT
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18306648-18306662promoter 内 103-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGAGAAATTAGGTAA
SmilChr04G000280 Chr04 NC_080390.1:2579854-2579868promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2583802-2584549(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGACCTAACTCGTCA
SmilChr01G004813 Chr01 NC_080387.1:66316850-66316864promoter 内 28-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66320823-66324495(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTAGGATTAGGTAG
SmilChr02G004657 Chr02 NC_080388.1:68988368-68988382promoter 内 241-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 68983438-68984622(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAAATGTTAGGTCC
SmilChr01G005604 Chr01 NC_080387.1:72603121-72603135promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 72602953-72603073(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTATGGA
SmilChr01G002630 Chr01 NC_080387.1:44601161-44601175promoter 内 3782-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 44600885-44600956(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGCAAGCTTAGGTAG
SmilChr01G005603 Chr01 NC_080387.1:72603121-72603135promoter 内 3180-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 72601350-72602314(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTATGGA
SmilChr03G003914 Chr03 NC_080389.1:58235257-58235271promoter 内 1074-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 58229953-58232344(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAATACTTAGGTAC
SmilChr01G005606 Chr01 NC_080387.1:72603121-72603135promoter 内 691-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 72606431-72607348(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCCATAGTTAGGTTT
SmilChr04G000076 Chr04 NC_080390.1:698478-698492promoter 内 570-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 701909-703342(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACTCCGAA
SmilChr01G002565 Chr01 NC_080387.1:43758829-43758843promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 43762390-43764524(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTCCTAACTTTTTT
SmilChr02G002856 Chr02 NC_080388.1:48760841-48760855promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 48764794-48768703(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATCATTTA
SmilChr01G004422 Chr01 NC_080387.1:62332473-62332487promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 62329403-62332448(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAGTATCTT
SmilChr01G002973 Chr01 NC_080387.1:48673515-48673529promoter 内 3809-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 48673707-48675678(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAGTTGCCC
SmilChr01G005502 Chr01 NC_080387.1:71899017-71899031promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 71895928-71898686(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACTGTGGC
SmilChr03G004498 Chr03 NC_080389.1:63109521-63109535promoter 内 3469-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 63107359-63109003(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTCCCTAACTTTTTT
SmilChr02G001481 Chr02 NC_080388.1:27721320-27721334promoter 内 3416-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 27717288-27720749(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTGTTTG
SmilChr01G000188 Chr01 NC_080387.1:3230944-3230958promoter 内 3350-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 3223441-3230307(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATATTTCT
SmilChr04G001489 Chr04 NC_080390.1:24338892-24338906promoter 内 3212-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 24336566-24338117(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTCTATA
SmilChr03G004283 Chr03 NC_080389.1:61256085-61256099promoter 内 2861-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 61251680-61254959(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATAGGGTTAGGTTG
SmilChr01G002220 Chr01 NC_080387.1:38579821-38579835promoter 内 2819-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 38581003-38587193(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCCTAACTGAAAT
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