转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 68 / 171 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002083 Chr03 NC_080389.1:32046036-32046052promoter 内 2457-2473 bp + 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32047580-32052217(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAAAAAATGACAAAAAT
SmilChr05G003433 Chr05 NC_080391.1:45621117-45621133promoter 内 2427-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 45622691-45624225(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AACGATAAGACAAAAGA
SmilChr01G004201 Chr01 NC_080387.1:60479757-60479773promoter 内 2411-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60477960-60478183(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGCGAGAAGACAAAATA
SmilChr08G000294 Chr08 NC_080394.1:2013549-2013565promoter 内 2401-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2015149-2019541(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AATAACAAGACAAAAAT
SmilChr05G000705 Chr05 NC_080391.1:5300953-5300969promoter 内 2352-2368 bp - 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5302602-5307623(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTGGG
SmilChr03G003643 Chr03 NC_080389.1:55104897-55104913promoter 内 2349-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55106549-55107037(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CGGATGAAGACAAAATG
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31485037-31485053promoter 内 2344-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31481695-31483396(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAGT
SmilChr08G002939 Chr08 NC_080394.1:29402610-29402626promoter 内 2283-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29404328-29412621(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCCCTTTTTG
SmilChr03G003532 Chr03 NC_080389.1:53921271-53921287promoter 内 2267-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53918860-53919553(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTAAAAAGACAAAATT
SmilChr06G000309 Chr06 NC_080392.1:2234452-2234468promoter 内 2181-2197 bp - 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2229740-2232648(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCCAAAATGACAAAAGT
SmilChr07G003027 Chr07 NC_080393.1:31302593-31302609promoter 内 2169-2185 bp + 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31304425-31307019(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTGAAAAGGACAAAAGG
SmilChr07G003034 Chr07 NC_080393.1:31372263-31372279promoter 内 2165-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31374099-31375480(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTGAAAAGGACAAAAGG
SmilChr01G000011 Chr01 NC_080387.1:244362-244378promoter 内 2138-2154 bp + 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 242443-242515(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTATCGTT
SmilChr05G001133 Chr05 NC_080391.1:9461058-9461074promoter 内 1971-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9463088-9465615(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAAGAGAAGACAAAAGT
SmilChr06G000403 Chr06 NC_080392.1:3259774-3259790promoter 内 1856-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3255736-3257645(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGTTAAAAGACAAAACT
SmilChr03G002426 Chr03 NC_080389.1:38555784-38555800promoter 内 1841-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38557944-38559092(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCATTTGTCGTTTATCG
SmilChr05G002539 Chr05 NC_080391.1:28345786-28345802promoter 内 1823-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28342113-28343624(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GACAAACGGACAAAAGA
SmilChr04G003817 Chr04 NC_080390.1:54325900-54325916promoter 内 1808-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54320497-54323723(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGAAGAGGACAAAAAG
SmilChr08G001530 Chr08 NC_080394.1:12444736-12444752promoter 内 1794-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12446943-12455016(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTGTTAGCT
SmilChr04G000318 Chr04 NC_080390.1:2915165-2915181promoter 内 1763-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2917403-2919966(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAGATGACGACAAGAAG
SmilChr03G001902 Chr03 NC_080389.1:26578152-26578168promoter 内 1723-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 26580430-26585758(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACATAAAGGACAAAAAT
SmilChr01G000298 Chr01 NC_080387.1:5870373-5870389promoter 内 1706-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5866970-5868094(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCCTTTATGT
SmilChr05G003912 Chr05 NC_080391.1:52844283-52844299promoter 内 1656-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52846628-52848308(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGGTTTGTCGTATTTCT
SmilChr08G001163 Chr08 NC_080394.1:9294697-9294713promoter 内 1647-1663 bp + 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9297051-9299492(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTGGACACGACAAAAAA
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74425571-74425587promoter 内 1629-1645 bp + 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATCTTCTT
SmilChr06G002822 Chr06 NC_080392.1:40973104-40973120promoter 内 1606-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40975499-40980736(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTATA
SmilChr06G000379 Chr06 NC_080392.1:2954662-2954678promoter 内 1576-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2950347-2952253(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGTTAAAAGACAAAACT
SmilChr03G002082 Chr03 NC_080389.1:32046036-32046052promoter 内 1527-1543 bp + 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32039069-32043578(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTTTTTA
SmilChr04G003122 Chr04 NC_080390.1:47825707-47825723promoter 内 1519-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47828189-47831864(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CACAAATAGACAAAAAA
SmilChr08G004634 Chr08 NC_080394.1:55844674-55844690promoter 内 1445-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55847230-55848237(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAGTTTGTCGTTTTAGT
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38479304-38479320promoter 内 1440-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GGTTTTGTCTTTTTTAT
SmilChr06G000071 Chr06 NC_080392.1:546216-546232promoter 内 1439-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 548778-552231(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AACTAAACGACAAGAGC
SmilChr07G003811 Chr07 NC_080393.1:46959745-46959761promoter 内 1419-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46956211-46957179(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GCTTTTGTCGGTTCGTT
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62694195-62694211promoter 内 1107-1123 bp - 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62697089-62699251(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GGTCTTGTCGTTTATTG
SmilChr08G003003 Chr08 NC_080394.1:30103873-30103889promoter 内 1100-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30097852-30100988(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTGTTTTTT
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