转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 73 / 128 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000839 Chr01 NC_080387.1:18136961-18136972promoter 内 1176-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 18111466-18134147(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr01G003039 Chr01 NC_080387.1:49386017-49386028promoter 内 996-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 49382181-49383023(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGGAACAGAGAT
SmilChr01G001429 Chr01 NC_080387.1:27928786-27928797promoter 内 979-990 bp - 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 27924911-27925775(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAACT
SmilChr01G001622 Chr01 NC_080387.1:30313375-30313386promoter 内 920-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 30308143-30310305(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTCTCG
SmilChr02G001368 Chr02 NC_080388.1:25792366-25792377promoter 内 713-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25795654-25798730(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAACT
SmilChr02G001122 Chr02 NC_080388.1:20265684-20265695promoter 内 158-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 20269527-20272752(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTCTCG
SmilChr02G002207 Chr02 NC_080388.1:39336744-39336755promoter 内 45-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 39330199-39332799(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGGAACAGAGCT
SmilChr01G000304 Chr01 NC_080387.1:5942855-5942866promoter 内 3826-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5942008-5942691(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTCTCG
SmilChr02G003031 Chr02 NC_080388.1:51015950-51015961promoter 内 3191-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51009806-51015151(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCCA
SmilChr01G002752 Chr01 NC_080387.1:45840190-45840201promoter 内 3169-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45841022-45846134(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr02G003154 Chr02 NC_080388.1:52586467-52586478promoter 内 3162-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52587306-52592644(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCCA
SmilChr02G001091 Chr02 NC_080388.1:19671790-19671801promoter 内 2969-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19672822-19676555(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTCG
SmilChr03G000924 Chr03 NC_080389.1:10575092-10575103promoter 内 2713-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10576380-10579464(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr01G001333 Chr01 NC_080387.1:26525983-26525994promoter 内 2269-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26527715-26528434(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTCTCG
SmilChr01G004670 Chr01 NC_080387.1:64798794-64798805promoter 内 2263-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64795713-64797067(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTCTG
SmilChr02G002208 Chr02 NC_080388.1:39336744-39336755promoter 内 2059-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39338686-39341238(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTTCCA
SmilChr01G000104 Chr01 NC_080387.1:1830416-1830427promoter 内 1987-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1832430-1833536(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr02G005126 Chr02 NC_080388.1:72731871-72731882promoter 内 1940-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 72733932-72743060(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCCA
SmilChr01G001216 Chr01 NC_080387.1:24428015-24428026promoter 内 1828-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24430188-24435397(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTCTCG
SmilChr02G003126 Chr02 NC_080388.1:52289535-52289546promoter 内 1674-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52291862-52296540(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAACT
SmilChr01G002071 Chr01 NC_080387.1:36579572-36579583promoter 内 1604-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36581969-36584586(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr02G000596 Chr02 NC_080388.1:8602731-8602742promoter 内 1586-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8605146-8607318(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGGAACAGAGAA
SmilChr01G001334 Chr01 NC_080387.1:26525983-26525994promoter 内 1397-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26528587-26530877(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTCTCG
SmilChr01G001439 Chr01 NC_080387.1:28053224-28053235promoter 内 1215-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28050333-28050449(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr03G001641 Chr03 NC_080389.1:21172275-21172286promoter 内 1011-1022 bp + 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21175265-21175371(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAACT
SmilChr03G001749 Chr03 NC_080389.1:23734748-23734759promoter 内 886-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23728567-23731644(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAACT
SmilChr03G001587 Chr03 NC_080389.1:20108363-20108374promoter 内 837-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 20102180-20105210(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAACT
SmilChr01G002796 Chr01 NC_080387.1:46452543-46452554promoter 内 702-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46455842-46458021(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCCA
SmilChr02G002536 Chr02 NC_080388.1:44140532-44140543promoter 内 486-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 44134396-44137028(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr01G005342 Chr01 NC_080387.1:70645095-70645106promoter 内 175-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70630561-70641280(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTTCTA
SmilChr01G001438 Chr01 NC_080387.1:28053224-28053235promoter 内 145-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28049219-28049379(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTG
SmilChr03G000954 Chr03 NC_080389.1:10796558-10796569promoter 内 3876-3887 bp + 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 10795517-10796444(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCTA
SmilChr03G001501 Chr03 NC_080389.1:18356213-18356224promoter 内 3567-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 18355401-18355790(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGAACAGAGAA
SmilChr01G004711 Chr01 NC_080387.1:65248508-65248519promoter 内 3413-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 65245777-65247931(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGAACAGAGAA
SmilChr01G005098 Chr01 NC_080387.1:68806087-68806098promoter 内 2957-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 68802452-68805054(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGAAACAGAAAA
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