转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 74 / 148 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37154108-37154121promoter 内 1314-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37148586-37151434(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTTGTCACGTGT
SmilChr03G000583 Chr03 NC_080389.1:6503691-6503704promoter 内 1213-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6500139-6500916(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCAATTCACGTGG
SmilChr07G004740 Chr07 NC_080393.1:60254254-60254267promoter 内 1169-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60249658-60251435(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCGGGTCACGCGG
SmilChr03G004598 Chr03 NC_080389.1:63786025-63786038promoter 内 1156-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63781553-63783193(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACAATTC
SmilChr01G000808 Chr01 NC_080387.1:17472399-17472412promoter 内 846-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17468334-17469257(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACAGTGCACGTGG
SmilChr04G002811 Chr04 NC_080390.1:44114708-44114721promoter 内 724-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44108660-44111444(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTAGCTCACGTGA
SmilChr03G003262 Chr03 NC_080389.1:50538458-50538471promoter 内 709-722 bp - 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50541750-50544835(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACAGGTT
SmilChr06G002460 Chr06 NC_080392.1:35400123-35400136promoter 内 630-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35403494-35405565(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCACTTCACGTGT
SmilChr05G002858 Chr05 NC_080391.1:34081583-34081596promoter 内 533-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34085051-34086226(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCACTCTT
SmilChr05G001336 Chr05 NC_080391.1:11758157-11758170promoter 内 407-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11761751-11762999(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCTGATC
SmilChr08G000287 Chr08 NC_080394.1:1960076-1960089promoter 内 344-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1954142-1956432(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATCAGGCACGTGG
SmilChr02G003341 Chr02 NC_080388.1:54621202-54621215promoter 内 295-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54624908-54629749(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGAATTCACGTGG
SmilChr06G002421 Chr06 NC_080392.1:34969621-34969634promoter 内 282-295 bp + 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34965148-34965915(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACATGTG
SmilChr04G002684 Chr04 NC_080390.1:42291901-42291914promoter 内 249-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42285729-42288162(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACGAGTG
SmilChr07G004184 Chr07 NC_080393.1:53816741-53816754promoter 内 155-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53820587-53828179(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTACTCT
SmilChr02G003065 Chr02 NC_080388.1:51500430-51500443promoter 内 115-128 bp - 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51504316-51507353(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATACACC
SmilChr01G002948 Chr01 NC_080387.1:48359818-48359831promoter 内 2896-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 48349556-48358726(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGTGTCACGTGA
SmilChr06G003122 Chr06 NC_080392.1:44055333-44055346promoter 内 1901-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 44052824-44053246(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACATGTCACGTGT
SmilChr07G000319 Chr07 NC_080393.1:2142365-2142378promoter 内 3538-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2142828-2148715(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAGTCGCACGTGG
SmilChr04G000883 Chr04 NC_080390.1:11265279-11265292promoter 内 3355-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 11265925-11267310(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAGCTCA
SmilChr06G001810 Chr06 NC_080392.1:21276772-21276785promoter 内 2825-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 21273324-21275609(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGAACCG
SmilChr01G002949 Chr01 NC_080387.1:48359818-48359831promoter 内 2480-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 48361339-48364998(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACACTTG
SmilChr08G001513 Chr08 NC_080394.1:12287146-12287159promoter 内 2152-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 12288995-12290488(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
SmilChr07G001360 Chr07 NC_080393.1:10537734-10537747promoter 内 1690-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 10540045-10540990(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
SmilChr07G002499 Chr07 NC_080393.1:23712314-23712327promoter 内 537-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 23715778-23719307(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTAGACTCACGTGA
SmilChr07G000318 Chr07 NC_080393.1:2142365-2142378promoter 内 71-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2137406-2138448(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCGACTTT
SmilChr07G001175 Chr07 NC_080393.1:8890682-8890695promoter 内 3965-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 8890718-8894477(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATCTCCT
SmilChr04G001219 Chr04 NC_080390.1:19034287-19034300promoter 内 3913-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 19034375-19069557(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGGAAG
SmilChr04G003056 Chr04 NC_080390.1:47138867-47138880promoter 内 3855-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47139013-47140464(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
SmilChr07G001400 Chr07 NC_080393.1:10882214-10882227promoter 内 3563-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 10873295-10881789(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACAAGTCACGTGA
SmilChr02G001601 Chr02 NC_080388.1:29857381-29857394promoter 内 3436-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 29854104-29856829(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
SmilChr03G003490 Chr03 NC_080389.1:53470543-53470556promoter 内 3362-3375 bp - 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 53467266-53469917(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3957171-3957184promoter 内 3356-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 3953502-3956539(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGAATCTCACGTGA
SmilChr04G002550 Chr04 NC_080390.1:40784197-40784210promoter 内 2756-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 40785442-40786130(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACGGACA
SmilChr02G004917 Chr02 NC_080388.1:71189310-71189323promoter 内 2578-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 71186152-71187900(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
SmilChr04G002158 Chr04 NC_080390.1:34644448-34644461promoter 内 2578-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 34641264-34643038(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCACTTCACGTGA
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