转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 78 / 128 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001461 Chr03 NC_080389.1:17458785-17458799promoter 内 750-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17462036-17467359(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGGTGT
SmilChr07G004237 Chr07 NC_080393.1:54762392-54762406promoter 内 658-672 bp - 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54765735-54770647(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGAAG
SmilChr07G003565 Chr07 NC_080393.1:41649391-41649405promoter 内 525-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41652867-41655219(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr01G005820 Chr01 NC_080387.1:74202839-74202853promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74206371-74206963(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCTTCCACCGCCT
SmilChr03G003335 Chr03 NC_080389.1:51622078-51622092promoter 内 458-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51614051-51618549(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCTTCCACCGCCT
SmilChr07G001198 Chr07 NC_080393.1:9100056-9100070promoter 内 354-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9103703-9105418(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGTGC
SmilChr03G002225 Chr03 NC_080389.1:35075084-35075098promoter 内 215-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35068704-35071312(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGATGG
SmilChr03G001415 Chr03 NC_080389.1:16802160-16802174promoter 内 214-228 bp + 3773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16797549-16798387(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGGGA
SmilChr03G001462 Chr03 NC_080389.1:17458785-17458799promoter 内 185-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17462601-17463092(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGGTGT
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15463589-15463603promoter 内 151-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15458438-15459753(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGACA
SmilChr05G000999 Chr05 NC_080391.1:8110757-8110771promoter 内 1614-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 8107229-8108384(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGTCT
SmilChr07G003655 Chr07 NC_080393.1:43470783-43470797promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 43463595-43470091(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGTGGAGG
SmilChr02G003172 Chr02 NC_080388.1:52823575-52823589promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 52825031-52826664(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCACCGC
SmilChr01G002264 Chr01 NC_080387.1:39439956-39439970promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 39437281-39438358(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGTGGGG
SmilChr02G001977 Chr02 NC_080388.1:35728359-35728373promoter 内 1968-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 35730392-35731091(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGTGGAGG
SmilChr05G000078 Chr05 NC_080391.1:400334-400348promoter 内 1595-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 397211-397942(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGAGC
SmilChr08G002856 Chr08 NC_080394.1:28392277-28392291promoter 内 3229-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 28388404-28391519(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGATGTTG
SmilChr07G002259 Chr07 NC_080393.1:20794063-20794077promoter 内 3173-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 20792285-20793249(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGTGGGG
SmilChr01G005643 Chr01 NC_080387.1:72855585-72855599promoter 内 3040-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72852191-72854638(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCGTCCACCGCCA
SmilChr01G004029 Chr01 NC_080387.1:58704947-58704961promoter 内 2965-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 58701536-58703925(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAA
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72855585-72855599promoter 内 2928-2942 bp - 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72856658-72859105(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGACGGGA
SmilChr07G003974 Chr07 NC_080393.1:50598453-50598467promoter 内 2926-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 50596347-50597392(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGACGGGA
SmilChr04G000173 Chr04 NC_080390.1:1554344-1554358promoter 内 2858-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 1555487-1566128(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCC
SmilChr02G001936 Chr02 NC_080388.1:34769461-34769475promoter 内 2781-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 34767058-34768255(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCACTCCACCGCCG
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64204122-64204136promoter 内 2639-2653 bp - 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64205484-64206311(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAGAGC
SmilChr03G004269 Chr03 NC_080389.1:61171806-61171820promoter 内 2638-2652 bp - 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61165887-61170457(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACCTCCACCGCCG
SmilChr05G000597 Chr05 NC_080391.1:4500709-4500723promoter 内 2418-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 4497631-4499140(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCGTCCACCGCCA
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25495034-25495048promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 25496654-25497888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGTGGGG
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42691098-42691112promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 42688073-42689330(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGTCT
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52993379-52993393promoter 内 2007-2021 bp - 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52988922-52991399(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACCACCACCGCCG
SmilChr04G000088 Chr04 NC_080390.1:791482-791496promoter 内 1841-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 785865-789336(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTGTCCACCGCCG
SmilChr04G000089 Chr04 NC_080390.1:791482-791496promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 793844-808807(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGACAAGG
SmilChr01G003441 Chr01 NC_080387.1:52993379-52993393promoter 内 1611-1625 bp - 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52995769-52998000(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCA
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7150881-7150895promoter 内 1380-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 7145294-7148274(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGTCG
SmilChr04G002411 Chr04 NC_080390.1:38735150-38735164promoter 内 1298-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38730799-38732461(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCACCCACCGCCG
SmilChr05G000796 Chr05 NC_080391.1:6235545-6235559promoter 内 1090-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6232570-6232648(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCAG
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