转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 78 / 138 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001863 Chr03 NC_080389.1:25744201-25744215promoter 内 2542-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25740112-25742756(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCTCTTACGTGGCA
SmilChr03G001708 Chr03 NC_080389.1:22725457-22725471promoter 内 2522-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 22715910-22723992(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGTGTTGACGTGGCT
SmilChr08G002017 Chr08 NC_080394.1:17949277-17949291promoter 内 2303-2317 bp + 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 17944914-17947593(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr01G004359 Chr01 NC_080387.1:61777797-61777811promoter 内 2301-2315 bp - 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61779497-61785042(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr08G001884 Chr08 NC_080394.1:16358880-16358894promoter 内 2281-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16357102-16357174(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr07G004296 Chr07 NC_080393.1:55558300-55558314promoter 内 2187-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55554098-55556500(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACGGGACACGTGGAA
SmilChr07G000408 Chr07 NC_080393.1:2818860-2818874promoter 内 2169-2183 bp + 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2813666-2817042(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCTATATA
SmilChr03G003298 Chr03 NC_080389.1:51096146-51096160promoter 内 2117-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51098030-51098693(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGTTGACGTGGCT
SmilChr04G003698 Chr04 NC_080390.1:53348196-53348210promoter 内 2095-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53350102-53352148(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGAAATGACGTGGCG
SmilChr02G005409 Chr02 NC_080388.1:74599286-74599300promoter 内 1985-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74595786-74597284(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGATAAGC
SmilChr05G002768 Chr05 NC_080391.1:32108788-32108802promoter 内 1875-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32110914-32111924(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAAGACAT
SmilChr06G001249 Chr06 NC_080392.1:12977837-12977851promoter 内 1804-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12975575-12975654(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTAGGACTG
SmilChr03G003020 Chr03 NC_080389.1:47107098-47107112promoter 内 1735-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47109364-47111929(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr01G000557 Chr01 NC_080387.1:11622832-11622846promoter 内 1484-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11619164-11620329(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGGACACGTGGCT
SmilChr06G002461 Chr06 NC_080392.1:35425647-35425661promoter 内 1408-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35428240-35431177(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCTGCCGC
SmilChr02G005398 Chr02 NC_080388.1:74563094-74563108promoter 内 1053-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74555887-74560160(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGATAAGC
SmilChr08G004450 Chr08 NC_080394.1:54229687-54229701promoter 内 1036-1050 bp + 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54232652-54241439(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTGAGACGTGGCT
SmilChr04G001483 Chr04 NC_080390.1:24264873-24264887promoter 内 929-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 24260570-24261815(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGGACACGTGGCT
SmilChr01G005299 Chr01 NC_080387.1:70294237-70294251promoter 内 690-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 70289908-70290940(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCCTGTCACGTGGCC
SmilChr03G003299 Chr03 NC_080389.1:51096146-51096160promoter 内 551-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51099596-51100814(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGTTGACGTGGCT
SmilChr01G000924 Chr01 NC_080387.1:19579563-19579577promoter 内 550-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19583014-19583887(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTGCCAGACGTGGCG
SmilChr06G003152 Chr06 NC_080392.1:44529226-44529240promoter 内 531-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44522686-44525770(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAAACGACGTGGCA
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60587023-60587037promoter 内 517-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr02G002844 Chr02 NC_080388.1:48574565-48574579promoter 内 484-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48578082-48580292(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGGACCT
SmilChr03G001053 Chr03 NC_080389.1:12241141-12241155promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12244723-12246166(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTGTCTGACGTGGCT
SmilChr04G003718 Chr04 NC_080390.1:53486894-53486908promoter 内 408-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53490487-53491750(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CACAATGACGTGGCA
SmilChr02G005401 Chr02 NC_080388.1:74563094-74563108promoter 内 291-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74566804-74569571(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCTTATCACGTGGCC
SmilChr02G005412 Chr02 NC_080388.1:74599286-74599300promoter 内 291-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74602996-74605763(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCTTATCACGTGGCC
SmilChr06G003219 Chr06 NC_080392.1:44958785-44958799promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 44954811-44958764(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTTTGTT
SmilChr06G003210 Chr06 NC_080392.1:44909697-44909711promoter 内 3833-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 44905730-44909543(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTTTGTT
SmilChr01G000426 Chr01 NC_080387.1:8554668-8554682promoter 内 1717-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 8556952-8560394(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CTGTCCTACGTGGCA
SmilChr08G004101 Chr08 NC_080394.1:49790296-49790310promoter 内 734-748 bp - 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 49793563-49794995(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGACATG
SmilChr05G004384 Chr05 NC_080391.1:57322639-57322653promoter 内 3942-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 57322698-57323172(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTGGACAAA
SmilChr02G001208 Chr02 NC_080388.1:22249462-22249476promoter 内 3861-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 22245375-22249336(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCATCTCT
SmilChr07G003785 Chr07 NC_080393.1:46439836-46439850promoter 内 3825-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 46440012-46445600(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCATCTCT
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