转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 81 / 152 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004733 Chr03 NC_080389.1:64482940-64482958promoter 内 3780-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64483161-64485049(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTCCACAACCACCAGCTA
SmilChr01G000839 Chr01 NC_080387.1:18134372-18134390promoter 内 3758-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18111466-18134147(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCAAAGTGGTTGATAACA
SmilChr01G005423 Chr01 NC_080387.1:71418763-71418781promoter 内 3656-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71415456-71418436(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACACATCC
SmilChr01G003942 Chr01 NC_080387.1:57756240-57756258promoter 内 3601-3619 bp + 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57754694-57755858(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGTGGTGGTTGATAACT
SmilChr01G005842 Chr01 NC_080387.1:74415959-74415977promoter 内 3594-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74411756-74415570(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAGATGTGGTTGCAAAAA
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17890649-17890667promoter 内 3584-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17888415-17890250(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGGTGTGGTTGATGCAG
SmilChr04G001799 Chr04 NC_080390.1:29460351-29460369promoter 内 3473-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29460879-29462928(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCCACAACCACAATATC
SmilChr02G005006 Chr02 NC_080388.1:71852978-71852996promoter 内 3470-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71853509-71854313(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACACATCC
SmilChr04G002445 Chr04 NC_080390.1:39164337-39164355promoter 内 3447-3465 bp + 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39160593-39163801(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAACAGTGGTTGAAATTT
SmilChr03G001504 Chr03 NC_080389.1:18397291-18397309promoter 内 3398-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18397894-18404947(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGAAGTTAGTTGGAACCA
SmilChr01G000878 Chr01 NC_080387.1:18661462-18661480promoter 内 3368-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18659187-18660847(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATAAGTGGTTGTGATTG
SmilChr01G004388 Chr01 NC_080387.1:62054836-62054854promoter 内 3281-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62048214-62054134(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCATCAACCACTCTCAG
SmilChr01G001780 Chr01 NC_080387.1:32689795-32689813promoter 内 3241-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32690555-32691341(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATAGGTAGGTGGAAAAC
SmilChr01G003890 Chr01 NC_080387.1:57210459-57210477promoter 内 3165-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57211295-57212440(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAACTCCAACCACAATAAT
SmilChr02G000239 Chr02 NC_080388.1:3100632-3100650promoter 内 3165-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3099708-3099814(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTATCAACCACTTTGCC
SmilChr04G001640 Chr04 NC_080390.1:27292005-27292023promoter 内 3146-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27292860-27295296(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCGCTCAACCACTGCAGG
SmilChr02G000279 Chr02 NC_080388.1:3566166-3566184promoter 内 3085-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3563736-3565268(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCAAGTGGTTGGATAAC
SmilChr02G004644 Chr02 NC_080388.1:68881715-68881733promoter 内 2981-2999 bp - 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68878194-68880713(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCACTCAACTACCTTTTA
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68516609-68516627promoter 内 2966-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68511315-68515592(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCTCAACCACAACATT
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22304358-22304376promoter 内 2877-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTTGTTGGTTGGAGGCT
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22287468-22287486promoter 内 2872-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGTTGTTGGTTGGAGGCT
SmilChr01G005483 Chr01 NC_080387.1:71791811-71791829promoter 内 2859-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71792953-71796786(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCGCTCAACCACACCCGC
SmilChr02G005005 Chr02 NC_080388.1:71852978-71852996promoter 内 2821-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71842290-71851816(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATGTGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G003072 Chr03 NC_080389.1:47740426-47740444promoter 内 2762-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47738570-47739205(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACTAGATGGTTGGGGGTT
SmilChr04G002874 Chr04 NC_080390.1:44880704-44880722promoter 内 2704-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 44882001-44884311(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAATAGTGGTTGGTGTTC
SmilChr01G003273 Chr01 NC_080387.1:51441199-51441217promoter 内 2692-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51433922-51439908(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGATGTGGTTGTGGGCT
SmilChr01G004041 Chr01 NC_080387.1:58822256-58822274promoter 内 2635-2653 bp - 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58823622-58827516(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGAAGTGGTTGACTAAG
SmilChr02G001226 Chr02 NC_080388.1:22544654-22544672promoter 内 2589-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22542391-22543260(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCGCTCAACCACTGCAGG
SmilChr03G000601 Chr03 NC_080389.1:6675400-6675418promoter 内 2571-2589 bp - 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6676830-6678523(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCAAGTGGTTGGATAAC
SmilChr04G000971 Chr04 NC_080390.1:13034232-13034250promoter 内 2540-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13035693-13038508(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTGCCAACCACACTTGC
SmilChr03G000356 Chr03 NC_080389.1:3994613-3994631promoter 内 2539-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3992108-3993169(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACACCAACCACTATTGT
SmilChr03G000386 Chr03 NC_080389.1:4289991-4290009promoter 内 2527-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4291465-4292439(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCAAGTGGTTGGATAAC
SmilChr02G000145 Chr02 NC_080388.1:1936933-1936951promoter 内 2525-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1938409-1944296(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGCACCAACCATCTCGGC
SmilChr01G003474 Chr01 NC_080387.1:53297444-53297462promoter 内 2416-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53299029-53300900(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGCACAACCACCTAGTC
SmilChr01G005227 Chr01 NC_080387.1:69814614-69814632promoter 内 2409-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69808976-69813040(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGGAGTGGTTGAAAGGA
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