转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 81 / 134 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005830 Chr01 NC_080387.1:74310037-74310051promoter 内 318-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 4 74302395-74306368(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCAATAATGATTAG
SmilChr03G002319 Chr03 NC_080389.1:36552358-36552372promoter 内 3654-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 36550814-36552025(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATGTAATGATGTT
SmilChr03G003299 Chr03 NC_080389.1:51099089-51099103promoter 内 3494-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 51099596-51100814(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTACTGATGATTAA
SmilChr03G002074 Chr03 NC_080389.1:31695952-31695966promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 31696713-31698796(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTATAATGATTGG
SmilChr01G005006 Chr01 NC_080387.1:68114348-68114362promoter 内 2374-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 68107762-68112735(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTAATTTA
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1749670-1749684promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 1745405-1749659(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTGGTAATGATTTT
SmilChr03G000216 Chr03 NC_080389.1:2513660-2513674promoter 内 3828-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 2513833-2516724(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTTTT
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57998249-57998263promoter 内 3726-3740 bp + 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAAAAATGATTGC
SmilChr01G001917 Chr01 NC_080387.1:34313011-34313025promoter 内 3628-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 34313384-34317252(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTTGTA
SmilChr01G003504 Chr01 NC_080387.1:53620311-53620325promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 53617154-53619704(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTCTAATGATAAC
SmilChr02G001785 Chr02 NC_080388.1:32627474-32627488promoter 内 2552-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32628923-32634187(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTATTTAATGATTAC
SmilChr01G004627 Chr01 NC_080387.1:64328069-64328083promoter 内 2432-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 64324689-64326514(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCCAAG
SmilChr02G003390 Chr02 NC_080388.1:55022132-55022146promoter 内 2353-2367 bp + 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 55023780-55031918(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTATATAATGATGGG
SmilChr02G002526 Chr02 NC_080388.1:43952128-43952142promoter 内 2324-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 43953805-43955960(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATGATTACTTAA
SmilChr01G002128 Chr01 NC_080387.1:37281587-37281601promoter 内 2075-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 37283513-37294618(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAGGCAATGATTGA
SmilChr03G000512 Chr03 NC_080389.1:5509525-5509539promoter 内 1728-1742 bp - 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 5511798-5516423(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCAGTACT
SmilChr03G000696 Chr03 NC_080389.1:7771667-7771681promoter 内 1626-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 7763238-7769306(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTTTT
SmilChr02G003562 Chr02 NC_080388.1:56797500-56797514promoter 内 1112-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56800389-56800970(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATTTG
SmilChr01G003087 Chr01 NC_080387.1:49706929-49706943promoter 内 954-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49701859-49703896(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACGTTA
SmilChr03G002960 Chr03 NC_080389.1:46363295-46363309promoter 内 798-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 46357573-46360106(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAGCTAATGATGGT
SmilChr02G003537 Chr02 NC_080388.1:56514354-56514368promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 56517934-56519916(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGCTTAG
SmilChr03G002098 Chr03 NC_080389.1:32442708-32442722promoter 内 377-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32446332-32448539(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGTAATTATGGC
SmilChr01G005836 Chr01 NC_080387.1:74381969-74381983promoter 内 237-251 bp - 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 74371627-74378219(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCAATAATGATTAG
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68114348-68114362promoter 内 70-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 68118279-68120350(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAATTAATGATTAG
SmilChr01G003180 Chr01 NC_080387.1:50583433-50583447promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50583498-50586790(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATAAT
SmilChr02G000442 Chr02 NC_080388.1:5754345-5754359promoter 内 3887-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5754459-5756152(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATAGTA
SmilChr01G005275 Chr01 NC_080387.1:70177830-70177844promoter 内 3854-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70176878-70177697(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTTTT
SmilChr02G005411 Chr02 NC_080388.1:74598500-74598514promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 74598765-74599655(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTAGCTTT
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70127420-70127434promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70127786-70128712(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCTCG
SmilChr02G005586 Chr02 NC_080388.1:75667846-75667860promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75664446-75667481(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTTCCTTC
SmilChr01G002740 Chr01 NC_080387.1:45713295-45713309promoter 内 3570-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45711168-45712878(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTAATTCT
SmilChr01G004815 Chr01 NC_080387.1:66340388-66340402promoter 内 3489-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66340900-66342508(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAGAAAA
SmilChr01G004754 Chr01 NC_080387.1:65743318-65743332promoter 内 3482-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65743837-65744217(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTTTT
SmilChr01G000948 Chr01 NC_080387.1:20067771-20067785promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20068353-20077899(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATTAATGATTAT
SmilChr01G000855 Chr01 NC_080387.1:18427245-18427259promoter 内 3367-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18427879-18429114(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTCTATT
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52992040-52992054promoter 内 3346-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52988922-52991399(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTCTAATGATAAC
SmilChr02G004494 Chr02 NC_080388.1:67449800-67449814promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 67447570-67449097(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAAATTA
SmilChr01G001231 Chr01 NC_080387.1:24729592-24729606promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24727627-24728787(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGAAATGATTAC
SmilChr01G000186 Chr01 NC_080387.1:3183877-3183891promoter 内 3069-3083 bp - 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3181788-3182959(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTTTTAATGATTAT
SmilChr01G003362 Chr01 NC_080387.1:52366210-52366224promoter 内 2962-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 52367249-52373590(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATC
SmilChr01G004963 Chr01 NC_080387.1:67709866-67709880promoter 内 2927-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 67706278-67708806(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTGCTAATGATTAA
SmilChr02G000048 Chr02 NC_080388.1:649413-649427promoter 内 2901-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 650513-656626(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTTATAATGATTGT
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71649031-71649045promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71650157-71655342(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGAGATAATGATTTC
SmilChr02G000173 Chr02 NC_080388.1:2219170-2219184promoter 内 2874-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2211989-2218057(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTTATAATGATTGT
SmilChr03G000568 Chr03 NC_080389.1:6194848-6194862promoter 内 2833-2847 bp - 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6196016-6200437(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCATCATTACCTTC
SmilChr02G005409 Chr02 NC_080388.1:74598500-74598514promoter 内 2771-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 74595786-74597284(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGCTAATGATTTC
SmilChr02G003692 Chr02 NC_080388.1:58336181-58336195promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58332437-58334799(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATGGAT
SmilChr01G004061 Chr01 NC_080387.1:59034861-59034875promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 59033060-59033455(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTTTTAC
SmilChr01G005160 Chr01 NC_080387.1:69373511-69373525promoter 内 2392-2406 bp + 1595 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69375120-69376802(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAGGGTAATGATTTG
SmilChr02G003008 Chr02 NC_080388.1:50716907-50716921promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50713772-50715265(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATAAT