转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 83 / 130 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002979 Chr05 NC_080391.1:36328874-36328885promoter 内 2061-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 36330814-36332477(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGCG
SmilChr03G002555 Chr03 NC_080389.1:40724347-40724358promoter 内 1497-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 40726851-40729666(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAA
SmilChr07G000785 Chr07 NC_080393.1:5522465-5522476promoter 内 1148-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 5525318-5527099(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCCAG
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68567106-68567117promoter 内 432-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 68561984-68563548(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGGCGGACCACA
SmilChr07G003420 Chr07 NC_080393.1:37371944-37371955promoter 内 90-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 37365030-37368044(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGCCGGACCACC
SmilChr06G001254 Chr06 NC_080392.1:13049204-13049215promoter 内 3909-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13045157-13049123(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATCGGGACCAAC
SmilChr07G003455 Chr07 NC_080393.1:38604301-38604312promoter 内 3909-3920 bp + 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38604393-38607707(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATCGGGACCAAC
SmilChr02G005203 Chr02 NC_080388.1:73287135-73287146promoter 内 3887-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73287249-73289952(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCTAAC
SmilChr02G005202 Chr02 NC_080388.1:73287135-73287146promoter 内 3879-3890 bp - 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73286223-73287024(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTAGGACCACT
SmilChr02G005210 Chr02 NC_080388.1:73331402-73331413promoter 内 3878-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73330538-73331290(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTAGGACCACT
SmilChr01G000882 Chr01 NC_080387.1:18765869-18765880promoter 内 3837-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18762721-18765716(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCATT
SmilChr08G003366 Chr08 NC_080394.1:35240148-35240159promoter 内 3832-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35237471-35239990(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ACTGGTCCCACC
SmilChr03G002632 Chr03 NC_080389.1:41788836-41788847promoter 内 3830-3841 bp + 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 41787350-41788676(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCAACC
SmilChr02G005435 Chr02 NC_080388.1:74769424-74769435promoter 内 3816-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74764283-74769250(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGGGGACCATC
SmilChr01G005602 Chr01 NC_080387.1:72597139-72597150promoter 内 3805-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72596794-72596954(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGTCCCAAA
SmilChr04G001484 Chr04 NC_080390.1:24270894-24270905promoter 内 3718-3729 bp - 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24271177-24288406(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAA
SmilChr01G000287 Chr01 NC_080387.1:5639820-5639831promoter 内 3666-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5640155-5641397(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGCG
SmilChr02G005436 Chr02 NC_080388.1:74769424-74769435promoter 内 3656-3667 bp - 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74769769-74777238(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAA
SmilChr03G002228 Chr03 NC_080389.1:35107000-35107011promoter 内 3633-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35107368-35109860(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTCCT
SmilChr03G003466 Chr03 NC_080389.1:53122749-53122760promoter 内 3627-3638 bp - 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53119620-53122386(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGGGGACCATC
SmilChr05G001685 Chr05 NC_080391.1:16009280-16009291promoter 内 3624-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16007418-16008914(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTCGGACCACC
SmilChr07G000676 Chr07 NC_080393.1:4606453-4606464promoter 内 3617-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4605649-4606080(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGGAGGACCACC
SmilChr07G003499 Chr07 NC_080393.1:39777142-39777153promoter 内 3590-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 39775994-39776742(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTCGGACCACC
SmilChr08G004364 Chr08 NC_080394.1:53371360-53371371promoter 内 3523-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53368899-53370893(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCGC
SmilChr02G003637 Chr02 NC_080388.1:57734419-57734430promoter 内 3522-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57734898-57741109(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGCG
SmilChr07G002677 Chr07 NC_080393.1:26181410-26181421promoter 内 3464-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26181947-26186263(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCGCGG
SmilChr03G001282 Chr03 NC_080389.1:15005570-15005581promoter 内 3454-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14998032-15005034(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCATT
SmilChr01G000959 Chr01 NC_080387.1:20308380-20308391promoter 内 3409-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20307693-20307799(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCCAG
SmilChr03G002097 Chr03 NC_080389.1:32420440-32420451promoter 内 3409-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 32421032-32421138(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCCAG
SmilChr04G002702 Chr04 NC_080390.1:42537461-42537472promoter 内 3409-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42536774-42536880(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCCAG
SmilChr01G005365 Chr01 NC_080387.1:70876914-70876925promoter 内 3372-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70873447-70876296(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCAAC
SmilChr04G001711 Chr04 NC_080390.1:28280616-28280627promoter 内 3335-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28281282-28281974(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCCAG
SmilChr06G002771 Chr06 NC_080392.1:40302379-40302390promoter 内 3325-3336 bp - 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40303055-40306043(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAA
SmilChr07G001535 Chr07 NC_080393.1:12449778-12449789promoter 内 3276-3287 bp - 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12450503-12458543(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGTCCCAAA
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42939004-42939015promoter 内 3230-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CGCCGGACCACC
SmilChr07G003799 Chr07 NC_080393.1:46813935-46813946promoter 内 3230-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46782944-46813175(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAA
SmilChr03G000424 Chr03 NC_080389.1:4605527-4605538promoter 内 3210-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4606318-4613616(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCCAA
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SmilChr03G002790 Chr03 NC_080389.1:44405180-44405191promoter 内 2777-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44402320-44403967(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCGGGGACCATT
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