转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 85 / 121 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004985 Chr01 NC_080387.1:67904355-67904369promoter 内 2898-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 4 67897017-67903266(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAACAGATCTGTT
SmilChr03G000435 Chr03 NC_080389.1:4708666-4708680promoter 内 1204-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 4711463-4714015(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAATTAT
SmilChr05G001315 Chr05 NC_080391.1:11317781-11317795promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 11320858-11323001(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGAGCGGATCTGAA
SmilChr03G002928 Chr03 NC_080389.1:46040022-46040036promoter 内 921-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 46035383-46036956(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTCTC
SmilChr01G003090 Chr01 NC_080387.1:49720336-49720350promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 49717894-49720263(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCGCTGGATCTGAA
SmilChr04G002006 Chr04 NC_080390.1:32489396-32489410promoter 内 3908-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 32489489-32491723(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTCTC
SmilChr03G001272 Chr03 NC_080389.1:14829411-14829425promoter 内 3711-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 14829701-14831990(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCGTTGT
SmilChr03G000441 Chr03 NC_080389.1:4744484-4744498promoter 内 3164-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 4741905-4743661(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATGGCT
SmilChr03G001376 Chr03 NC_080389.1:16248126-16248140promoter 内 3138-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 16248989-16250404(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCACCTTA
SmilChr02G000264 Chr02 NC_080388.1:3421556-3421570promoter 内 2931-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 3422626-3423363(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGTCGGC
SmilChr03G000442 Chr03 NC_080389.1:4750793-4750807promoter 内 2343-2357 bp + 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 4748217-4749149(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATGGCT
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34770936-34770950promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 34772643-34776230(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTAGATCTAGACTT
SmilChr01G000078 Chr01 NC_080387.1:1353907-1353921promoter 内 1543-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 1349393-1351463(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCTTTGGATCTGAC
SmilChr01G000828 Chr01 NC_080387.1:17830303-17830317promoter 内 1510-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 17832794-17833947(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCGTTGGATCTGAT
SmilChr04G001464 Chr04 NC_080390.1:24060355-24060369promoter 内 1023-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 24054346-24057391(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAATCTA
SmilChr04G001687 Chr04 NC_080390.1:27896137-27896151promoter 内 957-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 27899181-27902134(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGAGAGATCTGAA
SmilChr01G004073 Chr01 NC_080387.1:59137175-59137189promoter 内 952-966 bp - 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 59127187-59134140(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGATATAGATCTTAG
SmilChr03G004327 Chr03 NC_080389.1:61633719-61633733promoter 内 343-357 bp + 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 61619444-61630075(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTATATAT
SmilChr03G002681 Chr03 NC_080389.1:42593195-42593209promoter 内 3964-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42593232-42596144(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAGATCTAGTTTA
SmilChr03G002667 Chr03 NC_080389.1:42368213-42368227promoter 内 3857-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42363952-42368083(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAACTAGATCTCGC
SmilChr01G003647 Chr01 NC_080387.1:54949476-54949490promoter 内 3834-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54949643-54949781(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAAGGAGATCTGGG
SmilChr02G001855 Chr02 NC_080388.1:33766259-33766273promoter 内 3831-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33765968-33766103(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAAGGAGATCTGGG
SmilChr02G001933 Chr02 NC_080388.1:34746476-34746490promoter 内 3831-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34746646-34746781(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAAGGAGATCTGGG
SmilChr05G001372 Chr05 NC_080391.1:12243881-12243895promoter 内 3800-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12244082-12254511(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCAT
SmilChr01G004367 Chr01 NC_080387.1:61853318-61853332promoter 内 3718-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61851179-61853049(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAGCTCA
SmilChr01G000036 Chr01 NC_080387.1:584100-584114promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 582624-583743(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCTCTCT
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72161100-72161114promoter 内 3566-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTCTAGATCTCAC
SmilChr03G002866 Chr03 NC_080389.1:45279965-45279979promoter 内 3564-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45274578-45279542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCACGAGATCTGGG
SmilChr03G003844 Chr03 NC_080389.1:57561489-57561503promoter 内 3376-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57559897-57560878(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAAATTC
SmilChr03G003845 Chr03 NC_080389.1:57568886-57568900promoter 内 3376-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57567386-57568275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTAAATTC
SmilChr02G000039 Chr02 NC_080388.1:478429-478443promoter 内 3370-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 479060-481138(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCCGATCTAGCTTT
SmilChr02G003568 Chr02 NC_080388.1:56857784-56857798promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56856467-56857135(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCTCTCT
SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21337034-21337048promoter 内 3316-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21337719-21339873(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATGCAAATCTGAA
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22354980-22354994promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22352657-22354291(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATGCAAATCTGAA
SmilChr05G001747 Chr05 NC_080391.1:16975799-16975813promoter 内 3269-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16976531-16979142(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGTTGT
SmilChr03G003453 Chr03 NC_080389.1:52895504-52895518promoter 内 3226-3240 bp + 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52896279-52899417(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTCTAGATCCATG
SmilChr01G004090 Chr01 NC_080387.1:59324463-59324477promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 59319395-59323696(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGTGAT
SmilChr03G003536 Chr03 NC_080389.1:53963800-53963814promoter 内 3117-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 53964684-53974120(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTAAATGT
SmilChr03G001308 Chr03 NC_080389.1:15368460-15368474promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15369393-15370731(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCGTTAGATCTGAG
SmilChr01G001433 Chr01 NC_080387.1:28001708-28001722promoter 内 2882-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28002827-28004657(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCAACAT
SmilChr01G003407 Chr01 NC_080387.1:52731868-52731882promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52733025-52736021(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATTTAT
SmilChr01G000668 Chr01 NC_080387.1:14820537-14820551promoter 内 2798-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14821740-14822909(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTCAA
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62111057-62111071promoter 内 2785-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTGAGATCTGGT
SmilChr03G002615 Chr03 NC_080389.1:41555084-41555098promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 41551723-41553842(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTATA
SmilChr03G000861 Chr03 NC_080389.1:9826198-9826212promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9827458-9829853(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAGCTAGATCTGTC
SmilChr01G005141 Chr01 NC_080387.1:69195221-69195235promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69196541-69199173(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTTGAGATCTGAT
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12282061-12282075promoter 内 2636-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTCAA
SmilChr03G001059 Chr03 NC_080389.1:12287784-12287798promoter 内 2636-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12289149-12290155(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTCAA
SmilChr05G000207 Chr05 NC_080391.1:1649765-1649779promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1645530-1648383(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACGGCGGATCTGAT
SmilChr01G000462 Chr01 NC_080387.1:9472700-9472714promoter 内 2524-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9461883-9471237(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAAAGGA