转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 86 / 128 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000364 Chr03 NC_080389.1:4081490-4081504promoter 内 3034-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4082457-4083367(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCGC
SmilChr01G005547 Chr01 NC_080387.1:72269204-72269218promoter 内 2938-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72270267-72274502(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAAC
SmilChr02G005436 Chr02 NC_080388.1:74768704-74768718promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 74769769-74777238(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACATCACCACCGCCA
SmilChr03G001417 Chr03 NC_080389.1:16814274-16814288promoter 内 2922-2936 bp + 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16810959-16813209(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGTGA
SmilChr01G001907 Chr01 NC_080387.1:34152848-34152862promoter 内 2907-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 34153942-34154646(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCGGCACCGCCC
SmilChr05G002944 Chr05 NC_080391.1:35496308-35496322promoter 内 2704-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35491713-35495025(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACTCTTCCACCGCCG
SmilChr06G002036 Chr06 NC_080392.1:26616100-26616114promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26617506-26618147(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGAGCCACCGCCG
SmilChr03G001418 Chr03 NC_080389.1:16814274-16814288promoter 内 2572-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16815703-16820610(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACGACCACCGCCG
SmilChr08G001048 Chr08 NC_080394.1:7988911-7988925promoter 内 2495-2509 bp - 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7990417-7993338(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCTCCGG
SmilChr08G003814 Chr08 NC_080394.1:44324856-44324870promoter 内 2488-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44319891-44323357(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCGTCACCGCCA
SmilChr03G002938 Chr03 NC_080389.1:46110385-46110399promoter 内 2458-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46107894-46108856(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATTC
SmilChr03G002939 Chr03 NC_080389.1:46119903-46119917promoter 内 2448-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46117412-46118364(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATTC
SmilChr03G000927 Chr03 NC_080389.1:10608963-10608977promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10610575-10612075(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCACCACCGCGA
SmilChr06G002956 Chr06 NC_080392.1:42366990-42367004promoter 内 2374-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42364787-42365377(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCGCCACCGCGA
SmilChr02G002688 Chr02 NC_080388.1:46554502-46554516promoter 内 2339-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46556164-46557568(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCGTCACCGCCA
SmilChr08G003206 Chr08 NC_080394.1:32886161-32886175promoter 内 2204-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32887958-32890153(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCAACCACCGCCT
SmilChr05G000334 Chr05 NC_080391.1:2497128-2497142promoter 内 2160-2174 bp + 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2492795-2495301(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGACGAGG
SmilChr03G001937 Chr03 NC_080389.1:27500751-27500765promoter 内 2150-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27502602-27504582(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACTCCACCGACT
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49498496-49498510promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49500463-49501685(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCATG
SmilChr06G002035 Chr06 NC_080392.1:26616100-26616114promoter 内 1761-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26611775-26613874(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCGC
SmilChr08G002156 Chr08 NC_080394.1:19482689-19482703promoter 内 1655-1669 bp + 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19485035-19485142(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATTCCTCCACCGCCG
SmilChr06G000590 Chr06 NC_080392.1:5083294-5083308promoter 内 1589-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5079450-5080896(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGATTC
SmilChr02G003299 Chr02 NC_080388.1:54280827-54280841promoter 内 1574-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54252125-54278414(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACGACCACCGCTG
SmilChr05G002272 Chr05 NC_080391.1:24424944-24424958promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24421579-24422517(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGCCGT
SmilChr01G001863 Chr01 NC_080387.1:33586725-33586739promoter 内 1532-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33583866-33584270(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGCCGGAGG
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49498496-49498510promoter 内 1523-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49500974-49501057(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCATG
SmilChr05G001741 Chr05 NC_080391.1:16875600-16875614promoter 内 1502-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16878099-16883482(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGGAGCCACCGCCG
SmilChr02G002751 Chr02 NC_080388.1:47534430-47534444promoter 内 1467-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47536964-47538247(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACAACCACCGCCG
SmilChr07G000986 Chr07 NC_080393.1:7187434-7187448promoter 内 1397-1411 bp + 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7182615-7184844(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGAAAG
SmilChr05G002941 Chr05 NC_080391.1:35456226-35456240promoter 内 1364-1378 bp + 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35458863-35462772(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTCACCGCCG
SmilChr05G003097 Chr05 NC_080391.1:39385696-39385710promoter 内 1294-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39388403-39389928(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGAAAG
SmilChr01G003122 Chr01 NC_080387.1:50051372-50051386promoter 内 1241-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50040153-50048626(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTTCACCACCGCCG
SmilChr01G003061 Chr01 NC_080387.1:49498496-49498510promoter 内 1237-1251 bp - 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49493012-49495746(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATGCACCACCGCCG
SmilChr01G005318 Chr01 NC_080387.1:70423527-70423541promoter 内 1222-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 70417602-70420762(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGACGGCGT
SmilChr06G000697 Chr06 NC_080392.1:6202819-6202833promoter 内 1125-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6205695-6209469(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAAA
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