转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 86 / 161 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55702682-55702696promoter 内 898-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 55696078-55699593(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCCATGCCGACGCAT
SmilChr03G000255 Chr03 NC_080389.1:3004615-3004629promoter 内 853-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 2998412-3001481(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGAAGCCGACAAAG
SmilChr05G004340 Chr05 NC_080391.1:57054219-57054233promoter 内 3976-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57054244-57059014(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGTTGGGG
SmilChr03G001687 Chr03 NC_080389.1:22282992-22283006promoter 内 3966-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22282306-22282971(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTACACCGACAACG
SmilChr03G003255 Chr03 NC_080389.1:50446670-50446684promoter 内 3766-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50441858-50446449(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTCGTCGGCACCCC
SmilChr04G000511 Chr04 NC_080390.1:5603371-5603385promoter 内 3734-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5603638-5604871(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGTAGGAT
SmilChr03G004416 Chr03 NC_080389.1:62323578-62323592promoter 内 3733-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62320607-62323324(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTACGTCGGCAAAAT
SmilChr03G001670 Chr03 NC_080389.1:21755483-21755497promoter 内 3567-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21751607-21755063(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATGTCGGCCAAGA
SmilChr02G001394 Chr02 NC_080388.1:26485065-26485079promoter 内 3414-3428 bp - 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26482916-26484492(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTATGTCGGCCAAAG
SmilChr03G003237 Chr03 NC_080389.1:50272154-50272168promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50272795-50275365(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCAACGCCGACATCT
SmilChr07G003916 Chr07 NC_080393.1:49429613-49429627promoter 内 3345-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49423566-49428971(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCAACCGACAAAA
SmilChr06G002823 Chr06 NC_080392.1:40980240-40980254promoter 内 3334-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40980907-40988540(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCGCTTT
SmilChr08G000668 Chr08 NC_080394.1:4958930-4958944promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4955486-4958273(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTAACGCCGACACTT
SmilChr04G002891 Chr04 NC_080390.1:45129910-45129924promoter 内 3261-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45128099-45129184(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGGAGCCGACACTC
SmilChr04G002892 Chr04 NC_080390.1:45139762-45139776promoter 内 3261-3275 bp + 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45137951-45139036(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGGAGCCGACACTC
SmilChr06G003072 Chr06 NC_080392.1:43611800-43611814promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43608328-43611054(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTGTCGGTAACCT
SmilChr03G002436 Chr03 NC_080389.1:38686743-38686757promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38684669-38685895(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCTGATA
SmilChr07G000727 Chr07 NC_080393.1:5062702-5062716promoter 内 3105-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5059507-5061820(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCACGTCGGCAGGTG
SmilChr07G001086 Chr07 NC_080393.1:7958097-7958111promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7955591-7957178(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACATAGCCGACACTT
SmilChr05G001752 Chr05 NC_080391.1:17062647-17062661promoter 内 3063-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17063585-17067485(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGGTGCCGACGTCG
SmilChr01G001553 Chr01 NC_080387.1:29518528-29518542promoter 内 3053-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29514942-29517594(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGCATACA
SmilChr04G003722 Chr04 NC_080390.1:53564882-53564896promoter 内 3025-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53565858-53570442(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCGTTGA
SmilChr01G005298 Chr01 NC_080387.1:70278933-70278947promoter 内 3000-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70279934-70281517(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCTGTCGGCATTGT
SmilChr07G001373 Chr07 NC_080393.1:10657756-10657770promoter 内 2907-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10654924-10656676(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATGTGCCGACACGG
SmilChr06G002018 Chr06 NC_080392.1:25973565-25973579promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 25974700-25975496(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAGTGTCGGCTACTT
SmilChr07G001366 Chr07 NC_080393.1:10581443-10581457promoter 内 2860-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10578598-10580316(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATGTGCCGACACGG
SmilChr06G001959 Chr06 NC_080392.1:24408525-24408539promoter 内 2828-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 24405973-24407366(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCAAGCCGACAATT
SmilChr05G004376 Chr05 NC_080391.1:57273082-57273096promoter 内 2798-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57274285-57277347(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCTGTTG
SmilChr01G004357 Chr01 NC_080387.1:61761159-61761173promoter 内 2535-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61756501-61759707(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATATGTCGGCGCCAT
SmilChr01G005987 Chr01 NC_080387.1:75498672-75498686promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 75494137-75497208(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCCGTCGGCAAACT
SmilChr01G003939 Chr01 NC_080387.1:57723102-57723116promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57724586-57724936(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAACGTCGGCAACAA
SmilChr01G004541 Chr01 NC_080387.1:63562515-63562529promoter 内 2470-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63559863-63560998(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTTGCCGACATTT
SmilChr03G003930 Chr03 NC_080389.1:58370054-58370068promoter 内 2428-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58371627-58374485(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCTCAACCGACAAAC
SmilChr04G002182 Chr04 NC_080390.1:35269096-35269110promoter 内 2278-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35270819-35276592(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCCCCGC
SmilChr02G001150 Chr02 NC_080388.1:20957842-20957856promoter 内 2236-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 20959607-20961547(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGTAATAG
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