转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 89 / 130 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002670 Chr01 NC_080387.1:44911264-44911276promoter 内 732-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44914533-44918072(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTACT
SmilChr03G000958 Chr03 NC_080389.1:10825499-10825511promoter 内 705-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10828795-10831314(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAATATTCCTTT
SmilChr03G000119 Chr03 NC_080389.1:1295551-1295563promoter 内 667-679 bp - 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1298885-1300507(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCCATG
SmilChr01G000313 Chr01 NC_080387.1:6051963-6051975promoter 内 591-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6045768-6048565(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGAGAATATTTT
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40286177-40286189promoter 内 578-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGGGAATATTGG
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3240459-3240471promoter 内 567-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3207949-3237037(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGATATTCTCCT
SmilChr02G004422 Chr02 NC_080388.1:66548280-66548292promoter 内 563-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66551718-66553390(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTAGAATATTTG
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18317273-18317285promoter 内 534-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAGGAATATTTA
SmilChr02G003645 Chr02 NC_080388.1:57826479-57826491promoter 内 531-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57804805-57823021(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATTGGAATATTAC
SmilChr03G000094 Chr03 NC_080389.1:1056433-1056445promoter 内 513-525 bp + 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1041581-1052957(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGATATTCTCCT
SmilChr02G003571 Chr02 NC_080388.1:56870094-56870106promoter 内 511-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56873584-56873690(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAAATATTCCTTT
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:69002489-69002501promoter 内 497-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GATATATTCTCTC
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76056229-76056241promoter 内 493-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 76048442-76052733(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCATATTCTCCG
SmilChr03G000532 Chr03 NC_080389.1:5736844-5736856promoter 内 366-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5729640-5733221(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAGGAATATTTA
SmilChr02G003790 Chr02 NC_080388.1:59556229-59556241promoter 内 250-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59550439-59552490(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGAGAATATTTT
SmilChr01G004596 Chr01 NC_080387.1:63937218-63937230promoter 内 238-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63940981-63944699(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGATTCTTTC
SmilChr02G000014 Chr02 NC_080388.1:117376-117388promoter 内 235-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 110968-113622(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAGGAATATTTA
SmilChr01G003244 Chr01 NC_080387.1:51170305-51170317promoter 内 230-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51174076-51176713(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TAGAGAATATTTT
SmilChr01G005998 Chr01 NC_080387.1:75569653-75569665promoter 内 226-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75564120-75565890(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCCCCA
SmilChr02G000909 Chr02 NC_080388.1:15723564-15723576promoter 内 111-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15716668-15719686(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CCAATATTCCCTC
SmilChr01G001973 Chr01 NC_080387.1:35110316-35110328promoter 内 101-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35114216-35115779(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAGGAATATTTA
SmilChr01G002188 Chr01 NC_080387.1:38002212-38002224promoter 内 72-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 37997566-37998295(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAAGGATATTCC
SmilChr01G001394 Chr01 NC_080387.1:27438673-27438685promoter 内 65-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27433553-27434749(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATATG
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62808705-62808717promoter 内 60-72 bp + 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCAATATTCTCAT
SmilChr02G000131 Chr02 NC_080388.1:1802926-1802938promoter 内 55-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1797090-1798992(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATTGGAATATTAC
SmilChr01G002787 Chr01 NC_080387.1:46341894-46341906promoter 内 2597-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 46343298-46347117(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAGGAATATTAC
SmilChr03G001629 Chr03 NC_080389.1:20988914-20988926promoter 内 653-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 20992262-20994544(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAAGAATATTTG
SmilChr01G000028 Chr01 NC_080387.1:542507-542519promoter 内 3846-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 541403-542364(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCCTAG
SmilChr01G004545 Chr01 NC_080387.1:63593292-63593304promoter 内 3707-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 63593586-63593657(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCGCTA
SmilChr02G003030 Chr02 NC_080388.1:51005800-51005812promoter 内 3695-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 51006106-51006841(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGAT
SmilChr02G005380 Chr02 NC_080388.1:74480859-74480871promoter 内 3665-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 74478315-74480535(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATCAGAATATTTT
SmilChr01G005340 Chr01 NC_080387.1:70629081-70629093promoter 内 3462-3474 bp - 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 70625528-70628554(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCAAGAATATTTC
SmilChr02G004652 Chr02 NC_080388.1:68955985-68955997promoter 内 3435-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 68954898-68955431(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAATATTCCATT
SmilChr01G002211 Chr01 NC_080387.1:38439964-38439976promoter 内 3055-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 38435503-38439030(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTTATATTCTTTT
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16269032-16269044promoter 内 3013-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 16265866-16268056(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAAGAATATTAC
SmilChr02G001492 Chr02 NC_080388.1:27878803-27878815promoter 内 2897-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 27879907-27881863(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TACAGAATATTTG
SmilChr02G004725 Chr02 NC_080388.1:69501832-69501844promoter 内 2682-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 69497302-69500525(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATAAGAATATATC
SmilChr02G001491 Chr02 NC_080388.1:27878803-27878815promoter 内 2605-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 27874088-27877419(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTGTA
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SmilChr02G000506 Chr02 NC_080388.1:6968354-6968366promoter 内 2286-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 6958277-6966651(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTAAA
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SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33082358-33082370promoter 内 2173-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 33084186-33088888(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGAT
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SmilChr02G002518 Chr02 NC_080388.1:43704092-43704104promoter 内 585-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 43700583-43700688(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTGC
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SmilChr02G005172 Chr02 NC_080388.1:73024169-73024181promoter 内 327-339 bp - 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 73027843-73038259(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTGAT