转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 91 / 133 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67818673-67818687promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 67819567-67820587(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCACCTTATCTCTC
SmilChr03G000875 Chr03 NC_080389.1:9939014-9939028promoter 内 3046-3060 bp + 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 9939969-9943944(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGAGATAAGGTGGT
SmilChr01G001912 Chr01 NC_080387.1:34265889-34265903promoter 内 2976-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 34266914-34268749(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39620612-39620626promoter 内 2890-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 39613927-39619515(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTATCCTTATCAGAA
SmilChr02G001300 Chr02 NC_080388.1:24132354-24132368promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 24130922-24130994(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACAATCT
SmilChr02G005299 Chr02 NC_080388.1:73950876-73950890promoter 内 2578-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 73948425-73949467(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACAATCT
SmilChr02G005499 Chr02 NC_080388.1:75138629-75138643promoter 内 2435-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 75140195-75145256(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATTCCTTATCATCA
SmilChr01G002734 Chr01 NC_080387.1:45691229-45691243promoter 内 2400-2414 bp - 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 45692830-45692988(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr01G003299 Chr01 NC_080387.1:51679092-51679106promoter 内 2191-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 51675459-51677296(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGAGATAAGGTGGT
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77068921-77068935promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 77064432-77067053(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr02G004049 Chr02 NC_080388.1:62824876-62824890promoter 内 1937-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 62818193-62822826(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAATGATCA
SmilChr01G001557 Chr01 NC_080387.1:29591026-29591040promoter 内 1833-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 29593194-29595995(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCAAGA
SmilChr02G001645 Chr02 NC_080388.1:30522630-30522644promoter 内 1787-1801 bp + 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 30524844-30526432(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGAGATAAGGTGGT
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75414089-75414103promoter 内 1780-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 75408257-75411882(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAAGTAAT
SmilChr01G002678 Chr01 NC_080387.1:44981201-44981215promoter 内 1503-1517 bp - 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 44983699-44992343(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr02G002284 Chr02 NC_080388.1:40317555-40317569promoter 内 1479-1493 bp + 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40312535-40315047(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr03G000099 Chr03 NC_080389.1:1104129-1104143promoter 内 1468-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 1100440-1101610(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTCCCTTATCTCAT
SmilChr02G003778 Chr02 NC_080388.1:59473877-59473891promoter 内 1442-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 59468707-59471332(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACAGATAAGGCATC
SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44960746-44960760promoter 内 1439-1453 bp + 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 44958127-44958198(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr03G000325 Chr03 NC_080389.1:3729512-3729526promoter 内 1415-1429 bp + 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 3725567-3726940(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACATGCTTATCCATC
SmilChr01G002735 Chr01 NC_080387.1:45691229-45691243promoter 内 1301-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 45693929-45694047(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr01G001529 Chr01 NC_080387.1:29284416-29284430promoter 内 855-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 29287562-29290363(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAAGATAT
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18190938-18190952promoter 内 830-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 18186984-18187781(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCGGGATAAGGCAAA
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54921926-54921940promoter 内 806-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 54925121-54932996(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTACCTTATCACTT
SmilChr01G004204 Chr01 NC_080387.1:60492517-60492531promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 60495773-60497387(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCATCCTTATCGTAA
SmilChr01G003977 Chr01 NC_080387.1:58225821-58225835promoter 内 538-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 58229284-58236430(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCTCCTTATCATCT
SmilChr01G005449 Chr01 NC_080387.1:71555618-71555632promoter 内 521-535 bp + 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 71559098-71562935(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAACAGTAT
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64201934-64201948promoter 内 451-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 64205484-64206311(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGAGATAAGGTGGT
SmilChr01G003167 Chr01 NC_080387.1:50461343-50461357promoter 内 330-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 50465014-50465975(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATGGATAATGTTAT
SmilChr01G003329 Chr01 NC_080387.1:51985018-51985032promoter 内 252-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 51979530-51981283(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGCTACA
SmilChr01G004974 Chr01 NC_080387.1:67818673-67818687promoter 内 176-190 bp - 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 67822498-67823169(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCACCTTATCTCTC
SmilChr01G000377 Chr01 NC_080387.1:7787903-7787917promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 7779879-7783982(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCTCCTTATCATCT
SmilChr02G000060 Chr02 NC_080388.1:777584-777598promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 772169-773644(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGCATTATCCAAA
SmilChr02G003142 Chr02 NC_080388.1:52433071-52433085promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 52437057-52437611(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCTGACTTATCCATT
SmilChr03G000372 Chr03 NC_080389.1:4159281-4159295promoter 内 3970-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4158434-4159264(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTAGCTTATCCAAC
SmilChr02G000612 Chr02 NC_080388.1:8936771-8936785promoter 内 3955-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8936817-8943434(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGAGATAAGGTGGT
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