转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 92 / 123 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004078 Chr05 NC_080391.1:54656523-54656537promoter 内 1414-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54651798-54653950(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACTCCCCC
SmilChr01G005559 Chr01 NC_080387.1:72411611-72411625promoter 内 1375-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72406073-72408999(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATTTTT
SmilChr03G003588 Chr03 NC_080389.1:54541818-54541832promoter 内 1375-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54544444-54546455(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCATTCGTCGGTGAT
SmilChr02G002554 Chr02 NC_080388.1:44441739-44441753promoter 内 1251-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44444489-44446498(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGAGGTCGGTGGT
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72163426-72163440promoter 内 1240-1254 bp + 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATTTTT
SmilChr05G001702 Chr05 NC_080391.1:16224896-16224910promoter 内 1191-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16219132-16222100(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGAATAT
SmilChr05G000977 Chr05 NC_080391.1:7897652-7897666promoter 内 1187-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7891031-7894852(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCAATT
SmilChr05G003821 Chr05 NC_080391.1:51582713-51582727promoter 内 1139-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51585575-51589165(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGAAACGTCGGTGCA
SmilChr04G001871 Chr04 NC_080390.1:30512823-30512837promoter 内 1123-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30505369-30509959(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGACAAA
SmilChr08G002656 Chr08 NC_080394.1:26043548-26043562promoter 内 958-972 bp + 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 26036495-26040519(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACTAAATC
SmilChr02G004694 Chr02 NC_080388.1:69284738-69284752promoter 内 930-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 69287809-69295931(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGCTCGGCGGTGGT
SmilChr04G001222 Chr04 NC_080390.1:19070505-19070519promoter 内 903-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19073603-19077993(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACTATCCG
SmilChr06G002741 Chr06 NC_080392.1:39762220-39762234promoter 内 848-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39756785-39759081(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTGGCGGCGGTGGT
SmilChr01G001262 Chr01 NC_080387.1:25327277-25327291promoter 内 759-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 25323657-25324049(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACTATCCG
SmilChr06G000957 Chr06 NC_080392.1:9230877-9230891promoter 内 758-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9223111-9227648(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTATGGCGGTGGT
SmilChr05G001698 Chr05 NC_080391.1:16190596-16190610promoter 内 537-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16194060-16196659(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCTCGCGTCGGTGCT
SmilChr07G001500 Chr07 NC_080393.1:11924682-11924696promoter 内 537-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11928146-11963560(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATGGCTGGCGGTGGT
SmilChr07G001537 Chr07 NC_080393.1:12462405-12462419promoter 内 527-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12465879-12502598(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATGGCTGGCGGTGGT
SmilChr02G001626 Chr02 NC_080388.1:30180516-30180530promoter 内 476-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30184041-30185653(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTGTCGTCGGTGAT
SmilChr03G004124 Chr03 NC_080389.1:60095267-60095281promoter 内 392-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60088942-60091672(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCTGGT
SmilChr04G004122 Chr04 NC_080390.1:56076366-56076380promoter 内 362-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56080005-56083512(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCCAAG
SmilChr08G001962 Chr08 NC_080394.1:17274483-17274497promoter 内 275-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17278209-17279835(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTTTCGACGGTGGT
SmilChr06G003052 Chr06 NC_080392.1:43416120-43416134promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 43410461-43412323(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCGATC
SmilChr03G004126 Chr03 NC_080389.1:60095267-60095281promoter 内 171-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60099097-60101368(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCAGCGACGGTGGT
SmilChr04G001102 Chr04 NC_080390.1:15776940-15776954promoter 内 163-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 15780778-15784295(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCGTTC
SmilChr06G001556 Chr06 NC_080392.1:16969940-16969954promoter 内 24-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16962683-16965977(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGTCGACGGTGGT
SmilChr03G000413 Chr03 NC_080389.1:4459002-4459016promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4454107-4455020(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAGCCAT
SmilChr04G000303 Chr04 NC_080390.1:2795349-2795363promoter 内 3840-3854 bp + 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 2794178-2795202(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACATGGCG
SmilChr05G001087 Chr05 NC_080391.1:9055774-9055788promoter 内 3701-3715 bp - 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9056074-9058865(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGAATT
SmilChr05G002266 Chr05 NC_080391.1:24363562-24363576promoter 内 3701-3715 bp - 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 24363862-24366653(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGAATT
SmilChr04G002616 Chr04 NC_080390.1:41579095-41579109promoter 内 3213-3227 bp + 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 41571501-41578321(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGACCCT
SmilChr02G000653 Chr02 NC_080388.1:9880054-9880068promoter 内 3189-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9875624-9879256(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGGTGGTCGGTGGT
SmilChr08G001910 Chr08 NC_080394.1:16621532-16621546promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 16622688-16626133(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGACCCT
SmilChr01G002674 Chr01 NC_080387.1:44953743-44953757promoter 内 2649-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 44955095-44955667(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCACCGGCGGTGGT
SmilChr05G001401 Chr05 NC_080391.1:12603862-12603876promoter 内 2447-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 12601265-12602322(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAAAGGGTCGGTGGA
SmilChr05G002725 Chr05 NC_080391.1:31360546-31360560promoter 内 2215-2229 bp + 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 31352926-31358774(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTGAG
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SmilChr05G001920 Chr05 NC_080391.1:19474800-19474814promoter 内 1238-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 19465429-19472051(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACCCCATC
SmilChr08G002858 Chr08 NC_080394.1:28420782-28420796promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 28415798-28417780(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGACGCGGCGGTGGT
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SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34102958-34102972promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34103067-34110484(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGGACT
SmilChr02G001915 Chr02 NC_080388.1:34481052-34481066promoter 内 3863-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34473512-34480928(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGGACT
SmilChr01G001652 Chr01 NC_080387.1:30587577-30587591promoter 内 3779-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30584215-30587369(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTCGCGGCGGTGGT