转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 92 / 140 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002563 Chr02 NC_080388.1:44571748-44571762promoter 内 1749-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44569404-44569510(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCAAA
SmilChr02G002565 Chr02 NC_080388.1:44626947-44626961promoter 内 1749-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44624603-44624709(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCAAA
SmilChr03G000771 Chr03 NC_080389.1:8806789-8806803promoter 内 1639-1653 bp + 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8809151-8810054(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATGTGTTAGGTGTAT
SmilChr01G005309 Chr01 NC_080387.1:70350715-70350729promoter 内 1602-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70347307-70348330(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTTGTAGGTGAAA
SmilChr01G001429 Chr01 NC_080387.1:27928181-27928195promoter 内 1581-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 27924911-27925775(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCAAA
SmilChr03G002515 Chr03 NC_080389.1:40027041-40027055promoter 内 1539-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40029503-40030220(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCACCTAATGTCT
SmilChr02G003792 Chr02 NC_080388.1:59571954-59571968promoter 内 1526-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59574429-59576739(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTGGACCAAATTTTT
SmilChr03G003311 Chr03 NC_080389.1:51361825-51361839promoter 内 1526-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 51358897-51359364(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTAGTGTAGGTGAAG
SmilChr01G000102 Chr01 NC_080387.1:1823980-1823994promoter 内 1498-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1821385-1821491(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCAAA
SmilChr01G000103 Chr01 NC_080387.1:1829857-1829871promoter 内 1498-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1827262-1827368(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCAAA
SmilChr01G000104 Chr01 NC_080387.1:1829857-1829871promoter 内 1428-1442 bp - 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1832430-1833536(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTGAACTAATTTGC
SmilChr03G001005 Chr03 NC_080389.1:11384156-11384170promoter 内 1391-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11386766-11389946(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAGACCTAATTTTG
SmilChr02G002803 Chr02 NC_080388.1:48101283-48101297promoter 内 1185-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48104099-48106323(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATTGTTGGTGAAA
SmilChr01G002290 Chr01 NC_080387.1:39740259-39740273promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39735727-39737433(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTGTTAGGTGTGT
SmilChr02G003333 Chr02 NC_080388.1:54578225-54578239promoter 内 1141-1155 bp - 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54573091-54575379(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATGGTTAGGTGCCA
SmilChr02G000272 Chr02 NC_080388.1:3516224-3516238promoter 内 1132-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3509153-3513369(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTATTAGGTAATC
SmilChr02G003975 Chr02 NC_080388.1:62023290-62023304promoter 内 1126-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62018383-62020429(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTGGTTAGGTGTGA
SmilChr01G000915 Chr01 NC_080387.1:19369452-19369466promoter 内 1067-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19361987-19366532(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAATTGTAGGTGAAT
SmilChr01G000948 Chr01 NC_080387.1:20065402-20065416promoter 内 1050-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 20068353-20077899(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTAAGTCGT
SmilChr02G004699 Chr02 NC_080388.1:69313745-69313759promoter 内 992-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69305938-69310750(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTAATTAGGTGGTT
SmilChr02G002801 Chr02 NC_080388.1:48101283-48101297promoter 内 860-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48097692-48098156(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAACAATTT
SmilChr02G002522 Chr02 NC_080388.1:43831926-43831940promoter 内 774-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43825725-43828713(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTTGTAGGTGAAA
SmilChr01G005764 Chr01 NC_080387.1:73749158-73749172promoter 内 752-766 bp + 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73742587-73745923(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACACACCTAATTAAG
SmilChr01G004038 Chr01 NC_080387.1:58799896-58799910promoter 内 741-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58803156-58804120(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTCTAACAAATTTTT
SmilChr01G004744 Chr01 NC_080387.1:65614750-65614764promoter 内 732-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65618019-65618738(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAAATCCA
SmilChr01G002626 Chr01 NC_080387.1:44544887-44544901promoter 内 657-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44548231-44549162(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTATATTAGGTAAGT
SmilChr02G003249 Chr02 NC_080388.1:53754702-53754716promoter 内 623-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53745143-53751338(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCAATTTAGGTGATC
SmilChr01G001585 Chr01 NC_080387.1:29871792-29871806promoter 内 578-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29867004-29868383(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGAACCTAATTTTT
SmilChr02G004700 Chr02 NC_080388.1:69313745-69313759promoter 内 530-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69317216-69319888(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AACCACCTAATTAGA
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61096394-61096408promoter 内 521-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACAAACA
SmilChr01G005352 Chr01 NC_080387.1:70766417-70766431promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70761623-70762866(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTAAATTAGGTTACA
SmilChr03G001633 Chr03 NC_080389.1:21026881-21026895promoter 内 366-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21022167-21023260(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CACATGTAGGTGAAA
SmilChr02G003037 Chr02 NC_080388.1:51075616-51075630promoter 内 348-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 51079269-51080318(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCACCGAATTTTT
SmilChr02G005099 Chr02 NC_080388.1:72551770-72551784promoter 内 136-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72543497-72547919(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAATTTAGGTGCAT
SmilChr02G003800 Chr02 NC_080388.1:59636095-59636109promoter 内 107-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59631682-59632215(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTTTGTAGGTGAAA
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16332463-16332477promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 16332750-16336805(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGTTCGAG
SmilChr03G003464 Chr03 NC_080389.1:53053315-53053329promoter 内 3480-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 53053836-53056129(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTGACCAAATTTTT
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SmilChr03G000403 Chr03 NC_080389.1:4392600-4392614promoter 内 3083-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 4391247-4391696(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCTAACTAATTTAT