转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 93 / 121 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000849 Chr01 NC_080387.1:18340760-18340774promoter 内 756-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18344005-18344110(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAAACTT
SmilChr01G005230 Chr01 NC_080387.1:69903907-69903921promoter 内 752-766 bp - 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69858640-69900672(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAATTAGATCTCAC
SmilChr02G000369 Chr02 NC_080388.1:4697855-4697869promoter 内 633-647 bp - 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4693613-4694501(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATACATAGATCTGGA
SmilChr01G004778 Chr01 NC_080387.1:65952583-65952597promoter 内 521-535 bp + 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65956063-65956945(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCTTTAGATCTCAT
SmilChr02G002327 Chr02 NC_080388.1:40949960-40949974promoter 内 481-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40953480-40954485(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTATATAT
SmilChr03G000163 Chr03 NC_080389.1:1793211-1793225promoter 内 439-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1796773-1808516(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATCCGAATCTGAA
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18321719-18321733promoter 内 433-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGCCGAGATCTGGG
SmilChr01G002676 Chr01 NC_080387.1:44972950-44972964promoter 内 427-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 44962530-44969390(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr03G000306 Chr03 NC_080389.1:3511315-3511329promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3485868-3507753(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATCCGAATCTGAA
SmilChr01G004512 Chr01 NC_080387.1:63231158-63231172promoter 内 409-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63234750-63236316(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr02G003419 Chr02 NC_080388.1:55420027-55420041promoter 内 356-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55413708-55416396(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTATATAT
SmilChr04G002744 Chr04 NC_080390.1:43102673-43102687promoter 内 303-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43095427-43098989(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5142401-5142415promoter 内 283-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5133232-5138697(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCGGGTTCG
SmilChr03G003633 Chr03 NC_080389.1:55004247-55004261promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55007998-55009489(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATTTAGATCTTGA
SmilChr05G001286 Chr05 NC_080391.1:10999621-10999635promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11003372-11005941(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr03G000395 Chr03 NC_080389.1:4323504-4323518promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4316937-4319765(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGTAAA
SmilChr01G000518 Chr01 NC_080387.1:10618021-10618035promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10621817-10621901(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAATCAT
SmilChr05G001665 Chr05 NC_080391.1:15774616-15774630promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15767758-15770830(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTATT
SmilChr03G000691 Chr03 NC_080389.1:7719516-7719530promoter 内 186-200 bp + 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7723331-7725582(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr02G000341 Chr02 NC_080388.1:4436844-4436858promoter 内 130-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4440715-4441287(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAATTGT
SmilChr02G000301 Chr02 NC_080388.1:3805317-3805331promoter 内 128-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3800886-3801458(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAATTGT
SmilChr02G002900 Chr02 NC_080388.1:49263235-49263249promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49267125-49269053(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCTTTGT
SmilChr03G002515 Chr03 NC_080389.1:40025586-40025600promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 40029503-40030220(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGAGATCTAAATAA
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71837886-71837900promoter 内 21-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAACTGAATCTGAA
SmilChr02G002779 Chr02 NC_080388.1:47875296-47875310promoter 内 14-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47879283-47889343(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr03G002954 Chr03 NC_080389.1:46290246-46290260promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 46294242-46303329(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTACACTT
SmilChr03G002691 Chr03 NC_080389.1:42811410-42811424promoter 内 3335-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 4 42803618-42810758(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCCACCG
SmilChr02G003748 Chr02 NC_080388.1:59136069-59136083promoter 内 1910-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 4 59130392-59133992(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATATT
SmilChr04G003203 Chr04 NC_080390.1:48858494-48858508promoter 内 19-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 4 48862476-48867047(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTGGAGATCTGGG
SmilChr03G002692 Chr03 NC_080389.1:42870335-42870349promoter 内 3346-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 42868532-42869694(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCCACCG
SmilChr02G002144 Chr02 NC_080388.1:38567221-38567235promoter 内 3302-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 38567920-38571160(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATTAGATCTAAT
SmilChr05G000410 Chr05 NC_080391.1:3105878-3105892promoter 内 2631-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 3102551-3104522(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATTAGATCTAAT
SmilChr01G003877 Chr01 NC_080387.1:57078675-57078689promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 57063543-57077085(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATATT
SmilChr01G003117 Chr01 NC_080387.1:49971559-49971573promoter 内 2341-2355 bp + 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 49967805-49969913(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATATT
SmilChr02G004061 Chr02 NC_080388.1:62905934-62905948promoter 内 2319-2333 bp - 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 62907616-62911162(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAATATT
SmilChr03G004359 Chr03 NC_080389.1:61832059-61832073promoter 内 1880-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 3 61834180-61837884(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATTAGATCTAAT
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