转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 95 / 135 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54921925-54921939promoter 内 3840-3854 bp + 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTAGGA
SmilChr03G001923 Chr03 NC_080389.1:26997591-26997605promoter 内 3702-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26997890-27000023(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAGGCTTATCCGC
SmilChr01G002364 Chr01 NC_080387.1:40805917-40805931promoter 内 3679-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 40806239-40815704(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGTTTTTG
SmilChr02G003459 Chr02 NC_080388.1:55893283-55893297promoter 内 3646-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55893638-55894763(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGCACCC
SmilChr02G002391 Chr02 NC_080388.1:41828911-41828925promoter 内 3643-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41829269-41830793(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATTTCA
SmilChr01G002391 Chr01 NC_080387.1:41175794-41175808promoter 内 3625-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41176170-41179598(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAAACTTATCCTA
SmilChr01G003999 Chr01 NC_080387.1:58396749-58396763promoter 内 3599-3613 bp - 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58395409-58396361(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTCCCCTTATCCCA
SmilChr01G004635 Chr01 NC_080387.1:64373962-64373976promoter 内 3586-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64374377-64376174(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGTCCTTATCTCT
SmilChr01G000761 Chr01 NC_080387.1:16676929-16676943promoter 内 3561-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16675316-16676503(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATTGGC
SmilChr02G000443 Chr02 NC_080388.1:5768852-5768866promoter 内 3561-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5766958-5768426(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATTGGC
SmilChr01G000925 Chr01 NC_080387.1:19606331-19606345promoter 内 3386-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19590326-19605730(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G005166 Chr01 NC_080387.1:69430933-69430947promoter 内 3374-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69431560-69432940(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAAGTTAAT
SmilChr01G001973 Chr01 NC_080387.1:35113570-35113584promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35114216-35115779(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATATAT
SmilChr03G001028 Chr03 NC_080389.1:12005660-12005674promoter 内 3321-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12006340-12007381(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCACGAT
SmilChr02G004356 Chr02 NC_080388.1:65851454-65851468promoter 内 3257-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65852198-65853308(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGATAAGGAATAG
SmilChr01G001962 Chr01 NC_080387.1:34910926-34910940promoter 内 3255-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34911672-34914031(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATATAT
SmilChr01G000667 Chr01 NC_080387.1:14823848-14823862promoter 内 3243-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14820548-14823104(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G001538 Chr03 NC_080389.1:19288566-19288580promoter 内 3199-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19286477-19287778(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G002068 Chr01 NC_080387.1:36525479-36525493promoter 内 3190-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 36526290-36527839(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCATCCTTATCAAG
SmilChr01G002090 Chr01 NC_080387.1:36931861-36931875promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 36929651-36931038(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCATCCTTATCAAG
SmilChr02G000497 Chr02 NC_080388.1:6845706-6845720promoter 内 3159-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6846548-6849545(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4884501-4884515promoter 内 3051-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4885451-4887397(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGGGTTCG
SmilChr02G005065 Chr02 NC_080388.1:72328481-72328495promoter 内 3045-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72329437-72330275(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTTTCCTTATCTAG
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48505949-48505963promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAACTCCTTATCAAT
SmilChr01G005200 Chr01 NC_080387.1:69680090-69680104promoter 内 2997-3011 bp - 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69681094-69681795(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAGTAAAT
SmilChr02G004011 Chr02 NC_080388.1:62431565-62431579promoter 内 2924-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 62428456-62430502(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCCCCCTTATCCGC
SmilChr02G000576 Chr02 NC_080388.1:8279336-8279350promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 8280437-8283269(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G000524 Chr02 NC_080388.1:7219371-7219385promoter 内 2892-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7220480-7224847(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000739 Chr01 NC_080387.1:16372527-16372541promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16373664-16393722(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGTGCTTATCCTA
SmilChr01G001626 Chr01 NC_080387.1:30336314-30336328promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30334013-30335152(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGTCACA
SmilChr03G001805 Chr03 NC_080389.1:24665809-24665823promoter 内 2822-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24666988-24675013(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G001499 Chr03 NC_080389.1:18324104-18324118promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 18325287-18328025(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G004674 Chr01 NC_080387.1:64834393-64834407promoter 内 2712-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64835682-64837584(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATTATTATCCTT
SmilChr03G000213 Chr03 NC_080389.1:2476598-2476612promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2477975-2485676(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTCACCTTATCACT
SmilChr01G002016 Chr01 NC_080387.1:35734614-35734628promoter 内 2614-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35732175-35733241(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G000076 Chr02 NC_080388.1:976305-976319promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 972487-974886(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGCAAGCTTATCCCA
SmilChr01G000259 Chr01 NC_080387.1:4967533-4967547promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4969007-4969875(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
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SmilChr02G003034 Chr02 NC_080388.1:51054251-51054265promoter 内 2519-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 51055733-51058690(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACAGCTTATCCGC
SmilChr02G001863 Chr02 NC_080388.1:33877666-33877680promoter 内 2501-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 33879166-33880307(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000348 Chr01 NC_080387.1:7154073-7154087promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 7151706-7152569(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G002497 Chr01 NC_080387.1:42785568-42785582promoter 内 2431-2445 bp + 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42787138-42790359(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTTTGTTATCCTC
SmilChr02G001106 Chr02 NC_080388.1:19894474-19894488promoter 内 2371-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19896104-19900667(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G000801 Chr02 NC_080388.1:13397997-13398011promoter 内 2362-2376 bp + 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13392078-13396372(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
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SmilChr01G000916 Chr01 NC_080387.1:19383464-19383478promoter 内 2282-2296 bp + 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19372169-19381759(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCAAGTC
SmilChr01G000226 Chr01 NC_080387.1:4015117-4015131promoter 内 2261-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4010354-4013391(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
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SmilChr01G000895 Chr01 NC_080387.1:19005263-19005277promoter 内 2214-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19002793-19003490(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G003434 Chr02 NC_080388.1:55580968-55580982promoter 内 2185-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55571670-55579166(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATTAGGTTAAT