转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 99 / 137 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003566 Chr03 NC_080389.1:54298534-54298544promoter 内 3147-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54296681-54297690(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGAG
SmilChr02G004920 Chr02 NC_080388.1:71234520-71234530promoter 内 3109-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 71235412-71237777(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGGA
SmilChr01G003711 Chr01 NC_080387.1:55458184-55458194promoter 内 3083-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55459102-55462477(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGAT
SmilChr01G000680 Chr01 NC_080387.1:15022972-15022982promoter 内 3021-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15016159-15022002(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGTG
SmilChr03G002269 Chr03 NC_080389.1:35822203-35822213promoter 内 3005-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35819285-35821217(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGT
SmilChr03G002724 Chr03 NC_080389.1:43259011-43259021promoter 内 2875-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43260137-43262411(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGAG
SmilChr01G001557 Chr01 NC_080387.1:29591949-29591959promoter 内 2756-2766 bp + 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29593194-29595995(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTC
SmilChr01G004541 Chr01 NC_080387.1:63562291-63562301promoter 内 2698-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63559863-63560998(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGGA
SmilChr01G000167 Chr01 NC_080387.1:2739478-2739488promoter 内 2567-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2737290-2738054(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAG
SmilChr03G003035 Chr03 NC_080389.1:47253918-47253928promoter 内 2530-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47255389-47259511(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAG
SmilChr03G001919 Chr03 NC_080389.1:26889408-26889418promoter 内 2409-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26885564-26887826(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAG
SmilChr01G003629 Chr01 NC_080387.1:54825887-54825897promoter 内 2390-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54821593-54824286(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGGA
SmilChr03G001379 Chr03 NC_080389.1:16313391-16313401promoter 内 2287-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16315105-16317328(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGT
SmilChr03G002080 Chr03 NC_080389.1:31931793-31931803promoter 内 2272-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31928439-31930074(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAG
SmilChr02G001597 Chr02 NC_080388.1:29812946-29812956promoter 内 2185-2195 bp + 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29808667-29811140(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGGA
SmilChr01G004674 Chr01 NC_080387.1:64833852-64833862promoter 内 2171-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64835682-64837584(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGT
SmilChr02G005551 Chr02 NC_080388.1:75488078-75488088promoter 内 2127-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 75489952-75493024(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTC
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3617297-3617307promoter 内 2117-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGAT
SmilChr03G001012 Chr03 NC_080389.1:11633628-11633638promoter 内 2067-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11628154-11631704(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGTG
SmilChr03G001931 Chr03 NC_080389.1:27137385-27137395promoter 内 1957-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27131868-27135351(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGAG
SmilChr03G002886 Chr03 NC_080389.1:45521317-45521327promoter 内 1892-1902 bp - 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45518729-45519218(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGGA
SmilChr01G005658 Chr01 NC_080387.1:72933053-72933063promoter 内 1863-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72929350-72930925(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CTCAACTTGGA
SmilChr02G001034 Chr02 NC_080388.1:18380345-18380355promoter 内 1822-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18382524-18385099(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGGT
SmilChr02G000362 Chr02 NC_080388.1:4658922-4658932promoter 内 1808-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4652574-4656739(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGAT
SmilChr03G001929 Chr03 NC_080389.1:27093100-27093110promoter 内 1792-1802 bp - 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27066717-27090901(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGAG
SmilChr03G002726 Chr03 NC_080389.1:43310779-43310789promoter 内 1759-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43313021-43320338(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGAG
SmilChr01G000166 Chr01 NC_080387.1:2739478-2739488promoter 内 1719-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2736844-2737206(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAG
SmilChr03G001013 Chr03 NC_080389.1:11633628-11633638promoter 内 1512-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11636117-11637926(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTC
SmilChr01G001713 Chr01 NC_080387.1:31603115-31603125promoter 内 1497-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 31598249-31600621(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGGA
SmilChr01G000594 Chr01 NC_080387.1:12936056-12936066promoter 内 1430-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12938627-12948947(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGTG
SmilChr02G004060 Chr02 NC_080388.1:62896549-62896559promoter 内 1400-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62890608-62893958(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGGA
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28071432-28071442promoter 内 1236-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGGT
SmilChr01G004197 Chr01 NC_080387.1:60432303-60432313promoter 内 1222-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60435082-60442917(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGT
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73362029-73362039promoter 内 1159-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 73356046-73359197(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAACTTGTC
SmilChr02G001175 Chr02 NC_080388.1:21584850-21584860promoter 内 1138-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21579250-21581997(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGAG
SmilChr02G004038 Chr02 NC_080388.1:62706449-62706459promoter 内 1012-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62698756-62703470(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGGT
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