转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 1 / 121 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55401891-55401905promoter 内 3837-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGATCT
SmilChr01G003771 Chr01 NC_080387.1:56081164-56081178promoter 内 2223-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 4 56076342-56079400(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGATCC
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56081164-56081178promoter 内 2149-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 4 56083016-56085836(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCCAGATCTGAA
SmilChr05G001001 Chr05 NC_080391.1:8166341-8166355promoter 内 1271-1285 bp + 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 8169071-8171663(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCCAGATCTGAA
SmilChr02G000150 Chr02 NC_080388.1:1987458-1987472promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 8 1988391-1988951(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAG
SmilChr02G000072 Chr02 NC_080388.1:906583-906597promoter 内 2868-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 8 904943-905464(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAG
SmilChr02G000149 Chr02 NC_080388.1:1987458-1987472promoter 内 514-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 8 1982500-1983985(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATCC
SmilChr05G001038 Chr05 NC_080391.1:8510141-8510155promoter 内 1925-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 8507386-8508079(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCCAGATCTGAG
SmilChr04G004094 Chr04 NC_080390.1:55936641-55936655promoter 内 1239-1253 bp + 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 55930171-55933893(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATCC
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15919594-15919608promoter 内 3758-3772 bp - 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 15917647-15919365(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCTAGATCTGAG
SmilChr01G004820 Chr01 NC_080387.1:66387438-66387452promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 3 66387773-66391211(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCCGGATCTGAA
SmilChr02G003459 Chr02 NC_080388.1:55892913-55892927promoter 内 3276-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 3 55893638-55894763(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCCGGATCTGAA
SmilChr04G001940 Chr04 NC_080390.1:31520566-31520580promoter 内 769-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 8 31523798-31525972(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATCC
SmilChr04G002420 Chr04 NC_080390.1:38827184-38827198promoter 内 969-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 38830216-38833020(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATCC
SmilChr01G003926 Chr01 NC_080387.1:57528300-57528314promoter 内 492-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 57511064-57524805(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCTGGATCTGAG
SmilChr01G000020 Chr01 NC_080387.1:384902-384916promoter 内 3969-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 382559-384884(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGAT
SmilChr02G002945 Chr02 NC_080388.1:49968798-49968812promoter 内 2239-2253 bp - 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 49966577-49967050(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCTGGATCTGAG
SmilChr03G001278 Chr03 NC_080389.1:14967190-14967204promoter 内 1532-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 9 14969659-14969730(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGAA
SmilChr02G002782 Chr02 NC_080388.1:47905354-47905368promoter 内 1487-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 47907868-47908780(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGGA
SmilChr05G000171 Chr05 NC_080391.1:1345804-1345818promoter 内 2199-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 1343933-1344016(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGATCC
SmilChr05G000170 Chr05 NC_080391.1:1345804-1345818promoter 内 1522-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 1339915-1343339(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGATCC
SmilChr01G004392 Chr01 NC_080387.1:62095773-62095787promoter 内 1521-1535 bp - 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 62091011-62093307(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGGA
SmilChr01G002197 Chr01 NC_080387.1:38119355-38119369promoter 内 2887-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 38120469-38123859(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGGATCT
SmilChr04G000712 Chr04 NC_080390.1:8314696-8314710promoter 内 2945-2959 bp - 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 8308949-8313654(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGAT
SmilChr03G003062 Chr03 NC_080389.1:47567801-47567815promoter 内 963-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 47570839-47573613(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCCAGATCTGCG
SmilChr01G001406 Chr01 NC_080387.1:27666838-27666852promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 5 27664472-27665615(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr03G001014 Chr03 NC_080389.1:11670009-11670023promoter 内 3119-3133 bp - 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 11668818-11669141(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGAG
SmilChr04G001129 Chr04 NC_080390.1:16395622-16395636promoter 内 3101-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 16393353-16394736(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15823581-15823595promoter 内 3060-3074 bp + 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 15821262-15822654(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G000705 Chr01 NC_080387.1:15833274-15833288promoter 内 3057-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 15830954-15832344(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G006102 Chr01 NC_080387.1:76524793-76524807promoter 内 3049-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 76521564-76523855(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G006103 Chr01 NC_080387.1:76534579-76534593promoter 内 3041-3055 bp + 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 76529367-76533633(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G000710 Chr01 NC_080387.1:15858045-15858059promoter 内 2816-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 15859230-15860324(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15848343-15848357promoter 内 2814-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 15849530-15850611(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr04G001584 Chr04 NC_080390.1:26331034-26331048promoter 内 2792-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 26328461-26329839(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr04G001583 Chr04 NC_080390.1:26321124-26321138promoter 内 2791-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 26318550-26319928(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr03G001965 Chr03 NC_080389.1:28236684-28236698promoter 内 2590-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 28238095-28239268(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G000855 Chr01 NC_080387.1:18426451-18426465promoter 内 2573-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 18427879-18429114(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGAACC
SmilChr01G001597 Chr01 NC_080387.1:30102078-30102092promoter 内 1467-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 30104612-30107131(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAA
SmilChr03G004235 Chr03 NC_080389.1:60869864-60869878promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 60864735-60866511(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAA
SmilChr03G003546 Chr03 NC_080389.1:54101900-54101914promoter 内 2053-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 54095789-54099966(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAA
SmilChr03G003547 Chr03 NC_080389.1:54101900-54101914promoter 内 1800-1814 bp - 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 54104101-54106399(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATCC
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5052767-5052781promoter 内 1338-1352 bp - 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 5046979-5050118(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTCCAGATCTGGG
SmilChr01G003811 Chr01 NC_080387.1:56487446-56487460promoter 内 3871-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 56485183-56487330(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATCC
SmilChr02G005548 Chr02 NC_080388.1:75463545-75463559promoter 内 3489-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 75464057-75468855(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGATCC
SmilChr04G000026 Chr04 NC_080390.1:269345-269359promoter 内 3178-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 270168-273153(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTGGATCTGAA
SmilChr02G003529 Chr02 NC_080388.1:56433420-56433434promoter 内 2999-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 56431079-56432432(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATCC
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21351941-21351955promoter 内 2566-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 21345982-21350520(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGATCC
SmilChr02G001431 Chr02 NC_080388.1:27013917-27013931promoter 内 2460-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 27008909-27012390(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATCC
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22339065-22339079promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 22340908-22346205(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGATCC