转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 10 / 119 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002544 Chr02 NC_080388.1:44296426-44296436promoter 内 3853-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44294146-44296288(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G005602 Chr01 NC_080387.1:72597370-72597380promoter 内 3575-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 72596794-72596954(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10210656-10210666promoter 内 3484-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 10208037-10210149(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G001722 Chr02 NC_080388.1:31689799-31689809promoter 内 3262-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 31687898-31689070(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G002054 Chr02 NC_080388.1:36942858-36942868promoter 内 3190-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 36939842-36942057(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G005004 Chr01 NC_080387.1:68096562-68096572promoter 内 3189-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 68092459-68095760(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G003117 Chr01 NC_080387.1:49971019-49971029promoter 内 2885-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 49967805-49969913(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr01G005964 Chr01 NC_080387.1:75366613-75366623promoter 内 2770-2780 bp + 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 75363350-75365392(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G002575 Chr02 NC_080388.1:44767011-44767021promoter 内 2708-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44763248-44765728(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCATT
SmilChr01G005601 Chr01 NC_080387.1:72597370-72597380promoter 内 2635-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 72595894-72596014(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr01G005709 Chr01 NC_080387.1:73321267-73321277promoter 内 2556-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 73322712-73323531(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G001239 Chr02 NC_080388.1:22777554-22777564promoter 内 2519-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 22779036-22780009(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G001016 Chr02 NC_080388.1:17924684-17924694promoter 内 2516-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 17922322-17923209(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G001003 Chr02 NC_080388.1:17700996-17701006promoter 内 2515-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 17698591-17699520(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G001871 Chr01 NC_080387.1:33736111-33736121promoter 内 2508-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 33733246-33734628(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G004514 Chr01 NC_080387.1:63265944-63265954promoter 内 2307-2317 bp + 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 63262823-63264260(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCGTT
SmilChr01G000030 Chr01 NC_080387.1:547673-547683promoter 内 2228-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 544795-545910(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G000299 Chr02 NC_080388.1:3769329-3769339promoter 内 1914-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 3771416-3774441(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G004121 Chr02 NC_080388.1:63481044-63481054promoter 内 1595-1605 bp + 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 63483450-63491767(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G004839 Chr01 NC_080387.1:66527107-66527117promoter 内 1555-1565 bp + 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 66523337-66524671(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43362856-43362866promoter 内 1523-1533 bp - 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 43353388-43360388(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51664141-51664151promoter 内 1389-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 51666753-51674549(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41176339-41176349promoter 内 1360-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 41170890-41173708(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AACGGTCAACG
SmilChr02G002055 Chr02 NC_080388.1:36942858-36942868promoter 内 1160-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 36945699-36946691(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G004189 Chr02 NC_080388.1:64223000-64223010promoter 内 1076-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 64203209-64220085(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29600753-29600763promoter 内 1058-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 29603696-29605036(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G000414 Chr02 NC_080388.1:5255042-5255052promoter 内 940-950 bp + 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 5258103-5261633(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G004154 Chr02 NC_080388.1:63846389-63846399promoter 内 940-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 63849450-63852102(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCATT
SmilChr01G005600 Chr01 NC_080387.1:72597370-72597380promoter 内 672-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 72593891-72594051(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr01G001302 Chr01 NC_080387.1:25937070-25937080promoter 内 486-496 bp - 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 25929596-25933565(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G003388 Chr01 NC_080387.1:52571185-52571195promoter 内 386-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 52562027-52567580(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G000328 Chr02 NC_080388.1:4176151-4176161promoter 内 187-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 4179965-4180783(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr01G002670 Chr01 NC_080387.1:44914498-44914508promoter 内 3966-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 44914533-44918072(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36094456-36094466promoter 内 3820-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 36091412-36094285(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
SmilChr02G001947 Chr02 NC_080388.1:35089342-35089352promoter 内 3331-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 35086837-35088682(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr01G000332 Chr01 NC_080387.1:6770398-6770408promoter 内 3170-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 6771229-6774681(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8464987-8464997promoter 内 3133-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 8465855-8466898(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
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SmilChr01G000152 Chr01 NC_080387.1:2587317-2587327promoter 内 2299-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 2589019-2591200(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG
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SmilChr02G002400 Chr02 NC_080388.1:41882936-41882946promoter 内 1740-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 41885197-41886517(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTTG
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SmilChr01G005137 Chr01 NC_080387.1:69158244-69158254promoter 内 1425-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 69160820-69162997(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAAAGTCAAAG