转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 100 / 140 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002157 Chr01 NC_080387.1:37581627-37581641promoter 内 2424-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37583204-37586022(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CACCACCTAATCCCT
SmilChr03G001153 Chr03 NC_080389.1:13313898-13313912promoter 内 2365-2379 bp + 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13308143-13312276(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CATCACCTAACCACC
SmilChr02G000464 Chr02 NC_080388.1:6216567-6216581promoter 内 2322-2336 bp - 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6218246-6218740(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACTACCTAATATGC
SmilChr01G004285 Chr01 NC_080387.1:61074951-61074965promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61076650-61078939(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATCACCTAAATTTG
SmilChr02G003212 Chr02 NC_080388.1:53306151-53306165promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53302853-53304451(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGCACCTAAATTAA
SmilChr01G003025 Chr01 NC_080387.1:49309808-49309822promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49303042-49308047(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGAATTAGGTAATT
SmilChr03G003394 Chr03 NC_080389.1:52348923-52348937promoter 内 2172-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52350752-52353636(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAAATTAGTTCGAA
SmilChr02G003994 Chr02 NC_080388.1:62279506-62279520promoter 内 2163-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62259906-62277682(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTATGTTAGGTGTGT
SmilChr02G001727 Chr02 NC_080388.1:31775974-31775988promoter 内 2082-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31773086-31774069(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATACAACTAATTTTT
SmilChr01G005511 Chr01 NC_080387.1:71954494-71954508promoter 内 2079-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71956416-71960046(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTGAACTAATTTCC
SmilChr03G002138 Chr03 NC_080389.1:33319314-33319328promoter 内 2050-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33314936-33317377(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGATTTAGGTGCGA
SmilChr03G001190 Chr03 NC_080389.1:13703902-13703916promoter 内 2047-2061 bp - 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13699601-13701962(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGATTTAGGTGCGA
SmilChr02G000961 Chr02 NC_080388.1:16765676-16765690promoter 内 1992-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16767685-16770006(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCCCACCTAAAAAAC
SmilChr03G001189 Chr03 NC_080389.1:13693116-13693130promoter 内 1986-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13688763-13691115(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGATTTAGGTGCGA
SmilChr02G002120 Chr02 NC_080388.1:37962787-37962801promoter 内 1952-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37958598-37960752(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAGATTAGGTTGAG
SmilChr01G000070 Chr01 NC_080387.1:1200649-1200663promoter 内 1885-1899 bp + 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1202765-1205423(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGATTTAGGTGCGA
SmilChr01G004119 Chr01 NC_080387.1:59721725-59721739promoter 内 1884-1898 bp - 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59717132-59719622(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGAAATTAGGTTGGT
SmilChr02G000746 Chr02 NC_080388.1:12086776-12086790promoter 内 1851-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12082227-12084640(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGATTTAGGTGCGA
SmilChr02G001562 Chr02 NC_080388.1:28890860-28890874promoter 内 1828-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 28893033-28895362(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATCACCTACCATCA
SmilChr03G002282 Chr03 NC_080389.1:36015961-36015975promoter 内 1772-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36013189-36013746(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTAATTAGGTTGAG
SmilChr03G000036 Chr03 NC_080389.1:444652-444666promoter 内 1768-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 446885-450947(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AACTATTAGGTAAGG
SmilChr01G005491 Chr01 NC_080387.1:71836156-71836170promoter 内 1751-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71833093-71833920(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACACTAA
SmilChr01G004286 Chr01 NC_080387.1:61074951-61074965promoter 内 1589-1603 bp - 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61077363-61166893(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATCACCTAAATTTG
SmilChr01G001442 Chr01 NC_080387.1:28111396-28111410promoter 内 1587-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 28102489-28108996(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTACCTAATTATT
SmilChr02G000028 Chr02 NC_080388.1:302981-302995promoter 内 1585-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 297956-300579(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGATTTAGGTGCGA
SmilChr01G003202 Chr01 NC_080387.1:50799709-50799723promoter 内 1584-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50795387-50797306(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTACCTAATTGTA
SmilChr03G003693 Chr03 NC_080389.1:55864203-55864217promoter 内 1572-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55866632-55868608(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGACACCTAATTAGA
SmilChr01G001911 Chr01 NC_080387.1:34258560-34258574promoter 内 1522-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34261039-34264431(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAACACCTAATTTCC
SmilChr03G002457 Chr03 NC_080389.1:38913342-38913356promoter 内 1513-1527 bp + 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 38915830-38915901(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGCATTAGGTGAGG
SmilChr01G003666 Chr01 NC_080387.1:55090447-55090461promoter 内 1474-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55080249-55087934(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGACAACTAATTTAT
SmilChr01G003203 Chr01 NC_080387.1:50799709-50799723promoter 内 1468-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50802242-50806113(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACAATTAGGTAAGT
SmilChr01G003726 Chr01 NC_080387.1:55579265-55579279promoter 内 1447-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55575070-55576725(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATAGTTTAGGTGAGG
SmilChr02G004048 Chr02 NC_080388.1:62817208-62817222promoter 内 1406-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62812569-62814627(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTACAATGA
SmilChr01G000862 Chr01 NC_080387.1:18534304-18534318promoter 内 1388-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18536917-18538811(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGGATTAGGTGTCC
SmilChr01G005367 Chr01 NC_080387.1:70892361-70892375promoter 内 1343-1357 bp - 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70885818-70889717(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGTATTTTGGTGAAA
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