转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 101 / 162 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003848 Chr05 NC_080391.1:51959975-51959984promoter 内 3341-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51960635-51963407(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCC
SmilChr07G000873 Chr07 NC_080393.1:6249604-6249613promoter 内 3301-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6250304-6253305(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTG
SmilChr02G003243 Chr02 NC_080388.1:53707463-53707472promoter 内 3288-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53705917-53706759(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr07G004513 Chr07 NC_080393.1:57776732-57776741promoter 内 3208-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57777525-57780292(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GTACCTACTG
SmilChr06G002982 Chr06 NC_080392.1:42625863-42625872promoter 内 3188-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42626676-42628672(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTT
SmilChr03G000372 Chr03 NC_080389.1:4160093-4160102promoter 内 3163-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4158434-4159264(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr05G000997 Chr05 NC_080391.1:8095031-8095040promoter 内 3160-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8095872-8097369(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GTACCTACTG
SmilChr05G000933 Chr05 NC_080391.1:7482983-7482992promoter 内 3158-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7483826-7485293(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GTACCTACTG
SmilChr05G002556 Chr05 NC_080391.1:28695276-28695285promoter 内 3150-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28690889-28694434(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACTG
SmilChr05G002546 Chr05 NC_080391.1:28501999-28502008promoter 内 3135-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28497621-28501142(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACTG
SmilChr05G001517 Chr05 NC_080391.1:13903338-13903347promoter 内 3056-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13904283-13905369(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTT
SmilChr04G003100 Chr04 NC_080390.1:47597612-47597621promoter 内 3055-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47590595-47596675(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCC
SmilChr01G005973 Chr01 NC_080387.1:75404487-75404496promoter 内 3054-3063 bp + 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75400437-75403549(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAG
SmilChr03G000476 Chr03 NC_080389.1:5048837-5048846promoter 内 3046-3055 bp + 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5047238-5047891(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr03G000643 Chr03 NC_080389.1:7131817-7131826promoter 内 3041-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7127426-7130866(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTT
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38961182-38961191promoter 内 3015-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAC
SmilChr02G001382 Chr02 NC_080388.1:26147878-26147887promoter 内 3003-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26148876-26151562(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAG
SmilChr05G003464 Chr05 NC_080391.1:46031797-46031806promoter 内 2995-3004 bp + 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46032803-46035779(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTT
SmilChr01G004156 Chr01 NC_080387.1:60074290-60074299promoter 内 2989-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60068353-60073287(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr03G004000 Chr03 NC_080389.1:59034017-59034026promoter 内 2978-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59035040-59038488(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTG
SmilChr01G000890 Chr01 NC_080387.1:18942709-18942718promoter 内 2971-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18941142-18941688(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGACCTACCC
SmilChr04G001143 Chr04 NC_080390.1:16832878-16832887promoter 内 2961-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16833918-16835681(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr07G004244 Chr07 NC_080393.1:54877886-54877895promoter 内 2941-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54871338-54876835(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr03G000577 Chr03 NC_080389.1:6395246-6395255promoter 内 2912-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6390720-6394166(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAG
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51467833-51467842promoter 内 2882-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr02G003562 Chr02 NC_080388.1:56799270-56799279promoter 内 2882-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56800389-56800970(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CTACCTACTG
SmilChr06G002117 Chr06 NC_080392.1:28310848-28310857promoter 内 2872-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28311977-28319309(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr05G000720 Chr05 NC_080391.1:5506851-5506860promoter 内 2845-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5503347-5505704(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GTACCTACTG
SmilChr07G000054 Chr07 NC_080393.1:240287-240296promoter 内 2826-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 236810-239121(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr03G002032 Chr03 NC_080389.1:30464435-30464444promoter 内 2815-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30459959-30463258(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAGTAGGTAA
SmilChr05G000905 Chr05 NC_080391.1:7166339-7166348promoter 内 2814-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7167526-7169075(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAACCTACCC
SmilChr06G001447 Chr06 NC_080392.1:15274432-15274441promoter 内 2802-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15275631-15279571(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTT
SmilChr01G004133 Chr01 NC_080387.1:59844215-59844224promoter 内 2777-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59842130-59843000(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GTACCTACTG
SmilChr07G004345 Chr07 NC_080393.1:55987744-55987753promoter 内 2762-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55983515-55986514(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACTT
SmilChr07G001412 Chr07 NC_080393.1:11005060-11005069promoter 内 2748-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11002449-11003816(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GTACCTACTG
SmilChr03G001277 Chr03 NC_080389.1:14948568-14948577promoter 内 2743-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14949826-14953038(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CAGTAGGTAG
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