转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 102 / 121 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000137 Chr02 NC_080388.1:1857088-1857102promoter 内 887-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1860202-1861492(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr02G000423 Chr02 NC_080388.1:5411467-5411481promoter 内 874-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5414594-5417561(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGAGATCTAAAATC
SmilChr04G001777 Chr04 NC_080390.1:29199162-29199176promoter 内 834-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29195041-29196009(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCCTTAGATCTGAT
SmilChr01G002990 Chr01 NC_080387.1:48829818-48829832promoter 内 813-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48823379-48826644(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATTGAC
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31268312-31268326promoter 内 793-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 31262793-31265118(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGAGTAGATCTGCA
SmilChr02G004489 Chr02 NC_080388.1:67396829-67396843promoter 内 755-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67400075-67403466(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGACTAGATCTCCT
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72943704-72943718promoter 内 753-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 72946952-72949072(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCCTCCT
SmilChr05G000859 Chr05 NC_080391.1:6790892-6790906promoter 内 664-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6794229-6794827(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr04G000663 Chr04 NC_080390.1:7496413-7496427promoter 内 639-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7490554-7493065(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGTGTA
SmilChr01G004900 Chr01 NC_080387.1:67068709-67068723promoter 内 632-646 bp + 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67072078-67072761(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr01G005360 Chr01 NC_080387.1:70826985-70826999promoter 内 595-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 70830391-70831054(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr01G004048 Chr01 NC_080387.1:58912655-58912669promoter 内 555-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 58916101-58916997(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr03G004148 Chr03 NC_080389.1:60307821-60307835promoter 内 515-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60297213-60304349(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGCAAA
SmilChr04G002366 Chr04 NC_080390.1:38160297-38160311promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 38152966-38156698(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACACTAGATCTCAA
SmilChr03G001872 Chr03 NC_080389.1:25930192-25930206promoter 内 387-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25933806-25940905(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTCAATAT
SmilChr04G001222 Chr04 NC_080390.1:19069936-19069950promoter 内 334-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19073603-19077993(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGCGGT
SmilChr02G002453 Chr02 NC_080388.1:42802736-42802750promoter 内 325-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 42806412-42807480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGGAGATCTGAG
SmilChr01G003076 Chr01 NC_080387.1:49595785-49595799promoter 内 307-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49599479-49603293(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGATTAGATCTCCA
SmilChr01G004899 Chr01 NC_080387.1:67068709-67068723promoter 内 249-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67057716-67064971(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCTG
SmilChr01G004309 Chr01 NC_080387.1:61270200-61270214promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61265873-61266439(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGCTTGGATCTGAA
SmilChr01G001598 Chr01 NC_080387.1:30127660-30127674promoter 内 225-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 30131436-30143890(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATAGATCTAGTTGT
SmilChr04G001194 Chr04 NC_080390.1:18271394-18271408promoter 内 191-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18275204-18281066(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTCTG
SmilChr04G003306 Chr04 NC_080390.1:49794579-49794593promoter 内 144-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49789894-49790736(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAGCTG
SmilChr01G006081 Chr01 NC_080387.1:76269610-76269624promoter 内 140-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 76273471-76278930(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTAATTAC
SmilChr02G005595 Chr02 NC_080388.1:75705870-75705884promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 75694468-75702008(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTACTGTC
SmilChr01G005852 Chr01 NC_080387.1:74463652-74463666promoter 内 111-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 74467542-74471097(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCACTCT
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7152156-7152170promoter 内 105-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 7145294-7148274(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAGGAT
SmilChr05G000879 Chr05 NC_080391.1:6978669-6978683promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6974139-6974732(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATGTAGATCTAAT
SmilChr02G001087 Chr02 NC_080388.1:19492847-19492861promoter 内 20-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19496828-19501964(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTATAGATCTGCA
SmilChr02G000390 Chr02 NC_080388.1:4822168-4822182promoter 内 2552-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 4 4823617-4830268(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGATCAGATCTGCC
SmilChr02G001350 Chr02 NC_080388.1:25272111-25272125promoter 内 2232-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 25269118-25270356(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr04G001443 Chr04 NC_080390.1:23722244-23722258promoter 内 2151-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 23724094-23726709(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATAGATCTGTT
SmilChr02G003410 Chr02 NC_080388.1:55284489-55284503promoter 内 1303-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 55268108-55281805(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAACTCC
SmilChr04G001333 Chr04 NC_080390.1:21523820-21523834promoter 内 4-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 3 21527817-21535119(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGTAGATCTCGG
SmilChr05G000053 Chr05 NC_080391.1:251928-251942promoter 内 3737-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 252192-253007(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr03G003176 Chr03 NC_080389.1:49209818-49209832promoter 内 3724-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 49207948-49209555(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAAATAGATCTCAC
SmilChr05G001095 Chr05 NC_080391.1:9122357-9122371promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 9118392-9121668(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACATAGATCTAGG
SmilChr02G004105 Chr02 NC_080388.1:63350800-63350814promoter 内 2572-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 63352229-63361209(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr02G004173 Chr02 NC_080388.1:64017407-64017421promoter 内 2481-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 64018927-64028159(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTATTTGG
SmilChr05G000442 Chr05 NC_080391.1:3351036-3351050promoter 内 1990-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 3353047-3359104(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAGGATCTAGAATC
SmilChr05G000054 Chr05 NC_080391.1:251928-251942promoter 内 1586-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 254343-255586(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr03G000209 Chr03 NC_080389.1:2400996-2401010promoter 内 1518-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 2403479-2406045(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATTAAT
SmilChr04G001240 Chr04 NC_080390.1:19501079-19501093promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 19503729-19504793(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCAGATTA
SmilChr02G001729 Chr02 NC_080388.1:31780732-31780746promoter 内 1275-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 31783458-31786897(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTATAGATCTAGA
SmilChr02G000311 Chr02 NC_080388.1:3917842-3917856promoter 内 297-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 3905371-3914152(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGTAGATCTGGA
SmilChr03G003077 Chr03 NC_080389.1:47783852-47783866promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47783923-47784459(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTATGGATCTGAC
SmilChr03G004557 Chr03 NC_080389.1:63539607-63539621promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63539682-63542489(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAAGCCC
SmilChr05G001170 Chr05 NC_080391.1:9804115-9804129promoter 内 3917-3931 bp - 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9804199-9805931(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAAGACA
SmilChr02G002546 Chr02 NC_080388.1:44312868-44312882promoter 内 3837-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 44313032-44315288(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTATATGA
SmilChr02G000267 Chr02 NC_080388.1:3468955-3468969promoter 内 3802-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3469154-3470115(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCAGCCT