转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 103 / 160 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G000722 Chr01 NC_080387.1:16151400-16151410promoter 内 2685-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 16148191-16150094(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G002121 Chr02 NC_080388.1:37965803-37965813promoter 内 2684-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 37962620-37964496(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr01G004750 Chr01 NC_080387.1:65680970-65680980promoter 内 2677-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 65682294-65684219(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr05G001159 Chr05 NC_080391.1:9732811-9732821promoter 内 2662-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 9734150-9735607(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22355624-22355634promoter 内 2658-2668 bp + 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 22352657-22354291(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr05G002436 Chr05 NC_080391.1:26835842-26835852promoter 内 2650-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 26832501-26834501(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr04G001219 Chr04 NC_080390.1:19033013-19033023promoter 内 2639-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 19034375-19069557(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr07G004686 Chr07 NC_080393.1:59803128-59803138promoter 内 2639-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 59804490-59807264(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTT
SmilChr04G002077 Chr04 NC_080390.1:33521148-33521158promoter 内 2631-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 33516854-33519788(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G002837 Chr03 NC_080389.1:44910970-44910980promoter 内 2600-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44912371-44919831(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G004822 Chr02 NC_080388.1:70334248-70334258promoter 内 2597-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 70328542-70332854(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAATT
SmilChr07G004043 Chr07 NC_080393.1:51753879-51753889promoter 内 2585-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 51755295-51756547(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCGT
SmilChr06G001542 Chr06 NC_080392.1:16693655-16693665promoter 内 2583-2593 bp - 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 16689965-16692247(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr01G004171 Chr01 NC_080387.1:60194841-60194851promoter 内 2564-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 60196278-60197701(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G000180 Chr03 NC_080389.1:1934652-1934662promoter 内 2557-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 1928414-1933218(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr08G000885 Chr08 NC_080394.1:6547446-6547456promoter 内 2553-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 6544988-6546008(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G003013 Chr02 NC_080388.1:50817291-50817301promoter 内 2529-2539 bp + 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 50814886-50815829(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G006187 Chr01 NC_080387.1:77414483-77414493promoter 内 2497-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 77415987-77416394(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr07G003065 Chr07 NC_080393.1:32154500-32154510promoter 内 2493-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 32150444-32153002(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G002463 Chr03 NC_080389.1:39077993-39078003promoter 内 2482-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 39079512-39082377(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr07G001085 Chr07 NC_080393.1:7948614-7948624promoter 内 2411-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 7950204-7951829(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G003462 Chr03 NC_080389.1:53031151-53031161promoter 内 2405-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 53032747-53036264(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr02G001568 Chr02 NC_080388.1:29092775-29092785promoter 内 2360-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 29094416-29100266(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G000983 Chr01 NC_080387.1:20840265-20840275promoter 内 2311-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 20841955-20843842(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G003791 Chr03 NC_080389.1:57004781-57004791promoter 内 2285-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 57006497-57009301(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G001998 Chr02 NC_080388.1:36145724-36145734promoter 内 2248-2258 bp - 1743 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 36143542-36143981(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G002766 Chr03 NC_080389.1:43997587-43997597promoter 内 2224-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 43999364-44002933(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr08G002523 Chr08 NC_080394.1:24434138-24434148promoter 内 2223-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 24435916-24440795(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr07G001835 Chr07 NC_080393.1:15822515-15822525promoter 内 2218-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 15815695-15820742(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr06G003103 Chr06 NC_080392.1:43882050-43882060promoter 内 2215-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 43878660-43880274(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G004645 Chr01 NC_080387.1:64507247-64507257promoter 内 2194-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 64509054-64510628(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr08G002589 Chr08 NC_080394.1:25227616-25227626promoter 内 2147-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 25220183-25225772(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATGAACGGTTA
SmilChr05G002926 Chr05 NC_080391.1:35263457-35263467promoter 内 2132-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 35265326-35266288(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G000879 Chr01 NC_080387.1:18683823-18683833promoter 内 2124-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 18680179-18681956(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr02G004259 Chr02 NC_080388.1:64807096-64807106promoter 内 2122-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 64803428-64805227(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
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