转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 107 / 133 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004044 Chr02 NC_080388.1:62752372-62752381promoter 内 2652-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62747666-62751032(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr01G004367 Chr01 NC_080387.1:61854403-61854412promoter 内 2638-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61851179-61853049(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr01G000737 Chr01 NC_080387.1:16342015-16342024promoter 内 2628-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16337692-16340651(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr03G001091 Chr03 NC_080389.1:12611423-12611432promoter 内 2625-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12612799-12615022(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr02G003364 Chr02 NC_080388.1:54763446-54763455promoter 内 2583-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54759037-54762037(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCA
SmilChr02G000662 Chr02 NC_080388.1:10119799-10119808promoter 内 2505-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10121295-10122434(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr04G001213 Chr04 NC_080390.1:18884125-18884134promoter 内 2482-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18879732-18882615(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr03G002629 Chr03 NC_080389.1:41739359-41739368promoter 内 2400-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 41740960-41743321(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr02G002086 Chr02 NC_080388.1:37435403-37435412promoter 内 2332-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37437072-37456117(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr03G003619 Chr03 NC_080389.1:54852349-54852358promoter 内 2317-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54854033-54855725(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr03G003408 Chr03 NC_080389.1:52418857-52418866promoter 内 2285-2294 bp + 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52420573-52424371(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr04G001616 Chr04 NC_080390.1:26935988-26935997promoter 内 2274-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26929571-26934270(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr01G004603 Chr01 NC_080387.1:64020507-64020516promoter 内 2202-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64016144-64018717(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCA
SmilChr04G001244 Chr04 NC_080390.1:19578928-19578937promoter 内 2153-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19574648-19577089(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr03G000929 Chr03 NC_080389.1:10615955-10615964promoter 内 2125-2134 bp + 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10617831-10619331(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr01G000223 Chr01 NC_080387.1:3957623-3957632promoter 内 2123-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3953812-3955754(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr04G001316 Chr04 NC_080390.1:21080821-21080830promoter 内 1950-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21082872-21088011(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65104215-65104224promoter 内 1873-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65099193-65102096(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GCACACGTCA
SmilChr01G003433 Chr01 NC_080387.1:52959875-52959884promoter 内 1858-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52954056-52957741(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr03G000977 Chr03 NC_080389.1:11054853-11054862promoter 内 1841-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11050404-11052702(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr01G000868 Chr01 NC_080387.1:18551436-18551445promoter 内 1812-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18548401-18549256(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6010748-6010757promoter 内 1611-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6013138-6021092(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCA
SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60552105-60552114promoter 内 1583-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60548645-60549696(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr02G000400 Chr02 NC_080388.1:4942439-4942448promoter 内 1528-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4944912-4948191(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr01G004147 Chr01 NC_080387.1:59996272-59996281promoter 内 1451-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59990548-59993731(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr03G004087 Chr03 NC_080389.1:59778387-59778396promoter 内 1389-1398 bp - 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 59771863-59775784(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCGTGGCA
SmilChr02G002939 Chr02 NC_080388.1:49887224-49887233promoter 内 1326-1335 bp + 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49889899-49891399(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCGTGGCA
SmilChr03G003675 Chr03 NC_080389.1:55581491-55581500promoter 内 1326-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55584166-55587978(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCA
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70813649-70813658promoter 内 1278-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70809376-70810935(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr03G003280 Chr03 NC_080389.1:50800118-50800127promoter 内 1234-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50802885-50804174(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23378936-23378945promoter 内 1208-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 23372046-23376152(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45617887-45617896promoter 内 910-919 bp - 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45620978-45622168(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr01G002743 Chr01 NC_080387.1:45729241-45729250promoter 内 778-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 45732464-45733904(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGTGC
SmilChr01G000230 Chr01 NC_080387.1:4279905-4279914promoter 内 719-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4283187-4286253(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr01G004712 Chr01 NC_080387.1:65269230-65269239promoter 内 674-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65272557-65278064(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
SmilChr02G000451 Chr02 NC_080388.1:5938272-5938281promoter 内 626-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5941647-5944590(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr02G004663 Chr02 NC_080388.1:69023061-69023070promoter 内 608-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69016892-69019677(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr01G000499 Chr01 NC_080387.1:10147847-10147856promoter 内 485-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10151363-10165383(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
SmilChr03G004309 Chr03 NC_080389.1:61427137-61427146promoter 内 294-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61430844-61433322(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGGCACGTCA
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SmilChr01G004688 Chr01 NC_080387.1:64935128-64935137promoter 内 195-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64930750-64931331(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCGTGGCA
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SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29324248-29324257promoter 内 55-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 29328194-29331231(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCA
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SmilChr04G001057 Chr04 NC_080390.1:15144724-15144733promoter 内 3589-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 15145136-15145752(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr01G000670 Chr01 NC_080387.1:14836317-14836326promoter 内 3413-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 14835325-14835738(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
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SmilChr03G001481 Chr03 NC_080389.1:17864240-17864249promoter 内 2473-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 17859817-17862721(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCC
SmilChr03G003644 Chr03 NC_080389.1:55113633-55113642promoter 内 619-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 4 55117015-55119453(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGAG