转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 108 / 167 下载 TSV

上一页 108 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000075 Chr07 NC_080393.1:356883-356903promoter 内 1431-1451 bp - 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 352871-354333(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGTTCATGGATAAGGTCGGG
SmilChr06G002931 Chr06 NC_080392.1:42169678-42169698promoter 内 1418-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42163729-42167115(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCGTATTTATCCATAATTCT
SmilChr07G001273 Chr07 NC_080393.1:9777958-9777978promoter 内 1417-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9780542-9786825(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGCTGTTAAGATAAGGACCAA
SmilChr08G001292 Chr08 NC_080394.1:10295079-10295099promoter 内 1353-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10297727-10301973(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAACACTTATCCAAAATGAT
SmilChr01G001916 Chr01 NC_080387.1:34304636-34304656promoter 内 1351-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34307286-34312615(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCGATATTATCCAATTTCGT
SmilChr03G004392 Chr03 NC_080389.1:62102436-62102456promoter 内 1322-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62099029-62099777(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTGGCCTTATCCACAACCGA
SmilChr04G002967 Chr04 NC_080390.1:46023628-46023648promoter 内 1266-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46026363-46027266(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATGTGTGGATAATAAGACG
SmilChr06G001489 Chr06 NC_080392.1:15886293-15886313promoter 内 1265-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 15889029-15890447(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACCTCCTTATCATTATTTTG
SmilChr07G002650 Chr07 NC_080393.1:25670946-25670966promoter 内 1250-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 25667201-25668215(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGGGAATTGGATGAGCAAGAA
SmilChr01G001598 Chr01 NC_080387.1:30128675-30128695promoter 内 1240-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30131436-30143890(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAAGTGGATAATTTTTAA
SmilChr05G002309 Chr05 NC_080391.1:24938768-24938788promoter 内 1232-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24933878-24936019(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTCTTCTTATCCAGAATACA
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51663967-51663987promoter 内 1215-1235 bp - 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51666753-51674549(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTAATTTTATCCAAAGCATC
SmilChr05G000562 Chr05 NC_080391.1:4221144-4221164promoter 内 1173-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4217629-4218336(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAGCTGAAGATAAGGCTACA
SmilChr04G000477 Chr04 NC_080390.1:5091066-5091086promoter 内 1168-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5093899-5096182(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGGGGACATGATAAGGAAAAA
SmilChr04G000753 Chr04 NC_080390.1:9242694-9242714promoter 内 1161-1181 bp + 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 9238951-9239874(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCCTTTTATCCAATATATC
SmilChr02G005497 Chr02 NC_080388.1:75123422-75123442promoter 内 1150-1170 bp - 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75126273-75130033(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAACCTTATCATCTTCTGA
SmilChr05G001905 Chr05 NC_080391.1:19318489-19318509promoter 内 1081-1101 bp - 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19314953-19315589(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAATATGGATAAAGATTAA
SmilChr07G004309 Chr07 NC_080393.1:55668638-55668658promoter 内 1081-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55664455-55665738(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCCACATTATCCATTCTCAT
SmilChr08G000986 Chr08 NC_080394.1:7388123-7388143promoter 内 1025-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7391099-7393209(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTGTAATGGATAAGTCCAAG
SmilChr04G003323 Chr04 NC_080390.1:49968827-49968847promoter 内 1012-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49971816-49973336(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTTATTTTATCCACAATGTT
SmilChr05G003719 Chr05 NC_080391.1:50319222-50319242promoter 内 974-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50312178-50316215(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGCTTTGGATAATTATGTA
SmilChr02G003654 Chr02 NC_080388.1:57939667-57939687promoter 内 970-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57933954-57936656(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCAGTTTTTATCCATTTCATT
SmilChr04G002473 Chr04 NC_080390.1:39540427-39540447promoter 内 969-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 39536451-39537415(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATTGGATGAAGAGAGT
SmilChr06G000366 Chr06 NC_080392.1:2802871-2802891promoter 内 967-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2797088-2799857(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTGCATTATCCAATTTATG
SmilChr02G004590 Chr02 NC_080388.1:68402966-68402986promoter 内 922-942 bp + 3059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 68398171-68399907(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTAATTTATCCAAATTTTT
SmilChr02G004218 Chr02 NC_080388.1:64405804-64405824promoter 内 901-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64401012-64402724(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCATTATTATCCATATCACA
SmilChr06G001317 Chr06 NC_080392.1:13685040-13685060promoter 内 889-909 bp - 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13688152-13689550(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTCAATTTATCCATTCTTCT
SmilChr04G003815 Chr04 NC_080390.1:54304551-54304571promoter 内 858-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54307694-54313333(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCAGGGTTATCCATTGTTGT
SmilChr02G003968 Chr02 NC_080388.1:61827553-61827573promoter 内 846-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61823186-61824418(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGATACCAGATAAGGAGGTT
SmilChr04G002965 Chr04 NC_080390.1:46023628-46023648promoter 内 839-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46016086-46020486(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTCTTATTATCCACACATTA
SmilChr01G005851 Chr01 NC_080387.1:74448546-74448566promoter 内 825-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74442519-74445390(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATAGTATTATCCAATTTGTG
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73241242-73241262promoter 内 819-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73244424-73246790(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAATTTTGGATAAAAAACTG
SmilChr05G002060 Chr05 NC_080391.1:21475488-21475508promoter 内 793-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21470801-21472300(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCATTTGTAGATAAGGGGGAT
SmilChr01G002417 Chr01 NC_080387.1:41588349-41588369promoter 内 790-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 41561379-41585158(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TACTATTTTATCCACTTTTTG
SmilChr03G001280 Chr03 NC_080389.1:14988385-14988405promoter 内 779-799 bp - 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14981267-14985183(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGAATATGGATAATTTTCAG
SmilChr07G003394 Chr07 NC_080393.1:36810143-36810163promoter 内 777-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 36805963-36806939(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGAGGTTTATCCATTACCTG
SmilChr05G001881 Chr05 NC_080391.1:19075942-19075962promoter 内 772-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19079171-19080733(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCAAAATGGATAAGAAGTTA
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SmilChr03G002906 Chr03 NC_080389.1:45817350-45817370promoter 内 613-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45809004-45813982(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTCCCTTATCTTCTTCAGT
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SmilChr01G004695 Chr01 NC_080387.1:65018709-65018729promoter 内 594-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 65009907-65015322(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATAGTCAGGATAAGCGTTGT
SmilChr01G003972 Chr01 NC_080387.1:58162145-58162165promoter 内 578-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58156146-58158742(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAAGTGGATAATTTTTAA