转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 109 / 164 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60710761-60710775promoter 内 2331-2345 bp - 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 60708292-60709105(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCAGTAGGTGGG
SmilChr01G004418 Chr01 NC_080387.1:62309906-62309920promoter 内 1990-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 62311917-62313519(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGTAGTAGGTGAT
SmilChr02G004013 Chr02 NC_080388.1:62441898-62441912promoter 内 1764-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 62438878-62439675(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAAGTAGGTGGT
SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43204818-43204832promoter 内 1384-1398 bp + 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 43200851-43202215(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTGAAT
SmilChr05G000566 Chr05 NC_080391.1:4251065-4251079promoter 内 810-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 4254256-4256838(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGGAATTAGGTGAG
SmilChr01G004419 Chr01 NC_080387.1:62309906-62309920promoter 内 235-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 62313672-62316505(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGTAGTAGGTGAT
SmilChr08G002380 Chr08 NC_080394.1:22592330-22592344promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22588326-22592258(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATACACT
SmilChr03G001623 Chr03 NC_080389.1:20827403-20827417promoter 内 3847-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20825715-20827263(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGACCTACCACACT
SmilChr04G001637 Chr04 NC_080390.1:27175150-27175164promoter 内 3835-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 27174147-27174998(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCAATCC
SmilChr07G000306 Chr07 NC_080393.1:2013657-2013671promoter 内 3835-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2013823-2016134(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGAAGGGTAGGTGAT
SmilChr04G003426 Chr04 NC_080390.1:50852412-50852426promoter 内 3812-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50852601-50853857(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTAGTT
SmilChr03G001967 Chr03 NC_080389.1:28301329-28301343promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28301577-28309521(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTCAAGTAGGTGGA
SmilChr02G004053 Chr02 NC_080388.1:62861925-62861939promoter 内 3739-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62849768-62861677(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCATTAT
SmilChr04G002441 Chr04 NC_080390.1:39098665-39098679promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39096952-39098348(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTTCTT
SmilChr04G001952 Chr04 NC_080390.1:31722134-31722148promoter 内 3663-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31722472-31724124(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACTTCTCC
SmilChr07G004498 Chr07 NC_080393.1:57646967-57646981promoter 内 3625-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57645674-57646605(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTTTATT
SmilChr02G004494 Chr02 NC_080388.1:67449513-67449527promoter 内 3571-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67447570-67449097(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCATGAGTAGGTGAG
SmilChr05G001483 Chr05 NC_080391.1:13603233-13603247promoter 内 3405-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13595297-13602651(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATAAGTTAGGTGAA
SmilChr04G000092 Chr04 NC_080390.1:823449-823463promoter 内 3300-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 824150-826076(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAAAGTAGGTGAA
SmilChr01G001798 Chr01 NC_080387.1:32836665-32836679promoter 内 3278-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32833863-32835956(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAAAG
SmilChr04G000795 Chr04 NC_080390.1:9826910-9826924promoter 内 3257-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9827654-9829547(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCAAAGTAGGTGAA
SmilChr02G004054 Chr02 NC_080388.1:62861925-62861939promoter 内 3255-3269 bp + 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62862671-62864748(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAATGGTAGGTTTG
SmilChr05G000524 Chr05 NC_080391.1:4022049-4022063promoter 内 3172-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4016728-4021234(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGGGGGTAGGTAAT
SmilChr05G003902 Chr05 NC_080391.1:52769826-52769840promoter 内 3134-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52763843-52768973(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTCATGC
SmilChr04G000436 Chr04 NC_080390.1:4623447-4623461promoter 内 3111-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4619364-4622571(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACTAAACG
SmilChr03G002030 Chr03 NC_080389.1:30437281-30437295promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30435691-30436299(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTACCTACCAGGTC
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22304309-22304323promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATTCCAC
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22287419-22287433promoter 内 2925-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATTCCAC
SmilChr02G000767 Chr02 NC_080388.1:12595842-12595856promoter 内 2897-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12589035-12594752(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCACAGGTAGGTAAG
SmilChr01G005007 Chr01 NC_080387.1:68110491-68110505promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68111648-68111721(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTTTTA
SmilChr02G005527 Chr02 NC_080388.1:75341034-75341048promoter 内 2804-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 75338660-75339851(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTGCGGTAGGTGGT
SmilChr05G003082 Chr05 NC_080391.1:38955781-38955795promoter 内 2777-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38957005-38979398(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCTTCG
SmilChr06G001725 Chr06 NC_080392.1:19897141-19897155promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19894920-19895920(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGAGAGTAGGTGGT
SmilChr06G000990 Chr06 NC_080392.1:9785146-9785160promoter 内 2750-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9780960-9783909(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTAGAA
SmilChr01G004239 Chr01 NC_080387.1:60710761-60710775promoter 内 2743-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60712019-60715266(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTGCAGC
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