转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 11 / 152 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003751 Chr01 NC_080387.1:55878183-55878201promoter 内 3863-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 55878321-55881539(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCAC
SmilChr01G005223 Chr01 NC_080387.1:69778577-69778595promoter 内 3760-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 69775409-69778354(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCAC
SmilChr03G004475 Chr03 NC_080389.1:62865553-62865571promoter 内 3397-3415 bp - 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 62860215-62864967(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr02G003782 Chr02 NC_080388.1:59494204-59494222promoter 内 2772-2790 bp - 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 59490863-59492993(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCTCCCAACCACTATTCC
SmilChr01G004114 Chr01 NC_080387.1:59667167-59667185promoter 内 2494-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 59668674-59671246(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGCTGCAACCACTTCCTC
SmilChr01G005224 Chr01 NC_080387.1:69778577-69778595promoter 内 2290-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 69780288-69782071(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGCTGAG
SmilChr02G002302 Chr02 NC_080388.1:40613995-40614013promoter 内 1771-1789 bp + 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 40607092-40611783(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGGCTGAG
SmilChr04G001613 Chr04 NC_080390.1:26818975-26818993promoter 内 1406-1424 bp + 2577 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 26809358-26816398(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCGAGGTGGTTGGAAACC
SmilChr03G004500 Chr03 NC_080389.1:63125519-63125537promoter 内 1082-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 63120016-63122618(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr03G004056 Chr03 NC_080389.1:59514282-59514300promoter 内 711-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 59517572-59518509(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGGCCTTG
SmilChr03G001631 Chr03 NC_080389.1:21004806-21004824promoter 内 584-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 21008223-21009296(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGCCTCAACCACCCTCCA
SmilChr01G000119 Chr01 NC_080387.1:2043470-2043488promoter 内 44-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 2037174-2039531(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGGGGTGGTTGAGGATT
SmilChr03G004459 Chr03 NC_080389.1:62680090-62680108promoter 内 3892-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 62679200-62679999(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr01G004545 Chr01 NC_080387.1:63593448-63593466promoter 内 3863-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 63593586-63593657(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTCGGTGGTTGAGAAAG
SmilChr01G005222 Chr01 NC_080387.1:69772750-69772768promoter 内 3760-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 69769582-69772527(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCAC
SmilChr03G004505 Chr03 NC_080389.1:63156530-63156548promoter 内 3618-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 63153581-63156165(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr03G002900 Chr03 NC_080389.1:45717517-45717535promoter 内 3509-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45718009-45723274(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTAGCCCAACCACCCCGCC
SmilChr01G002548 Chr01 NC_080387.1:43577577-43577595promoter 内 3393-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 43568349-43576987(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGGCCTTG
SmilChr03G004317 Chr03 NC_080389.1:61527595-61527613promoter 内 3364-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 61528232-62709468(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTTGTTGGAGAGG
SmilChr01G005626 Chr01 NC_080387.1:72726256-72726274promoter 内 3314-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72726943-72733229(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGGCCTTG
SmilChr03G000623 Chr03 NC_080389.1:6885915-6885933promoter 内 3288-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6886628-6890764(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCAGGTGGTTGGGGACA
SmilChr04G001856 Chr04 NC_080390.1:30226400-30226418promoter 内 3288-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 30227113-30228504(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCAGGTGGTTGGGGACA
SmilChr03G004346 Chr03 NC_080389.1:61735895-61735913promoter 内 3236-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 61736660-61739767(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60634755-60634773promoter 内 3231-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60631906-60634003(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAATGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18112998-18113016promoter 内 3226-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 18104236-18112241(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAGGTGGTTGAGCGAC
SmilChr05G000742 Chr05 NC_080391.1:5687206-5687224promoter 内 3162-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5688045-5688782(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGTGGTGGTTGGCCTTG
SmilChr01G003435 Chr01 NC_080387.1:52974235-52974253promoter 内 2933-2951 bp - 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 52975303-52976891(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGGTAGTGGTTGGCGGCG
SmilChr01G005625 Chr01 NC_080387.1:72726256-72726274promoter 内 2828-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72723566-72725101(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGGCCAACCACCACCGC
SmilChr02G004124 Chr02 NC_080388.1:63499846-63499864promoter 内 2632-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 63501215-63502134(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTATAGGTGGTTGTGGACG
SmilChr02G005034 Chr02 NC_080388.1:72056045-72056063promoter 内 2598-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72057448-72058671(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGGCTGAG
SmilChr04G002428 Chr04 NC_080390.1:38913187-38913205promoter 内 2140-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38915048-38917431(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTTCCAACCACTTCCAG
SmilChr03G004501 Chr03 NC_080389.1:63125519-63125537promoter 内 1935-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 63122527-63123471(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr02G004224 Chr02 NC_080388.1:64440338-64440356promoter 内 1848-1866 bp + 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 64442491-64444781(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCCACAACCACCTATAC
SmilChr01G005866 Chr01 NC_080387.1:74604829-74604847promoter 内 1801-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74607029-74608410(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCTC
SmilChr05G000991 Chr05 NC_080391.1:8044690-8044708promoter 内 1670-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 8047021-8048763(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACGGGGTGGTTGAGGGGA
SmilChr01G005867 Chr01 NC_080387.1:74611109-74611127promoter 内 1342-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 74613768-74614675(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAGCCAACCACCACCTC
SmilChr02G002752 Chr02 NC_080388.1:47547756-47547774promoter 内 1244-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 47542130-47545017(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAAGTGGTTGAGAACT
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SmilChr03G004366 Chr03 NC_080389.1:61869919-61869937promoter 内 518-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 61873402-61882230(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACAACCTTTTC
SmilChr01G003500 Chr01 NC_080387.1:53604001-53604019promoter 内 440-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53596876-53600458(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCGCCAACCACTACCGT
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