转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 11 / 129 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002561 Chr02 NC_080388.1:44558876-44558883promoter 内 2069-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 44555391-44556951(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003400 Chr02 NC_080388.1:55148382-55148389promoter 内 2067-2074 bp - 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 55140322-55146455(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005968 Chr01 NC_080387.1:75381878-75381885promoter 内 2064-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 75378514-75379948(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002645 Chr02 NC_080388.1:45844895-45844902promoter 内 2036-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 45839201-45842937(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005131 Chr02 NC_080388.1:72773600-72773607promoter 内 2014-2021 bp - 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 72770229-72771620(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G004952 Chr01 NC_080387.1:67597941-67597948promoter 内 1995-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 67594530-67595942(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G001262 Chr01 NC_080387.1:25326073-25326080promoter 内 1970-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 25323657-25324049(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001891 Chr02 NC_080388.1:34215763-34215770promoter 内 1964-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 34217800-34219981(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G004107 Chr02 NC_080388.1:63366980-63366987promoter 内 1958-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 63369023-63376923(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001869 Chr02 NC_080388.1:33983716-33983723promoter 内 1948-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 33979922-33981670(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20399065-20399072promoter 内 1943-1950 bp - 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 20401123-20430750(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004093 Chr01 NC_080387.1:59377476-59377483promoter 内 1935-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 59379542-59382715(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G004788 Chr02 NC_080388.1:70036238-70036245promoter 内 1926-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 70032069-70034170(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr03G000064 Chr03 NC_080389.1:729097-729104promoter 内 1919-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 725468-727022(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001050 Chr02 NC_080388.1:18724904-18724911promoter 内 1916-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 18726989-18730100(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G005583 Chr02 NC_080388.1:75653883-75653890promoter 内 1896-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 75650735-75651785(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21447256-21447263promoter 内 1889-1896 bp + 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 21441617-21445151(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33663141-33663148promoter 内 1856-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 33657329-33661003(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G003038 Chr02 NC_080388.1:51094651-51094658promoter 内 1839-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 51096813-51098669(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G004142 Chr02 NC_080388.1:63747666-63747673promoter 内 1832-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 63749835-63760427(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001075 Chr02 NC_080388.1:19158929-19158936promoter 内 1826-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 19161104-19164105(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G003939 Chr01 NC_080387.1:57722397-57722404promoter 内 1812-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 57724586-57724936(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005020 Chr01 NC_080387.1:68192396-68192403promoter 内 1809-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 68185611-68190211(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59089362-59089369promoter 内 1809-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 59091554-59091625(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G003027 Chr01 NC_080387.1:49317093-49317100promoter 内 1806-1813 bp + 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 49319288-49320826(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G001914 Chr01 NC_080387.1:34277902-34277909promoter 内 1804-1811 bp - 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 34280099-34282089(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001226 Chr02 NC_080388.1:22545461-22545468promoter 内 1793-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 22542391-22543260(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003531 Chr02 NC_080388.1:56467938-56467945promoter 内 1792-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 56460525-56465736(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004883 Chr02 NC_080388.1:70919530-70919537promoter 内 1779-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 70921752-70925604(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001694 Chr02 NC_080388.1:31230518-31230525promoter 内 1773-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 31232746-31233429(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60585779-60585786promoter 内 1768-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 60582237-60583553(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G001870 Chr01 NC_080387.1:33688931-33688938promoter 内 1767-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 33691165-33693111(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004812 Chr02 NC_080388.1:70279750-70279757promoter 内 1750-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 70282001-70284079(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G003551 Chr01 NC_080387.1:54141857-54141864promoter 内 1749-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 54144109-54163838(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001184 Chr02 NC_080388.1:21759585-21759592promoter 内 1747-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 21756307-21757338(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001185 Chr02 NC_080388.1:21765001-21765008promoter 内 1747-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 21761723-21762754(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
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SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43113737-43113744promoter 内 1710-1717 bp + 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 43108249-43111453(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
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SmilChr01G000761 Chr01 NC_080387.1:16678825-16678832promoter 内 1672-1679 bp - 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 16675316-16676503(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000658 Chr02 NC_080388.1:9990382-9990389promoter 内 1669-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 9986786-9988057(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002354 Chr02 NC_080388.1:41335101-41335108promoter 内 1666-1673 bp + 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 41337436-41338776(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC