转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 11 / 121 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003502 Chr01 NC_080387.1:53618085-53618099promoter 内 1952-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53613710-53616050(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGAATC
SmilChr02G003877 Chr02 NC_080388.1:60845223-60845237promoter 内 1666-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 60841804-60842902(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGAAAC
SmilChr01G003438 Chr01 NC_080387.1:52989874-52989888promoter 内 1423-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52985036-52987310(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGAATC
SmilChr03G003170 Chr03 NC_080389.1:49062854-49062868promoter 内 1299-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49051056-49060166(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTCCCGGATCTGAG
SmilChr04G000022 Chr04 NC_080390.1:252877-252891promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 255651-258098(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAACTAGATCTCGG
SmilChr03G002688 Chr03 NC_080389.1:42750220-42750234promoter 内 863-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42753358-42757429(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGATTT
SmilChr01G000639 Chr01 NC_080387.1:14366671-14366685promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 10 14368580-14375203(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCAGATCTGGT
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4498155-4498169promoter 内 781-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 9 4492434-4494949(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCAGATCTGGT
SmilChr03G001333 Chr03 NC_080389.1:15564472-15564486promoter 内 1991-2005 bp - 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 6 15559588-15562476(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTC
SmilChr04G002361 Chr04 NC_080390.1:38100315-38100329promoter 内 1744-1758 bp - 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 6 38102572-38102871(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACATCC
SmilChr01G005249 Chr01 NC_080387.1:70021104-70021118promoter 内 565-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 5 70016967-70017682(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTC
SmilChr02G004403 Chr02 NC_080388.1:66361774-66361788promoter 内 3474-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 66362301-66364636(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTCAGATCTGAC
SmilChr04G001391 Chr04 NC_080390.1:22607384-22607398promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 22608071-22614622(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAGCA
SmilChr02G002551 Chr02 NC_080388.1:44393981-44393995promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 44396433-44400493(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCAGATCTGGA
SmilChr01G001836 Chr01 NC_080387.1:33292176-33292190promoter 内 2441-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 33293736-33296848(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTCTAGATCTGAC
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15068873-15068887promoter 内 954-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 15071920-15075086(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGCCAGATCTGGA
SmilChr01G002020 Chr01 NC_080387.1:35769701-35769715promoter 内 941-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 35772761-35775153(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAATTT
SmilChr01G001683 Chr01 NC_080387.1:31045932-31045946promoter 内 466-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 31038720-31042411(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTC
SmilChr02G004619 Chr02 NC_080388.1:68697113-68697127promoter 内 182-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 68700932-68727977(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAGCA
SmilChr04G002249 Chr04 NC_080390.1:36381164-36381178promoter 内 10-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 36371399-36377187(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGAAACA
SmilChr01G001134 Chr01 NC_080387.1:23098228-23098242promoter 内 3481-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 23098748-23103278(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAAACAGATCTGAA
SmilChr02G000998 Chr02 NC_080388.1:17538815-17538829promoter 内 3117-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 17539699-17540437(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGCCAGATCTGGA
SmilChr02G001391 Chr02 NC_080388.1:26406858-26406872promoter 内 2749-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 26402064-26405620(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTC
SmilChr01G002473 Chr01 NC_080387.1:42462723-42462737promoter 内 2539-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 42455494-42461275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCCAGATCTGCG
SmilChr01G001118 Chr01 NC_080387.1:22813732-22813746promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 22811251-22812244(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTGCCAGATCTGAA
SmilChr02G000997 Chr02 NC_080388.1:17538815-17538829promoter 内 1666-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 17533373-17536494(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCACC
SmilChr01G001395 Chr01 NC_080387.1:27441670-27441684promoter 内 1617-1631 bp - 2370 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 27439228-27439300(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATTCAGATCTGAC
SmilChr01G006025 Chr01 NC_080387.1:75822753-75822767promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 75825194-75830311(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTCGGATCTGAA
SmilChr02G002520 Chr02 NC_080388.1:43781283-43781297promoter 内 1525-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 43776311-43778821(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAGATTT
SmilChr01G000810 Chr01 NC_080387.1:17481672-17481686promoter 内 1044-1058 bp + 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 17484629-17485196(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGCCAGATCTGGA
SmilChr01G002054 Chr01 NC_080387.1:36333583-36333597promoter 内 1009-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 36328002-36330605(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAATTT
SmilChr02G001736 Chr02 NC_080388.1:31933873-31933887promoter 内 225-239 bp + 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 31937649-31939943(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCAGATCTGGT
SmilChr04G000533 Chr04 NC_080390.1:5903990-5904004promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 5907911-5921541(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGAGCA
SmilChr05G001465 Chr05 NC_080391.1:13413878-13413892promoter 内 3099-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13414780-13422695(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGATAG
SmilChr02G003211 Chr02 NC_080388.1:53296338-53296352promoter 内 1792-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 53298547-53300564(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGGATCT
SmilChr01G004529 Chr01 NC_080387.1:63479316-63479330promoter 内 1358-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 63481959-63483387(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGTCGT
SmilChr01G003279 Chr01 NC_080387.1:51493926-51493940promoter 内 910-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 51489904-51490849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCGATCT
SmilChr02G000066 Chr02 NC_080388.1:860091-860105promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 863446-866698(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCGATTC
SmilChr01G003487 Chr01 NC_080387.1:53425027-53425041promoter 内 541-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 53418370-53421581(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCTAGATCTGGG
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2037274-2037288promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCGGGATCTGAG
SmilChr01G003210 Chr01 NC_080387.1:50876681-50876695promoter 内 1629-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 50871331-50874323(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGGC
SmilChr03G002245 Chr03 NC_080389.1:35402633-35402647promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 35399236-35401791(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTACGGATCTGAG
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53372787-53372801promoter 内 2946-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 53373842-53376928(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGGC
SmilChr01G004009 Chr01 NC_080387.1:58505857-58505871promoter 内 1911-1925 bp + 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 58507947-58510160(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTGCAGATCTGAG
SmilChr01G001133 Chr01 NC_080387.1:23019373-23019387promoter 内 1166-1180 bp - 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 23022208-23026034(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCAGCT
SmilChr03G004248 Chr03 NC_080389.1:60974033-60974047promoter 内 1054-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 60966271-60971100(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCTTCC
SmilChr01G001999 Chr01 NC_080387.1:35495401-35495415promoter 内 370-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 35499032-35502377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGTG
SmilChr03G004250 Chr03 NC_080389.1:60974033-60974047promoter 内 87-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 60977947-60980004(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAAGCAGATCTGAA
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44626991-44627005promoter 内 3490-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 44621596-44626494(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCACCAGATCTGAG
SmilChr03G001411 Chr03 NC_080389.1:16775012-16775026promoter 内 3280-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 16775733-16779393(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTCCAGATCTGTA