转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 110 / 149 下载 TSV

上一页 110 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003525 Chr02 NC_080388.1:56408218-56408226promoter 内 1738-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56410481-56413936(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20503774-20503782promoter 内 1711-1719 bp - 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 20506064-20515359(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G002420 Chr02 NC_080388.1:42183264-42183272promoter 内 1707-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 42180906-42180978(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr01G005420 Chr01 NC_080387.1:71404432-71404440promoter 内 1688-1696 bp + 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 71399457-71402127(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G002414 Chr04 NC_080390.1:38753679-38753687promoter 内 1605-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 38756075-38759860(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr01G003865 Chr01 NC_080387.1:56894863-56894871promoter 内 1577-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 56897287-56900336(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G001866 Chr02 NC_080388.1:33891106-33891114promoter 内 1574-1582 bp + 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 33893533-33894546(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr02G002836 Chr02 NC_080388.1:48506164-48506172promoter 内 1574-1582 bp - 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 48502269-48503745(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr03G004714 Chr03 NC_080389.1:64388044-64388052promoter 内 1573-1581 bp + 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 64390472-64393314(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20666498-20666506promoter 内 1566-1574 bp - 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 20662598-20664071(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr02G002085 Chr02 NC_080388.1:37432738-37432746promoter 内 1557-1565 bp - 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 37435182-37436929(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G005027 Chr02 NC_080388.1:72011068-72011076promoter 内 1550-1558 bp - 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 72013519-72015456(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr03G000123 Chr03 NC_080389.1:1332101-1332109promoter 内 1549-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1326611-1329657(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr02G001919 Chr02 NC_080388.1:34559469-34559477promoter 内 1544-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34561926-34567493(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr01G004253 Chr01 NC_080387.1:60821300-60821308promoter 内 1532-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60823769-60824749(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr02G004306 Chr02 NC_080388.1:65441113-65441121promoter 内 1501-1509 bp - 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 65443613-65445499(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G000742 Chr04 NC_080390.1:9121414-9121422promoter 内 1490-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 9116065-9118911(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr03G002865 Chr03 NC_080389.1:45261450-45261458promoter 内 1488-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45263963-45264747(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr03G000142 Chr03 NC_080389.1:1612938-1612946promoter 内 1459-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1547153-1610404(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr03G003307 Chr03 NC_080389.1:51276175-51276183promoter 内 1429-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 51278747-51280247(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr02G001289 Chr02 NC_080388.1:23718626-23718634promoter 内 1427-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 23721200-23724166(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr01G004019 Chr01 NC_080387.1:58587339-58587347promoter 内 1419-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58578309-58584765(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53230905-53230913promoter 内 1411-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53233495-53234247(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G002721 Chr04 NC_080390.1:42830165-42830173promoter 内 1387-1395 bp + 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 42832779-42833339(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr01G001244 Chr01 NC_080387.1:24940760-24940768promoter 内 1381-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 24935348-24938148(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45620128-45620136promoter 内 1380-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 45611248-45617515(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G002186 Chr02 NC_080388.1:39060450-39060458promoter 内 1376-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 39063075-39063960(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G002167 Chr04 NC_080390.1:34958453-34958461promoter 内 1361-1369 bp + 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 34950420-34955821(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G002527 Chr04 NC_080390.1:40346469-40346477promoter 内 1271-1279 bp + 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 40343244-40343747(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G000098 Chr04 NC_080390.1:884265-884273promoter 内 1249-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 887017-889490(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr01G004276 Chr01 NC_080387.1:60993463-60993471promoter 内 1243-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 60986629-60990713(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr03G002362 Chr03 NC_080389.1:37247115-37247123promoter 内 1184-1192 bp - 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 37249932-37253935(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr04G000611 Chr04 NC_080390.1:6902115-6902123promoter 内 1171-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 6897804-6899293(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
SmilChr01G004587 Chr01 NC_080387.1:63888165-63888173promoter 内 1134-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 63891032-63891860(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G004260 Chr02 NC_080388.1:64813165-64813173promoter 内 1131-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 64816035-64816107(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAT
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32076874-32076882promoter 内 1128-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 32072280-32074009(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ATTGTCGGT
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