转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 111 / 147 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004696 Chr01 NC_080387.1:65057289-65057298promoter 内 699-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 65060591-65062244(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr02G001422 Chr02 NC_080388.1:26823341-26823350promoter 内 689-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 26826653-26827854(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTC
SmilChr02G001664 Chr02 NC_080388.1:30855495-30855504promoter 内 676-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 30858820-30861350(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr01G001115 Chr01 NC_080387.1:22800262-22800271promoter 内 664-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 22794412-22796934(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr01G000356 Chr01 NC_080387.1:7388248-7388257promoter 内 661-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7382262-7384917(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr04G002318 Chr04 NC_080390.1:37486858-37486867promoter 内 659-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 37481009-37483525(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr02G001007 Chr02 NC_080388.1:17751711-17751720promoter 内 658-667 bp + 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 17755054-17762670(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr04G001269 Chr04 NC_080390.1:20191185-20191194promoter 内 653-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20185327-20187846(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr01G000097 Chr01 NC_080387.1:1706934-1706943promoter 内 642-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1710293-1712140(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr04G001200 Chr04 NC_080390.1:18337321-18337330promoter 内 635-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 18340687-18343167(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr01G001347 Chr01 NC_080387.1:26740377-26740386promoter 内 598-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 26733442-26736983(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTC
SmilChr03G000546 Chr03 NC_080389.1:5925478-5925487promoter 内 589-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5920385-5922075(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTC
SmilChr03G003871 Chr03 NC_080389.1:57810419-57810428promoter 内 572-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 57804682-57806999(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACATC
SmilChr01G003650 Chr01 NC_080387.1:54959876-54959885promoter 内 544-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 54963333-54970778(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CCGCGACAAA
SmilChr01G000388 Chr01 NC_080387.1:8004770-8004779promoter 内 539-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7998958-8001317(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr01G003325 Chr01 NC_080387.1:51934025-51934034promoter 内 533-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51937493-51937712(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr02G005218 Chr02 NC_080388.1:73384288-73384297promoter 内 528-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 73387761-73394913(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GATGTCGGAA
SmilChr01G003323 Chr01 NC_080387.1:51934025-51934034promoter 内 514-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 51929249-51930547(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTC
SmilChr03G002182 Chr03 NC_080389.1:33898832-33898841promoter 内 508-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 33894567-33895348(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TAGCGACAAA
SmilChr02G001420 Chr02 NC_080388.1:26823341-26823350promoter 内 506-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 26818107-26819855(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr04G001491 Chr04 NC_080390.1:24366296-24366305promoter 内 505-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 24360279-24362809(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TAGCGACAAA
SmilChr02G003198 Chr02 NC_080388.1:53144878-53144887promoter 内 496-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 53138855-53141382(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACATC
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75068153-75068162promoter 内 490-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCTA
SmilChr01G002237 Chr01 NC_080387.1:38913516-38913525promoter 内 484-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 38917033-38919220(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TAGCGACAAA
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77070567-77070576promoter 内 478-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 77064432-77067053(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GATGTCGGAA
SmilChr02G002513 Chr02 NC_080388.1:43628931-43628940promoter 内 451-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43632481-43634332(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr02G001257 Chr02 NC_080388.1:23080907-23080916promoter 内 395-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23074913-23077310(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAT
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64715315-64715324promoter 内 375-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 64718941-64721423(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TAGCGACAAA
SmilChr03G003854 Chr03 NC_080389.1:57649465-57649474promoter 内 366-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 57640631-57645839(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GATGTCGGAA
SmilChr02G004557 Chr02 NC_080388.1:68098188-68098197promoter 内 361-370 bp + 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 68101828-68103606(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TAGCGACAAA
SmilChr01G004759 Chr01 NC_080387.1:65792580-65792589promoter 内 353-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 65785348-65788941(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GATGTCGGAA
SmilChr03G000689 Chr03 NC_080389.1:7687825-7687834promoter 内 347-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7682537-7684180(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTT
SmilChr01G002397 Chr01 NC_080387.1:41304867-41304876promoter 内 303-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 41301072-41301178(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr03G001058 Chr03 NC_080389.1:12294044-12294053promoter 内 298-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 12287789-12290350(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATTGTCGGTT
SmilChr01G005994 Chr01 NC_080387.1:75533932-75533941promoter 内 291-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 75537642-75537748(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAA
SmilChr01G002525 Chr01 NC_080387.1:43221096-43221105promoter 内 266-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43224831-43231129(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGTC
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