转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 114 / 125 下载 TSV

上一页 114 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002164 Chr02 NC_080388.1:38860311-38860330promoter 内 2920-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38861392-38862396(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAAAGAAATGGAAG
SmilChr02G002166 Chr02 NC_080388.1:38869672-38869691promoter 内 2920-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38870753-38871757(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAAAGAAATGGAAG
SmilChr01G002608 Chr01 NC_080387.1:44271278-44271297promoter 内 2915-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44269414-44270211(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TAAAAAAAGACAAGAAAAAC
SmilChr01G001099 Chr01 NC_080387.1:22497820-22497839promoter 内 2900-2919 bp + 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22496616-22496738(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTGATTTGTCTTTGTGCG
SmilChr02G004350 Chr02 NC_080388.1:65759955-65759974promoter 内 2881-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 65761075-65764167(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGGACAAGCCTAGC
SmilChr01G001976 Chr01 NC_080387.1:35168600-35168619promoter 内 2851-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35163307-35167469(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CGTATTTTTGTTTCTTTGCT
SmilChr01G003355 Chr01 NC_080387.1:52298681-52298700promoter 内 2843-2862 bp - 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52299839-52302820(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAGTTTTTGTTTTTTACTT
SmilChr03G002209 Chr03 NC_080389.1:34816626-34816645promoter 内 2840-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34813516-34815484(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAAAAAAGAAAGAGTCAGG
SmilChr01G002175 Chr01 NC_080387.1:37823350-37823369promoter 内 2828-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37818396-37822196(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAGCTTTTGTCCTTGTTCT
SmilChr01G005343 Chr01 NC_080387.1:70655445-70655464promoter 内 2763-2782 bp - 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70643676-70654226(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TAGAAAAAGAAAAGAAAAGG
SmilChr01G005342 Chr01 NC_080387.1:70642539-70642558promoter 内 2723-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70630561-70641280(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TAGAAAAAGAAAAGAAAAGG
SmilChr01G000579 Chr01 NC_080387.1:12149595-12149614promoter 内 2709-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12147216-12148322(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGAAGGAAGAAAGG
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43361669-43361688promoter 内 2701-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43353388-43360388(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTGAGTTTGTCTTCCACTT
SmilChr02G003154 Chr02 NC_080388.1:52585988-52586007promoter 内 2683-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52587306-52592644(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAAAAAAGAAAT
SmilChr01G000352 Chr01 NC_080387.1:7327773-7327792promoter 内 2668-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7325434-7326459(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAAGAAAGACAAAAAGTTT
SmilChr03G001598 Chr03 NC_080389.1:20307004-20307023promoter 内 2643-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20304955-20305665(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTCTTTTT
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56260230-56260249promoter 内 2619-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTTTTTTTCTCGTTATTTG
SmilChr02G004795 Chr02 NC_080388.1:70148857-70148876promoter 内 2580-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70146692-70147455(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGAACAGACAAAGGCGAG
SmilChr02G003717 Chr02 NC_080388.1:58784457-58784476promoter 内 2577-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58785881-58789816(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGTTTTTTTGTTTTCTTTTC
SmilChr01G001953 Chr01 NC_080387.1:34743518-34743537promoter 内 2572-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34739024-34742108(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TACAAAAAGACAGACTAAAG
SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:744019-744038promoter 内 2563-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGAAGGAAGAAAGG
SmilChr01G003867 Chr01 NC_080387.1:56918117-56918136promoter 内 2555-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56913994-56916690(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTGAAAAAAACAAAAAACAA
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20494528-20494547promoter 内 2543-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAGAAGGAAGAAAGG
SmilChr02G000864 Chr02 NC_080388.1:14889887-14889906promoter 内 2488-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14891400-14894409(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGGAAAAAGAGAGAACCCAT
SmilChr02G003920 Chr02 NC_080388.1:61279108-61279127promoter 内 2470-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61280639-61283858(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTGAAAAAGAAAAAAAAAAA
SmilChr02G001886 Chr02 NC_080388.1:34173529-34173548promoter 内 2464-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34175066-34177047(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TATAGAGAGACAAAAGGTGA
SmilChr03G003338 Chr03 NC_080389.1:51669305-51669324promoter 内 2441-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51670865-51672168(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTTTTCTTTTTCTTTTTTTC
SmilChr02G000807 Chr02 NC_080388.1:13504154-13504173promoter 内 2426-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13498082-13502598(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GACAAAAAGAGAGGAGTATA
SmilChr02G000808 Chr02 NC_080388.1:13541303-13541322promoter 内 2426-2445 bp - 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13535231-13539747(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GACAAAAAGAGAGGAGTATA
SmilChr03G000217 Chr03 NC_080389.1:2516969-2516988promoter 内 2377-2396 bp + 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2518593-2525041(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TATGAAAAGACAAAAAAAAG
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8060024-8060043promoter 内 2374-2393 bp + 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGTGAAAGACAAGATCCAA
SmilChr03G000096 Chr03 NC_080389.1:1065041-1065060promoter 内 2356-2375 bp + 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1066686-1072914(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGGAAAAAGAAGAAGAAGAG
SmilChr03G003291 Chr03 NC_080389.1:51030126-51030145promoter 内 2332-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51027435-51028476(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGGAAGAAAAGAAAAAAAAA
SmilChr02G000648 Chr02 NC_080388.1:9964480-9964499promoter 内 2331-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9822583-9962829(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CTTTTTTTTCTCATTTTGTA
SmilChr02G002133 Chr02 NC_080388.1:38388588-38388607promoter 内 2331-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 38384804-38386937(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GTGTGTTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr02G005171 Chr02 NC_080388.1:73020710-73020729promoter 内 2327-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73022384-73027079(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGATGAAGGACAAAAGCTGG
SmilChr03G002479 Chr03 NC_080389.1:39357881-39357900promoter 内 2324-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39351458-39356223(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTCTTTTT
SmilChr03G001669 Chr03 NC_080389.1:21715891-21715910promoter 内 2279-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21712660-21714188(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAAAGAAAAAGA
SmilChr03G002859 Chr03 NC_080389.1:45193569-45193588promoter 内 2257-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45195313-45197354(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCCAATTTTGTCGGTGCCTT
SmilChr03G000134 Chr03 NC_080389.1:1472672-1472691promoter 内 2211-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1474462-1475690(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TATCCCCTTTTCTTTTTCTC
SmilChr02G001465 Chr02 NC_080388.1:27385156-27385175promoter 内 2206-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27386951-27390400(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAAGAAAAAAGAAAAAAAAA
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SmilChr03G001307 Chr03 NC_080389.1:15334867-15334886promoter 内 2172-2191 bp - 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15330344-15333057(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAAAGAAGACAAAGGCAGT
SmilChr01G005588 Chr01 NC_080387.1:72558262-72558281promoter 内 2147-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72554953-72556427(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TATATTTTTTTCTTTTTCTT
SmilChr01G000950 Chr01 NC_080387.1:20133427-20133446promoter 内 2128-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 20135300-20137758(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCGACCATTGTCTTTCACTC
SmilChr03G003441 Chr03 NC_080389.1:52798736-52798755promoter 内 2091-2110 bp - 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52800646-52801167(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTTTTTTTGTTTTCTTTTT
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SmilChr02G001408 Chr02 NC_080388.1:26711697-26711716promoter 内 2031-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26713667-26715983(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAGTTTTTGTTTTTTACTT
SmilChr02G001870 Chr02 NC_080388.1:33978190-33978209promoter 内 2026-2045 bp + 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33980165-33981871(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CGAAAAAAGAGAAGCAAAGG
SmilChr01G004103 Chr01 NC_080387.1:59507695-59507714promoter 内 1990-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59503982-59505703(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTCTTTTT