转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 116 / 128 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002050 Chr05 NC_080391.1:21359716-21359730promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21363033-21363104(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCGTCACCGCCT
SmilChr02G002356 Chr02 NC_080388.1:41348307-41348321promoter 内 657-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41344284-41344977(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCCGGTG
SmilChr02G002291 Chr02 NC_080388.1:40432020-40432034promoter 内 645-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40435376-40439292(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAACGGTGGAGATGG
SmilChr07G002404 Chr07 NC_080393.1:22388223-22388237promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22391602-22394105(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGTGGAGGGTG
SmilChr02G000868 Chr02 NC_080388.1:14902257-14902271promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14905697-14905783(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCATCA
SmilChr08G003170 Chr08 NC_080394.1:32377383-32377397promoter 内 530-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 32371880-32373926(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGTGGAGGGTG
SmilChr06G001093 Chr06 NC_080392.1:10933298-10933312promoter 内 527-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10936772-10939171(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCGGTGGCTGTGG
SmilChr01G002564 Chr01 NC_080387.1:43767821-43767835promoter 内 505-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 43760740-43764339(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCAACACCGCCG
SmilChr07G001790 Chr07 NC_080393.1:15246010-15246024promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 15236520-15242517(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTAGGC
SmilChr05G004091 Chr05 NC_080391.1:54744968-54744982promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54748476-54751564(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGATGGTGGAGGAGG
SmilChr01G001705 Chr01 NC_080387.1:31486898-31486912promoter 内 485-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31481695-31483396(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATCTGA
SmilChr01G002997 Chr01 NC_080387.1:48917805-48917819promoter 内 478-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48921328-48923133(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCAACCACCGCCT
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64385901-64385915promoter 内 438-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64380776-64382352(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCATCACCGCCA
SmilChr07G004474 Chr07 NC_080393.1:57287439-57287453promoter 内 403-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57291037-57297593(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGTGGAGGGTG
SmilChr06G000759 Chr06 NC_080392.1:7034189-7034203promoter 内 327-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7029086-7030529(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCTCCACCGGCA
SmilChr05G001015 Chr05 NC_080391.1:8319547-8319561promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8313665-8315877(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGGGCCACCGCCC
SmilChr01G003675 Chr01 NC_080387.1:55183585-55183599promoter 内 273-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55177429-55179871(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCTCCACCACCT
SmilChr01G003966 Chr01 NC_080387.1:58096846-58096860promoter 内 208-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58100639-58105464(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCAACCACCGCCT
SmilChr08G002764 Chr08 NC_080394.1:27272711-27272725promoter 内 168-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27267915-27268892(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCCTCCACCGGCA
SmilChr07G001951 Chr07 NC_080393.1:16988393-16988407promoter 内 129-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16983713-16984535(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCTCCACCGCCC
SmilChr03G001753 Chr03 NC_080389.1:23805698-23805712promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 23809599-23813666(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCAGCCACCGCTA
SmilChr01G004832 Chr01 NC_080387.1:66451976-66451990promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 66455903-66457952(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCTCCACCGCCC
SmilChr05G000655 Chr05 NC_080391.1:4932666-4932680promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4936595-4938859(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AACCGGCGGAGGTGG
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62239854-62239868promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62243807-62244992(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATCTGA
SmilChr01G005353 Chr01 NC_080387.1:70768549-70768563promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70763380-70764606(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAGAG
SmilChr02G000639 Chr02 NC_080388.1:9682833-9682847promoter 内 36-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9674435-9678882(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATCTGA
SmilChr01G004681 Chr01 NC_080387.1:64883185-64883199promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64887162-64888454(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCATCACCGCCA
SmilChr04G003509 Chr04 NC_080390.1:51469579-51469593promoter 内 13-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51460539-51465605(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAGAG
SmilChr05G000734 Chr05 NC_080391.1:5597838-5597852promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 5593661-5597528(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCTTT
SmilChr05G004362 Chr05 NC_080391.1:57169920-57169934promoter 内 3389-3403 bp + 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 57169190-57169322(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAAGGA
SmilChr05G004361 Chr05 NC_080391.1:57169920-57169934promoter 内 3151-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 57168951-57169084(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAAGGA
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66619031-66619045promoter 内 1482-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 66621550-66625582(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCAT
SmilChr07G002645 Chr07 NC_080393.1:25593400-25593414promoter 内 1437-1451 bp - 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 25588789-25590850(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGATCCACCGCCA
SmilChr07G001428 Chr07 NC_080393.1:11104992-11105006promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 11099023-11101283(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAATGC
SmilChr04G000613 Chr04 NC_080390.1:6919219-6919233promoter 内 111-125 bp + 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 6923109-6923948(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCTCCACCACCA
SmilChr08G002217 Chr08 NC_080394.1:20174560-20174574promoter 内 3973-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20173422-20174546(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGACTCCACCGCCG
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