转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 118 / 149 下载 TSV

上一页 118 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003650 Chr01 NC_080387.1:54959877-54959885promoter 内 545-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54963333-54970778(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr02G003422 Chr02 NC_080388.1:55435913-55435921promoter 内 544-552 bp - 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55428480-55432464(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G002129 Chr01 NC_080387.1:37293982-37293990promoter 内 449-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37297534-37299100(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr04G002546 Chr04 NC_080390.1:40761248-40761256promoter 内 402-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40756082-40757657(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr01G003762 Chr01 NC_080387.1:56016932-56016940promoter 内 277-285 bp - 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56009360-56013216(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G001718 Chr01 NC_080387.1:31663952-31663960promoter 内 234-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 31656640-31660193(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr02G005147 Chr02 NC_080388.1:72874930-72874938promoter 内 215-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 72865368-72871152(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr03G003714 Chr03 NC_080389.1:56087704-56087712promoter 内 161-169 bp + 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56083801-56083872(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr02G003288 Chr02 NC_080388.1:54166596-54166604promoter 内 134-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54154374-54162737(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr02G005169 Chr02 NC_080388.1:73020664-73020672promoter 内 107-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73013770-73016778(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CGCGACAAA
SmilChr02G000358 Chr02 NC_080388.1:4611915-4611923promoter 内 34-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4615882-4618242(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGCG
SmilChr01G002797 Chr01 NC_080387.1:46461502-46461510promoter 内 3959-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 46458193-46461468(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr04G002500 Chr04 NC_080390.1:39936240-39936248promoter 内 3863-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 39932962-39936110(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G001776 Chr03 NC_080389.1:24217382-24217390promoter 内 3640-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 24214085-24217029(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr04G002332 Chr04 NC_080390.1:37628851-37628859promoter 内 3627-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 37625572-37628485(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G001218 Chr03 NC_080389.1:13990671-13990679promoter 内 3621-3629 bp - 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 13987394-13990299(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr04G001380 Chr04 NC_080390.1:22398034-22398042promoter 内 3617-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 22398418-22401324(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G000312 Chr02 NC_080388.1:3940419-3940427promoter 内 3602-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 3937146-3940028(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G000559 Chr03 NC_080389.1:6062230-6062238promoter 内 3598-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 6058931-6061835(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G000497 Chr01 NC_080387.1:10135056-10135064promoter 内 3573-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 10131296-10134636(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr02G001020 Chr02 NC_080388.1:18004324-18004332promoter 内 3427-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 18002854-18003758(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr02G002009 Chr02 NC_080388.1:36228282-36228290promoter 内 3402-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 36225917-36227691(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr01G000227 Chr01 NC_080387.1:4147636-4147644promoter 内 3353-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 4146340-4146996(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr03G003363 Chr03 NC_080389.1:51976730-51976738promoter 内 3265-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51977466-51980894(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr01G000850 Chr01 NC_080387.1:18377137-18377145promoter 内 3235-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 18377903-18379460(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr03G000560 Chr03 NC_080389.1:6091550-6091558promoter 内 3128-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 6092423-6094576(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63627077-63627085promoter 内 3108-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 63623874-63626192(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr03G000240 Chr03 NC_080389.1:2847389-2847397promoter 内 3083-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 2845210-2846479(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr01G005656 Chr01 NC_080387.1:72907520-72907528promoter 内 3056-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 72908465-72910533(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr02G003878 Chr02 NC_080388.1:60842078-60842086promoter 内 3019-3027 bp + 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 60843060-60846333(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G002724 Chr01 NC_080387.1:45584200-45584208promoter 内 2694-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 45581067-45582901(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr03G002548 Chr03 NC_080389.1:40657326-40657334promoter 内 2675-2683 bp + 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 40648123-40656008(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr03G004131 Chr03 NC_080389.1:60143667-60143675promoter 内 2675-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 60144993-60155269(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr02G003028 Chr02 NC_080388.1:50993796-50993804promoter 内 2504-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 50995293-50996129(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
SmilChr04G000416 Chr04 NC_080390.1:4367001-4367009promoter 内 2479-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 4364108-4365487(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGAC
SmilChr01G002798 Chr01 NC_080387.1:46461505-46461513promoter 内 2436-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 46463070-46469602(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GTCGACAAA
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