转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 120 / 136 下载 TSV

上一页 120 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000636 Chr04 NC_080390.1:7224576-7224586promoter 内 2680-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7220555-7223265(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr08G002612 Chr08 NC_080394.1:25479786-25479796promoter 内 2648-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25481139-25483358(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGCCAGCGCG
SmilChr02G001990 Chr02 NC_080388.1:35993342-35993352promoter 内 2636-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35994707-35997326(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGTT
SmilChr03G002367 Chr03 NC_080389.1:37303748-37303758promoter 内 2628-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37305121-37308544(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr04G002218 Chr04 NC_080390.1:35862966-35862976promoter 内 2565-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 35864402-35865376(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGTT
SmilChr07G002171 Chr07 NC_080393.1:19892683-19892693promoter 内 2528-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 19894156-19900177(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCGT
SmilChr08G003316 Chr08 NC_080394.1:34398911-34398921promoter 内 2501-2511 bp - 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34391154-34397421(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTT
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:769275-769285promoter 内 2485-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 766367-767769(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr06G000885 Chr06 NC_080392.1:8395054-8395064promoter 内 2459-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8396596-8398800(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr03G000474 Chr03 NC_080389.1:5044277-5044287promoter 内 2353-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5045925-5046758(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACGGCTGAGCT
SmilChr03G000053 Chr03 NC_080389.1:519105-519115promoter 内 2352-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 520754-524608(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr01G001453 Chr01 NC_080387.1:28213755-28213765promoter 内 2331-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28212024-28212095(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr08G000288 Chr08 NC_080394.1:1968191-1968201promoter 内 2276-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1961628-1966476(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr07G000835 Chr07 NC_080393.1:5929231-5929241promoter 内 2273-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5930959-5935826(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAC
SmilChr03G003403 Chr03 NC_080389.1:52406229-52406239promoter 内 2216-2226 bp + 1775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 52400849-52404454(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATT
SmilChr08G004576 Chr08 NC_080394.1:55363904-55363914promoter 内 2165-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55365740-55366997(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTT
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70647780-70647790promoter 内 2145-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70649636-70654261(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr08G000289 Chr08 NC_080394.1:1968191-1968201promoter 内 2128-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1964997-1966328(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr08G003975 Chr08 NC_080394.1:47753140-47753150promoter 内 2121-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47755020-47756265(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr07G001186 Chr07 NC_080393.1:9015783-9015793promoter 内 2116-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 9017668-9018883(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr04G001271 Chr04 NC_080390.1:20206074-20206084promoter 内 2045-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20208030-20208136(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACT
SmilChr07G001565 Chr07 NC_080393.1:12874499-12874509promoter 内 2006-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12870487-12872514(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTT
SmilChr01G001452 Chr01 NC_080387.1:28213755-28213765promoter 内 1961-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28209347-28211725(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr04G000356 Chr04 NC_080390.1:3415994-3416004promoter 内 1952-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3413581-3413955(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr02G004331 Chr02 NC_080388.1:65591934-65591944promoter 内 1943-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 65584992-65589886(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACGGCTGAGCT
SmilChr07G003469 Chr07 NC_080393.1:38824352-38824362promoter 内 1934-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38816480-38822295(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACCGCTGAGAC
SmilChr03G003168 Chr03 NC_080389.1:49031249-49031259promoter 内 1931-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49033319-49033917(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr07G003686 Chr07 NC_080393.1:44367718-44367728promoter 内 1904-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44369815-44369920(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr07G003690 Chr07 NC_080393.1:44427721-44427731promoter 内 1904-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44429818-44429923(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr02G002648 Chr02 NC_080388.1:45874572-45874582promoter 内 1894-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 45871242-45872475(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGTT
SmilChr03G001732 Chr03 NC_080389.1:23284029-23284039promoter 内 1879-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 23281811-23281917(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64244842-64244852promoter 内 1856-1866 bp - 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 64246987-64247791(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACGGCTGAGCT
SmilChr02G000757 Chr02 NC_080388.1:12345148-12345158promoter 内 1852-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12340144-12343009(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr03G002318 Chr03 NC_080389.1:36534876-36534886promoter 内 1840-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36537037-36545350(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr02G002976 Chr02 NC_080388.1:50304472-50304482promoter 内 1839-1849 bp - 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 50306634-50308362(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr02G002884 Chr02 NC_080388.1:49130725-49130735promoter 内 1833-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49126854-49128567(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr05G004296 Chr05 NC_080391.1:56692151-56692161promoter 内 1807-1817 bp + 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56685955-56689967(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr06G003141 Chr06 NC_080392.1:44425849-44425859promoter 内 1770-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 44428080-44431101(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACT
SmilChr08G003313 Chr08 NC_080394.1:34350041-34350051promoter 内 1766-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34345068-34347816(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCACT
SmilChr01G002279 Chr01 NC_080387.1:39580232-39580242promoter 内 1730-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39582503-39591376(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr05G000481 Chr05 NC_080391.1:3763886-3763896promoter 内 1724-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3754723-3761619(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACT
SmilChr03G000428 Chr03 NC_080389.1:4666638-4666648promoter 内 1705-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4657135-4664352(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr07G003124 Chr07 NC_080393.1:33158605-33158615promoter 内 1704-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33155425-33156318(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCT
SmilChr05G003097 Chr05 NC_080391.1:39386099-39386109promoter 内 1697-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39388403-39389928(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACACAGCGCG
SmilChr02G001768 Chr02 NC_080388.1:32432083-32432093promoter 内 1683-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32427898-32429775(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGTC
SmilChr02G002107 Chr02 NC_080388.1:37772623-37772633promoter 内 1677-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37774947-37777949(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17892592-17892602promoter 内 1649-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17888415-17890250(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATT
SmilChr04G001749 Chr04 NC_080390.1:28798754-28798764promoter 内 1642-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28795046-28796405(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCT
SmilChr06G000140 Chr06 NC_080392.1:988386-988396promoter 内 1616-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 990771-994092(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCCTC
SmilChr04G001818 Chr04 NC_080390.1:29679401-29679411promoter 内 1614-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29681788-29683348(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATT