转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 121 / 151 下载 TSV

上一页 121 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001679 Chr03 NC_080389.1:22031770-22031782promoter 内 1258-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22034513-22036165(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAATAGGTAAG
SmilChr03G002876 Chr03 NC_080389.1:45444781-45444793promoter 内 1245-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45447537-45449473(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCAAT
SmilChr03G003515 Chr03 NC_080389.1:53745947-53745959promoter 内 1183-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53748765-53751784(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTTTT
SmilChr01G001799 Chr01 NC_080387.1:32863940-32863952promoter 内 1175-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32866766-32868592(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCAAT
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49035816-49035828promoter 内 1129-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49038688-49045424(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACATTC
SmilChr05G001830 Chr05 NC_080391.1:18337789-18337801promoter 内 1085-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18340705-18341505(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAATAGGTAAG
SmilChr03G003198 Chr03 NC_080389.1:49513248-49513260promoter 内 1014-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49506467-49510273(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTAGTAGGTATG
SmilChr04G000625 Chr04 NC_080390.1:7116574-7116586promoter 内 955-967 bp - 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7119620-7122369(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGATGTAGGTAAT
SmilChr02G001973 Chr02 NC_080388.1:35707962-35707974promoter 内 904-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35711059-35711140(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGTAGGTTCA
SmilChr04G001059 Chr04 NC_080390.1:15160729-15160741promoter 内 871-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15157081-15157611(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAGGTAGGCAGG
SmilChr04G001317 Chr04 NC_080390.1:21100967-21100979promoter 内 866-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21104102-21109945(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATGGTAGGTTCA
SmilChr02G000336 Chr02 NC_080388.1:4256074-4256086promoter 内 835-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4249585-4252920(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGATGTAGGTAAT
SmilChr03G002199 Chr03 NC_080389.1:34593760-34593772promoter 内 818-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34596943-34597717(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTACCTACAGCG
SmilChr04G001454 Chr04 NC_080390.1:23928973-23928985promoter 内 754-766 bp + 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23920929-23925738(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTGATAGGTAAA
SmilChr05G000817 Chr05 NC_080391.1:6411198-6411210promoter 内 728-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6399822-6407937(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGTACCTACTTCT
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35214917-35214929promoter 内 697-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCAAT
SmilChr04G000786 Chr04 NC_080390.1:9682004-9682016promoter 内 685-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9676495-9678700(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCTATTAGGTAAT
SmilChr03G003247 Chr03 NC_080389.1:50354474-50354486promoter 内 683-695 bp + 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50357792-50360236(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTTTT
SmilChr03G004502 Chr03 NC_080389.1:63121867-63121879promoter 内 681-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63125187-63126134(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGAGTAGGTATA
SmilChr03G004751 Chr03 NC_080389.1:64591894-64591906promoter 内 638-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64595257-64596262(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAGC
SmilChr03G003705 Chr03 NC_080389.1:55998328-55998340promoter 内 617-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 56001712-56007487(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAATGTAGGTAAT
SmilChr02G002304 Chr02 NC_080388.1:40657104-40657116promoter 内 492-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40647737-40653607(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAAATAGGTAAG
SmilChr01G001138 Chr01 NC_080387.1:23174133-23174145promoter 内 490-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23177644-23181219(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTAGGTAGGCAGG
SmilChr03G004354 Chr03 NC_080389.1:61774587-61774599promoter 内 410-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61769014-61771008(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATGAGTAGGTATA
SmilChr03G002270 Chr03 NC_080389.1:35841097-35841109promoter 内 378-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35844720-35853657(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAAAG
SmilChr04G002404 Chr04 NC_080390.1:38573087-38573099promoter 内 354-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38576734-38627026(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAATGTAGGTAAT
SmilChr02G004877 Chr02 NC_080388.1:70855925-70855937promoter 内 335-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70842455-70852271(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAAAAG
SmilChr03G004476 Chr03 NC_080389.1:62877310-62877322promoter 内 332-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62872153-62873653(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTCAT
SmilChr03G004512 Chr03 NC_080389.1:63195858-63195870promoter 内 314-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63189498-63192183(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTCAT
SmilChr02G002126 Chr02 NC_080388.1:38075847-38075859promoter 内 310-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38079538-38081399(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACATTC
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65416001-65416013promoter 内 305-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTAAACAA
SmilChr04G001706 Chr04 NC_080390.1:28195619-28195631promoter 内 239-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28199381-28202166(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTCAT
SmilChr03G004483 Chr03 NC_080389.1:62954839-62954851promoter 内 212-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62947592-62951062(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATACCTACTCAT
SmilChr01G001600 Chr01 NC_080387.1:30165231-30165243promoter 内 203-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30158031-30161445(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATCAAT
SmilChr03G004492 Chr03 NC_080389.1:63038613-63038625promoter 内 198-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63034100-63034822(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTGGGTAGGTGCT
SmilChr04G003397 Chr04 NC_080390.1:50506301-50506313promoter 内 147-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50510155-50510932(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATAGC
SmilChr02G004798 Chr02 NC_080388.1:70179573-70179585promoter 内 1382-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 70173582-70176966(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTATTTAGGTAAA
SmilChr03G000746 Chr03 NC_080389.1:8531507-8531519promoter 内 3660-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 8525452-8531178(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr05G001335 Chr05 NC_080391.1:11740102-11740114promoter 内 3476-3488 bp - 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 11740627-11743929(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTATTTAGGTAAA
SmilChr01G004533 Chr01 NC_080387.1:63501056-63501068promoter 内 3111-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 63495354-63500178(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTTTC
SmilChr05G001010 Chr05 NC_080391.1:8291029-8291041promoter 内 2926-2938 bp + 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 8292104-8293025(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAAATAA
SmilChr02G000848 Chr02 NC_080388.1:14413179-14413191promoter 内 2494-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 14410321-14411684(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATTGTAGGTAAT
SmilChr02G003691 Chr02 NC_080388.1:58330166-58330178promoter 内 2396-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 58325837-58328573(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGATGTAGGTACG
SmilChr01G004199 Chr01 NC_080387.1:60468663-60468675promoter 内 2318-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 60470346-60474440(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTATTTAGGTAAA
SmilChr01G002589 Chr01 NC_080387.1:44020528-44020540promoter 内 858-870 bp - 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 44016632-44017397(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTACT
SmilChr03G004068 Chr03 NC_080389.1:59665551-59665563promoter 内 486-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 59658877-59662048(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GAAGGTAGGTATT
SmilChr04G001358 Chr04 NC_080390.1:22053928-22053940promoter 内 301-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 22057628-22062615(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATTACT
SmilChr03G003144 Chr03 NC_080389.1:48740888-48740900promoter 内 3949-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48735363-48740848(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGATTTAGGTAAC
SmilChr03G000136 Chr03 NC_080389.1:1491222-1491234promoter 内 3857-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1490098-1491090(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA
SmilChr03G000137 Chr03 NC_080389.1:1497411-1497423promoter 内 3857-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1496290-1497279(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTAATTAA