预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021489-RA_Salv |
SmilChr05G000830 |
NAC | XP_057764550.1 |
MP00058 |
TACGTAAC |
9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 123 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G001088 |
Chr08 | NC_080394.1:8409075-8409082promoter 内 3456-3463 bp |
- | 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 8406403-8408537(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr04G004107 |
Chr04 | NC_080390.1:56019454-56019461promoter 内 3453-3460 bp |
- | 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 56020002-56021164(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr03G000405 |
Chr03 | NC_080389.1:4413568-4413575promoter 内 3452-3459 bp |
+ | 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 4411547-4413026(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr04G000660 |
Chr04 | NC_080390.1:7466479-7466486promoter 内 3451-3458 bp |
- | 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 7464990-7465936(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr06G000692 |
Chr06 | NC_080392.1:6128196-6128203promoter 内 3451-3458 bp |
- | 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 6128746-6132215(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr01G005727 |
Chr01 | NC_080387.1:73417467-73417474promoter 内 3449-3456 bp |
+ | 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 73413251-73416922(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr01G002872 |
Chr01 | NC_080387.1:47319684-47319691promoter 内 3448-3455 bp |
+ | 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 47317702-47319138(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr04G003025 |
Chr04 | NC_080390.1:46673521-46673528promoter 内 3448-3455 bp |
+ | 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 46672551-46672975(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr04G002302 |
Chr04 | NC_080390.1:37264763-37264770promoter 内 3445-3452 bp |
- | 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 37261224-37264214(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr01G005394 |
Chr01 | NC_080387.1:71211865-71211872promoter 内 3442-3449 bp |
+ | 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 71211241-71211313(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G001699 |
Chr02 | NC_080388.1:31322573-31322580promoter 内 3442-3449 bp |
- | 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 31320807-31322021(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr05G003342 |
Chr05 | NC_080391.1:43954431-43954438promoter 内 3439-3446 bp |
- | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 43951847-43953876(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr02G000471 |
Chr02 | NC_080388.1:6382302-6382309promoter 内 3436-3443 bp |
+ | 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 6376046-6381744(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G004357 |
Chr02 | NC_080388.1:65865497-65865504promoter 内 3435-3442 bp |
+ | 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 65866063-65868588(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr06G001171 |
Chr06 | NC_080392.1:11926989-11926996promoter 内 3434-3441 bp |
+ | 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 11923120-11926429(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr01G002971 |
Chr01 | NC_080387.1:48647866-48647873promoter 内 3432-3439 bp |
- | 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 48642797-48647304(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr02G000023 |
Chr02 | NC_080388.1:242809-242816promoter 内 3426-3433 bp |
+ | 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 196026-242241(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G005172 |
Chr02 | NC_080388.1:73027266-73027273promoter 内 3424-3431 bp |
- | 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 73027843-73038259(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr06G002794 |
Chr06 | NC_080392.1:40628954-40628961promoter 内 3416-3423 bp |
- | 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 40629539-40631772(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr08G002084 |
Chr08 | NC_080394.1:18725660-18725667promoter 内 3416-3423 bp |
+ | 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 18726245-18729021(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr02G000536 |
Chr02 | NC_080388.1:7391651-7391658promoter 内 3415-3422 bp |
- | 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 7392237-7393374(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr08G001070 |
Chr08 | NC_080394.1:8243502-8243509promoter 内 3415-3422 bp |
- | 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 8239637-8242923(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr05G003619 |
Chr05 | NC_080391.1:48328715-48328722promoter 内 3413-3420 bp |
- | 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 48329303-48331402(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr03G004523 |
Chr03 | NC_080389.1:63286417-63286424promoter 内 3412-3419 bp |
- | 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 63287006-63289063(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr03G000523 |
Chr03 | NC_080389.1:5619902-5619909promoter 内 3408-3415 bp |
+ | 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 5620495-5621866(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr01G006050 |
Chr01 | NC_080387.1:76012031-76012038promoter 内 3407-3414 bp |
+ | 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 76010308-76011444(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G000615 |
Chr02 | NC_080388.1:8958305-8958312promoter 内 3407-3414 bp |
- | 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 8958899-8960162(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr01G005416 |
Chr01 | NC_080387.1:71376793-71376800promoter 内 3401-3408 bp |
+ | 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 71373066-71376200(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G004659 |
Chr02 | NC_080388.1:68999598-68999605promoter 内 3393-3400 bp |
- | 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 68990617-68998997(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
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Chr08 | NC_080394.1:19015578-19015585promoter 内 3393-3400 bp |
- | 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 19016186-19017220(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G004671 |
Chr02 | NC_080388.1:69070999-69071006promoter 内 3391-3398 bp |
+ | 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 69065789-69070396(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
SmilChr02G000375 |
Chr02 | NC_080388.1:4749465-4749472promoter 内 3390-3397 bp |
- | 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 4745987-4748861(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
SmilChr03G000899 |
Chr03 | NC_080389.1:10271585-10271592promoter 内 3389-3396 bp |
- | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 10272197-10276604(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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- | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 24198554-24200004(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
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- | 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 45101105-45107898(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TTTACGTA |
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- | 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 20279628-20283822(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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- | 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 12309625-12311633(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
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+ | 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 40256844-40273096(+) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
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- | 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 38550287-38551261(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
TACGTAAA |
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+ | 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 11306956-11312575(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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+ | 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2823443-2825281(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
MP00058 |
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SMil_00021489-RA_Salv |
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MP00058 |
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SMil_00021489-RA_Salv |
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+ | 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 6683929-6684655(-) |
SMil_00021489-RA_Salv |
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+ | 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 1540443-1544384(-) |
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