转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 123 / 149 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001088 Chr08 NC_080394.1:8409075-8409082promoter 内 3456-3463 bp - 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8406403-8408537(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G004107 Chr04 NC_080390.1:56019454-56019461promoter 内 3453-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56020002-56021164(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G000405 Chr03 NC_080389.1:4413568-4413575promoter 内 3452-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4411547-4413026(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G000660 Chr04 NC_080390.1:7466479-7466486promoter 内 3451-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7464990-7465936(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G000692 Chr06 NC_080392.1:6128196-6128203promoter 内 3451-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6128746-6132215(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G005727 Chr01 NC_080387.1:73417467-73417474promoter 内 3449-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73413251-73416922(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G002872 Chr01 NC_080387.1:47319684-47319691promoter 内 3448-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47317702-47319138(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G003025 Chr04 NC_080390.1:46673521-46673528promoter 内 3448-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46672551-46672975(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G002302 Chr04 NC_080390.1:37264763-37264770promoter 内 3445-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37261224-37264214(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71211865-71211872promoter 内 3442-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 71211241-71211313(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G001699 Chr02 NC_080388.1:31322573-31322580promoter 内 3442-3449 bp - 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31320807-31322021(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G003342 Chr05 NC_080391.1:43954431-43954438promoter 内 3439-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43951847-43953876(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G000471 Chr02 NC_080388.1:6382302-6382309promoter 内 3436-3443 bp + 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6376046-6381744(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004357 Chr02 NC_080388.1:65865497-65865504promoter 内 3435-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 65866063-65868588(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G001171 Chr06 NC_080392.1:11926989-11926996promoter 内 3434-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11923120-11926429(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G002971 Chr01 NC_080387.1:48647866-48647873promoter 内 3432-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48642797-48647304(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G000023 Chr02 NC_080388.1:242809-242816promoter 内 3426-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 196026-242241(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G005172 Chr02 NC_080388.1:73027266-73027273promoter 内 3424-3431 bp - 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73027843-73038259(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr06G002794 Chr06 NC_080392.1:40628954-40628961promoter 内 3416-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40629539-40631772(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G002084 Chr08 NC_080394.1:18725660-18725667promoter 内 3416-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18726245-18729021(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G000536 Chr02 NC_080388.1:7391651-7391658promoter 内 3415-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7392237-7393374(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr08G001070 Chr08 NC_080394.1:8243502-8243509promoter 内 3415-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8239637-8242923(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G003619 Chr05 NC_080391.1:48328715-48328722promoter 内 3413-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48329303-48331402(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G004523 Chr03 NC_080389.1:63286417-63286424promoter 内 3412-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63287006-63289063(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G000523 Chr03 NC_080389.1:5619902-5619909promoter 内 3408-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5620495-5621866(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G006050 Chr01 NC_080387.1:76012031-76012038promoter 内 3407-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 76010308-76011444(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G000615 Chr02 NC_080388.1:8958305-8958312promoter 内 3407-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8958899-8960162(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G005416 Chr01 NC_080387.1:71376793-71376800promoter 内 3401-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 71373066-71376200(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:68999598-68999605promoter 内 3393-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr08G002115 Chr08 NC_080394.1:19015578-19015585promoter 内 3393-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19016186-19017220(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69070999-69071006promoter 内 3391-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69065789-69070396(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G000375 Chr02 NC_080388.1:4749465-4749472promoter 内 3390-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4745987-4748861(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G000899 Chr03 NC_080389.1:10271585-10271592promoter 内 3389-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10272197-10276604(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G001475 Chr04 NC_080390.1:24200609-24200616promoter 内 3389-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24198554-24200004(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G002851 Chr03 NC_080389.1:45100491-45100498promoter 内 3387-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45101105-45107898(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G002203 Chr07 NC_080393.1:20279014-20279021promoter 内 3387-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20279628-20283822(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
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