转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 124 / 134 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004616 Chr03 NC_080389.1:63870657-63870671promoter 内 602-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63865566-63867272(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAAAGTCGGCAGCCC
SmilChr07G001597 Chr07 NC_080393.1:13309786-13309800promoter 内 601-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13304745-13306400(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAAGTCGGCATATG
SmilChr05G002706 Chr05 NC_080391.1:31115031-31115045promoter 内 600-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31111003-31111644(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTGTCGGCGCAAA
SmilChr01G001426 Chr01 NC_080387.1:27905589-27905603promoter 内 541-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27899043-27902143(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGTTGCCGACCCTG
SmilChr06G002732 Chr06 NC_080392.1:39452855-39452869promoter 内 534-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39456322-39459476(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATATGCCGACTTGA
SmilChr02G005103 Chr02 NC_080388.1:72577028-72577042promoter 内 528-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72570454-72573569(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTCGTCGGCAAGTA
SmilChr05G003821 Chr05 NC_080391.1:51582043-51582057promoter 内 469-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51585575-51589165(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCGTCGGCAGCCA
SmilChr06G000156 Chr06 NC_080392.1:1091336-1091350promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1081208-1087748(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GATTGTCGGCCGAAC
SmilChr01G002958 Chr01 NC_080387.1:48448250-48448264promoter 内 381-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48451870-48455831(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATTGCCGACTTCT
SmilChr02G005571 Chr02 NC_080388.1:75594197-75594211promoter 内 376-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75597822-75602866(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTCATCGACATCA
SmilChr06G001987 Chr06 NC_080392.1:25289003-25289017promoter 内 372-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25292632-25292716(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCTCCCA
SmilChr07G002906 Chr07 NC_080393.1:29469394-29469408promoter 内 350-364 bp + 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29473045-29475715(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCAAGGCCGACAATA
SmilChr05G002910 Chr05 NC_080391.1:34990152-34990166promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34985271-34986392(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAAGTCGGCATATG
SmilChr04G001744 Chr04 NC_080390.1:28725435-28725449promoter 内 217-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28729219-28736216(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAAGTCGGCATATG
SmilChr06G001988 Chr06 NC_080392.1:25289003-25289017promoter 内 212-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25292792-25292881(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTGTCGGCTCCCA
SmilChr03G004375 Chr03 NC_080389.1:61967688-61967702promoter 内 193-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 61963128-61963894(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTGTTTA
SmilChr05G000892 Chr05 NC_080391.1:7054406-7054420promoter 内 189-203 bp - 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7058218-7062033(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACAGGTCGGCAATCT
SmilChr06G002581 Chr06 NC_080392.1:37046568-37046582promoter 内 177-191 bp - 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 37042183-37042758(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTTGCCGACGAAC
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52387969-52387983promoter 内 157-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATATGCCGACTTGA
SmilChr07G000731 Chr07 NC_080393.1:5109171-5109185promoter 内 152-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5103409-5105336(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCTGCCGACCACG
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65105949-65105963promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 65099193-65102096(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATATGCCGACTTGA
SmilChr02G000400 Chr02 NC_080388.1:4941033-4941047promoter 内 122-136 bp + 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4944912-4948191(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGAGGCCGACAAGC
SmilChr01G003900 Chr01 NC_080387.1:57293264-57293278promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57286627-57289352(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCAAAACCGACATAC
SmilChr07G002112 Chr07 NC_080393.1:19234613-19234627promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19238587-19244873(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GACCGGCCGACAGGG
SmilChr05G002005 Chr05 NC_080391.1:20750476-20750490promoter 内 2590-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 20751887-20755958(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCTGGTG
SmilChr03G000686 Chr03 NC_080389.1:7669662-7669676promoter 内 2450-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 7671213-7673668(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGGCGCCGACAGAA
SmilChr01G004319 Chr01 NC_080387.1:61367375-61367389promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61367426-61371693(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTGTCGGCTGGCT
SmilChr04G001646 Chr04 NC_080390.1:27372261-27372275promoter 内 3853-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27368450-27372127(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTGTCGGCTGGAG
SmilChr03G002186 Chr03 NC_080389.1:34121728-34121742promoter 内 3662-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34120726-34121403(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCCTGCCGACTTTA
SmilChr02G001524 Chr02 NC_080388.1:28371827-28371841promoter 内 3605-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28372223-28372725(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGTCGGCCATTT
SmilChr08G002412 Chr08 NC_080394.1:22906191-22906205promoter 内 3543-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22906649-22907149(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCTGTCGGCCGATG
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68117763-68117777promoter 内 3485-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68118279-68120350(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATAGACCGACATTA
SmilChr01G005008 Chr01 NC_080387.1:68117763-68117777promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68114845-68117255(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGTCTATT
SmilChr01G005227 Chr01 NC_080387.1:69813590-69813604promoter 内 3437-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69808976-69813040(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTCTGCCGACGAAG
SmilChr04G000634 Chr04 NC_080390.1:7205940-7205954promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7202489-7205381(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATTGTCGGCAAAAT
SmilChr08G003396 Chr08 NC_080394.1:35810596-35810610promoter 内 3416-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35811181-35827137(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCCTGCCGACTCGC
SmilChr07G004173 Chr07 NC_080393.1:53679406-53679420promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53672621-53678812(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCGTCGGCATCGC
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SmilChr04G003284 Chr04 NC_080390.1:49525348-49525362promoter 内 3352-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49523192-49524713(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTATGCCGACTTCA
SmilChr05G001299 Chr05 NC_080391.1:11212482-11212496promoter 内 3312-3326 bp + 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11213171-11220589(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCCTGCCGACTCGC
SmilChr04G003212 Chr04 NC_080390.1:48956738-48956752promoter 内 3260-3274 bp + 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48953395-48956011(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCGTCGGCATCGC
SmilChr04G003004 Chr04 NC_080390.1:46432965-46432979promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46433725-46436281(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCGTCGGCATCGC
SmilChr06G001713 Chr06 NC_080392.1:19725083-19725097promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19722674-19724315(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATGTCGGTTTATG
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51042037-51042051promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51039238-51041256(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTGTTTT
SmilChr02G002121 Chr02 NC_080388.1:37965305-37965319promoter 内 3178-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37962620-37964496(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATTGTCGGCCATTA
SmilChr02G004796 Chr02 NC_080388.1:70154452-70154466promoter 内 3093-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70148259-70153558(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATATGCCGACCTCA
SmilChr02G001779 Chr02 NC_080388.1:32574322-32574336promoter 内 2995-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32575328-32579569(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCCATTA
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SmilChr02G004797 Chr02 NC_080388.1:70154452-70154466promoter 内 2878-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70155575-70159505(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGGTCGGCATATT
SmilChr03G002085 Chr03 NC_080389.1:32085662-32085676promoter 内 2862-2876 bp - 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32080679-32084537(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTAGGCCGACAAAG