转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 126 / 144 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001055 Chr03 NC_080389.1:12260861-12260873promoter 内 2187-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 12255155-12259059(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATTTTGACTTTA
SmilChr03G001890 Chr03 NC_080389.1:26389346-26389358promoter 内 2157-2169 bp - 1832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26385874-26387514(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53231614-53231626promoter 内 2120-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53233495-53234247(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAGTTTGACTTTC
SmilChr03G004327 Chr03 NC_080389.1:61631968-61631980promoter 内 2096-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 61619444-61630075(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAAAAA
SmilChr03G002562 Chr03 NC_080389.1:40818728-40818740promoter 内 2091-2103 bp - 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40820638-40821840(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAGTTGACTCCG
SmilChr01G003557 Chr01 NC_080387.1:54192988-54193000promoter 内 2067-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54188417-54191066(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAGTTTGACTTTG
SmilChr04G001489 Chr04 NC_080390.1:24340075-24340087promoter 内 2031-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24336566-24338117(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAAAATC
SmilChr03G003969 Chr03 NC_080389.1:58730298-58730310promoter 内 2018-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 58727566-58728327(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACTCT
SmilChr01G000755 Chr01 NC_080387.1:16621405-16621417promoter 内 2015-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16623391-16625864(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAATGT
SmilChr03G004437 Chr03 NC_080389.1:62508617-62508629promoter 内 2015-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62503412-62506643(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CATTTTGACTTTT
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16330751-16330763promoter 内 2002-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16332750-16336805(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr03G001934 Chr03 NC_080389.1:27354383-27354395promoter 内 1996-2008 bp + 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27351809-27352390(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACTTTGACTTAC
SmilChr01G000116 Chr01 NC_080387.1:1984237-1984249promoter 内 1992-2004 bp + 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1986246-1987674(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAATCG
SmilChr03G004118 Chr03 NC_080389.1:60064499-60064511promoter 内 1968-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60061823-60062478(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTTATTGACTTTT
SmilChr03G001702 Chr03 NC_080389.1:22623297-22623309promoter 内 1959-1971 bp + 2030 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22625339-22626262(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr03G004191 Chr03 NC_080389.1:60582147-60582159promoter 内 1943-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60584205-60587429(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAAGGCA
SmilChr04G001384 Chr04 NC_080390.1:22508881-22508893promoter 内 1894-1906 bp + 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22510988-22514581(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr01G004875 Chr01 NC_080387.1:66843647-66843659promoter 内 1882-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 66839456-66841540(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACAGTCAACTAC
SmilChr02G001313 Chr02 NC_080388.1:24355606-24355618promoter 内 1860-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 24351347-24353477(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr01G000799 Chr01 NC_080387.1:17283138-17283150promoter 内 1858-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17278698-17281007(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAATGT
SmilChr03G001712 Chr03 NC_080389.1:22902323-22902335promoter 内 1845-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22904479-22920232(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACTTTGACTTAC
SmilChr02G002784 Chr02 NC_080388.1:47918640-47918652promoter 内 1841-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47920800-47924013(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTGTTGACTACT
SmilChr02G000138 Chr02 NC_080388.1:1867798-1867810promoter 内 1820-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1864280-1865629(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCGATTGACTTTT
SmilChr04G001316 Chr04 NC_080390.1:21080682-21080694promoter 内 1811-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21082872-21088011(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr02G002432 Chr02 NC_080388.1:42332833-42332845promoter 内 1810-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 42335024-42336319(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAGTTTGACTTTC
SmilChr02G004351 Chr02 NC_080388.1:65778186-65778198promoter 内 1804-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 65764145-65776001(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCTGTTGACTAGT
SmilChr02G004982 Chr02 NC_080388.1:71706269-71706281promoter 内 1801-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 71701068-71704081(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAATG
SmilChr03G000815 Chr03 NC_080389.1:9326399-9326411promoter 内 1796-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9321230-9324206(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGGTTGACTACT
SmilChr03G000816 Chr03 NC_080389.1:9333938-9333950promoter 内 1796-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9328780-9331745(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGGTTGACTACT
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39203118-39203130promoter 内 1757-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39195515-39200886(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr03G000194 Chr03 NC_080389.1:2174644-2174656promoter 内 1741-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2169373-2172396(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGGTTGACTACT
SmilChr02G003439 Chr02 NC_080388.1:55661276-55661288promoter 内 1730-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55663547-55668086(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACTCT
SmilChr04G000777 Chr04 NC_080390.1:9520911-9520923promoter 内 1703-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9516582-9518625(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAAAGTG
SmilChr02G000539 Chr02 NC_080388.1:7423718-7423730promoter 内 1649-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7426070-7429307(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAAAAA
SmilChr03G001167 Chr03 NC_080389.1:13434278-13434290promoter 内 1643-1655 bp - 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13436636-13439364(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGGTTGACTACT
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