转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 13 / 121 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000911 Chr03 NC_080389.1:10430465-10430479promoter 内 1339-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 10433127-10435931(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAACGC
SmilChr04G003386 Chr04 NC_080390.1:50423009-50423023promoter 内 1002-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 50417948-50420024(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCTGGATCTGAT
SmilChr04G003491 Chr04 NC_080390.1:51353756-51353770promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 51350130-51350609(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAGTAGATCTGAG
SmilChr04G002904 Chr04 NC_080390.1:45303367-45303381promoter 内 806-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45306562-45311443(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAACTTC
SmilChr02G003444 Chr02 NC_080388.1:55708236-55708250promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55711553-55713525(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGTTTGGATCTGAG
SmilChr03G002339 Chr03 NC_080389.1:36860919-36860933promoter 内 128-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 36864792-36867431(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTAGATCTGGG
SmilChr03G002338 Chr03 NC_080389.1:36859877-36859891promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 36855823-36855895(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTAGATCTGGG
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10212211-10212225promoter 内 1925-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 7 10208037-10210149(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCGCC
SmilChr03G003675 Chr03 NC_080389.1:55583349-55583363promoter 内 3184-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 6 55584166-55587978(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAACCAGATCTGAA
SmilChr01G001174 Chr01 NC_080387.1:23797459-23797473promoter 内 2555-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 23798905-23802993(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGACAG
SmilChr03G003349 Chr03 NC_080389.1:51824910-51824924promoter 内 2518-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 51826393-51831369(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGAAGCG
SmilChr04G002664 Chr04 NC_080390.1:42048836-42048850promoter 内 1606-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 42044750-42046455(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAACCAGATCTGAA
SmilChr01G001170 Chr01 NC_080387.1:23797459-23797473promoter 内 1478-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 23750700-23794950(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGTCCAGATCTGAG
SmilChr04G002665 Chr04 NC_080390.1:42048903-42048917promoter 内 339-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 42052565-42058974(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGTTTG
SmilChr01G002603 Chr01 NC_080387.1:44233294-44233308promoter 内 3554-3568 bp - 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 44231924-44232861(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGGA
SmilChr03G000363 Chr03 NC_080389.1:4075520-4075534promoter 内 2769-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 4076752-4077935(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGAAGCG
SmilChr03G003141 Chr03 NC_080389.1:48629651-48629665promoter 内 2377-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 48627339-48628041(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCGCC
SmilChr03G001960 Chr03 NC_080389.1:28084946-28084960promoter 内 2258-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 28086689-28096713(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGGA
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23376243-23376257promoter 内 3896-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 23372046-23376152(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATACAGATCTGAA
SmilChr01G006201 Chr01 NC_080387.1:77709064-77709078promoter 内 3881-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 77707736-77708958(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGTCCAGATCTGAT
SmilChr01G004034 Chr01 NC_080387.1:58770273-58770287promoter 内 3777-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 58770497-58773294(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTAGG
SmilChr04G000728 Chr04 NC_080390.1:8584159-8584173promoter 内 3582-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 8582907-8583754(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAACCAGATCTGCT
SmilChr04G003804 Chr04 NC_080390.1:54211296-54211310promoter 内 3028-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 54207914-54210337(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGGA
SmilChr03G001859 Chr03 NC_080389.1:25664031-25664045promoter 内 2520-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 25665512-25673179(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGATGA
SmilChr03G001959 Chr03 NC_080389.1:28084946-28084960promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 28080979-28081779(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCGCC
SmilChr01G002604 Chr01 NC_080387.1:44238719-44238733promoter 内 3204-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 44234632-44237936(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGGA
SmilChr02G001446 Chr02 NC_080388.1:27132957-27132971promoter 内 3022-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 27128730-27131992(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTGCT
SmilChr02G000993 Chr02 NC_080388.1:17443691-17443705promoter 内 2849-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17444843-17447884(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTGGG
SmilChr02G000992 Chr02 NC_080388.1:17443691-17443705promoter 内 2807-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17438728-17442511(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAATTCA
SmilChr01G005650 Chr01 NC_080387.1:72889285-72889299promoter 内 2723-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 72886878-72888021(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGATTC
SmilChr01G005339 Chr01 NC_080387.1:70622433-70622447promoter 内 2525-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 70623909-70625403(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGTTTCC
SmilChr02G001146 Chr02 NC_080388.1:20853690-20853704promoter 内 2403-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 20849516-20852106(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGGTACC
SmilChr05G000600 Chr05 NC_080391.1:4515118-4515132promoter 内 1889-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 4508429-4513020(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTCCAGATCTGTA
SmilChr04G003082 Chr04 NC_080390.1:47417902-47417916promoter 内 1123-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 47420780-47424560(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGGTCCA
SmilChr01G005358 Chr01 NC_080387.1:70798824-70798838promoter 内 1017-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 70801808-70804098(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGGA
SmilChr01G004932 Chr01 NC_080387.1:67379275-67379289promoter 内 851-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 67372644-67376139(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTACCAGATCTGGG
SmilChr04G003145 Chr04 NC_080390.1:48089700-48089714promoter 内 803-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 48078670-48086516(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGTATT
SmilChr02G000697 Chr02 NC_080388.1:11089780-11089794promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 11093168-11094617(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGCACT
SmilChr01G001218 Chr01 NC_080387.1:24446431-24446445promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 24450354-24518435(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCGGGATCTGAT
SmilChr02G005163 Chr02 NC_080388.1:72966845-72966859promoter 内 3931-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72966915-72976046(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCCGGATCTGAA
SmilChr01G004242 Chr01 NC_080387.1:60725609-60725623promoter 内 2636-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 60723333-60724258(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTGGG
SmilChr02G002581 Chr02 NC_080388.1:44865350-44865364promoter 内 2355-2369 bp - 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44859629-44863718(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCCGCG
SmilChr01G001175 Chr01 NC_080387.1:23811667-23811681promoter 内 2040-2054 bp + 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23813628-23815370(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCGGGATCTGAT
SmilChr02G005002 Chr02 NC_080388.1:71818758-71818772promoter 内 1630-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 71821129-71821929(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGAAGC
SmilChr02G004886 Chr02 NC_080388.1:70947022-70947036promoter 内 1537-1551 bp + 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 70938481-70944572(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATAG
SmilChr05G000838 Chr05 NC_080391.1:6611662-6611676promoter 内 734-748 bp - 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 6614929-6633581(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGAAGC
SmilChr04G000664 Chr04 NC_080390.1:7505896-7505910promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7500051-7502561(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCTAGATCTGCT
SmilChr02G005162 Chr02 NC_080388.1:72966845-72966859promoter 内 443-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72961236-72963301(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGGGTTT
SmilChr01G004035 Chr01 NC_080387.1:58770273-58770287promoter 内 390-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 58773884-58775054(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTAGG
SmilChr01G001176 Chr01 NC_080387.1:23811667-23811681promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23815457-23819500(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCGGGATCTGAT