转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 131 / 148 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003672 Chr02 NC_080388.1:58099520-58099533promoter 内 1436-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58102085-58104031(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGCTTCACGTGA
SmilChr02G000563 Chr02 NC_080388.1:7943175-7943188promoter 内 1334-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7939880-7940521(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr03G003059 Chr03 NC_080389.1:47483217-47483230promoter 内 1334-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47479371-47480563(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr04G002009 Chr04 NC_080390.1:32589250-32589263promoter 内 1334-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32585835-32586596(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr03G001142 Chr03 NC_080389.1:13170056-13170069promoter 内 1332-1345 bp - 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13172725-13173879(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr02G001003 Chr02 NC_080388.1:17702180-17702193promoter 内 1328-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17698591-17699520(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr01G001871 Chr01 NC_080387.1:33737295-33737308promoter 内 1321-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 33733246-33734628(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr02G003537 Chr02 NC_080388.1:56515228-56515241promoter 内 1295-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56517934-56519916(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGATTTCACGTGT
SmilChr01G000629 Chr01 NC_080387.1:14053313-14053326promoter 内 1280-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14056034-14057146(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATCACTCACGTGG
SmilChr05G003546 Chr05 NC_080391.1:47360187-47360200promoter 内 1247-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47356931-47357446(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCTTTTCACGTGG
SmilChr06G000619 Chr06 NC_080392.1:5412064-5412077promoter 内 1236-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5403941-5409312(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGTCAACA
SmilChr07G002259 Chr07 NC_080393.1:20796006-20796019promoter 内 1231-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20792285-20793249(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAAGTAT
SmilChr07G000043 Chr07 NC_080393.1:181132-181145promoter 内 1226-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 183907-185313(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATTGGAT
SmilChr02G001401 Chr02 NC_080388.1:26596046-26596059promoter 内 1165-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 26591744-26593223(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAAAATTCACGTGA
SmilChr04G000864 Chr04 NC_080390.1:10931847-10931860promoter 内 1159-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10934689-10937102(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTCAGAG
SmilChr06G002206 Chr06 NC_080392.1:30634055-30634068promoter 内 1139-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30636917-30638254(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTTCAG
SmilChr03G004442 Chr03 NC_080389.1:62562960-62562973promoter 内 1123-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62559979-62560095(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTCCTACACGTGG
SmilChr03G001199 Chr03 NC_080389.1:13828623-13828636promoter 内 1120-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13831504-13832646(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAATTTC
SmilChr06G001780 Chr06 NC_080392.1:20822117-20822130promoter 内 1085-1098 bp - 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 20825033-20829097(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAAGTATA
SmilChr05G002994 Chr05 NC_080391.1:36757231-36757244promoter 内 1067-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36760165-36762168(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGAGGTCACGCGA
SmilChr04G003291 Chr04 NC_080390.1:49626026-49626039promoter 内 1066-1079 bp + 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49628961-49629032(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTAACTCACGTGA
SmilChr01G000272 Chr01 NC_080387.1:5411254-5411267promoter 内 1048-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5414207-5415073(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGCAT
SmilChr02G001795 Chr02 NC_080388.1:32718962-32718975promoter 内 971-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32721992-32722846(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGAAATCACGTGC
SmilChr08G000535 Chr08 NC_080394.1:3899871-3899884promoter 内 923-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 3896135-3896806(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTCGCTT
SmilChr01G000651 Chr01 NC_080387.1:14491699-14491712promoter 内 881-894 bp - 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 14494819-14495241(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGTGATT
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25617138-25617151promoter 内 842-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25607442-25613992(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTAGTAC
SmilChr02G003598 Chr02 NC_080388.1:57168287-57168300promoter 内 841-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57171447-57173363(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGATTTCACGTGT
SmilChr05G002855 Chr05 NC_080391.1:34046112-34046125promoter 内 811-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34049302-34051225(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAGGAATCACGTGC
SmilChr04G002028 Chr04 NC_080390.1:32986759-32986772promoter 内 774-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 32989986-32991479(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTAGTAC
SmilChr05G001526 Chr05 NC_080391.1:13991768-13991781promoter 内 697-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13987881-13988477(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTCGCTT
SmilChr07G003473 Chr07 NC_080393.1:38947720-38947733promoter 内 688-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 38951033-38953195(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTTAAT
SmilChr07G000041 Chr07 NC_080393.1:181132-181145promoter 内 669-682 bp - 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 177684-177813(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCCAATCACGTGG
SmilChr06G002016 Chr06 NC_080392.1:25939430-25939443promoter 内 656-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 25933015-25936098(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTGAAATCACGTGC
SmilChr01G004844 Chr01 NC_080387.1:66581293-66581306promoter 内 653-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 66584641-66588933(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATGAGAG
SmilChr03G003565 Chr03 NC_080389.1:54287009-54287022promoter 内 607-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54290403-54295528(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAAACTCACGTGT
SmilChr02G004940 Chr02 NC_080388.1:71369343-71369356promoter 内 552-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 71362767-71365907(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAGTGTAT
SmilChr05G001527 Chr05 NC_080391.1:13991768-13991781promoter 内 534-547 bp + 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 13995235-14000208(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGCGAGCACGTGG
SmilChr08G000942 Chr08 NC_080394.1:7016519-7016532promoter 内 485-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7010771-7013016(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAAAATGCACGTGG
SmilChr05G000656 Chr05 NC_080391.1:4946905-4946918promoter 内 434-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4942157-4943351(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAATCACGTGC
SmilChr04G001880 Chr04 NC_080390.1:30711300-30711313promoter 内 400-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30707374-30707712(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAAAGAA
SmilChr07G003944 Chr07 NC_080393.1:49823544-49823557promoter 内 399-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 49811741-49819955(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTACAC
SmilChr06G001652 Chr06 NC_080392.1:18723926-18723939promoter 内 349-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18716913-18720287(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGCATACACGTGG
SmilChr04G002282 Chr04 NC_080390.1:37063281-37063294promoter 内 286-299 bp - 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 37056328-37059579(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATACTTTCACGTGG
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28554151-28554164promoter 内 244-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACTGAACACGTGG
SmilChr02G004563 Chr02 NC_080388.1:68141123-68141136promoter 内 204-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68144920-68148537(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTACAC
SmilChr04G004086 Chr04 NC_080390.1:55899878-55899891promoter 内 164-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55892825-55896054(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCATGCAT
SmilChr05G000068 Chr05 NC_080391.1:329129-329142promoter 内 136-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 332994-334220(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTTCTCTCACGTGG
SmilChr02G002051 Chr02 NC_080388.1:36924009-36924022promoter 内 63-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 36927947-36929065(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATTCCTG
SmilChr03G001135 Chr03 NC_080389.1:13084128-13084141promoter 内 3947-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 13084182-13087539(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAAAATCACGTGA
SmilChr06G001572 Chr06 NC_080392.1:17171395-17171408promoter 内 3827-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 17164366-17171234(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAATTTACACGTGG