转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 132 / 142 下载 TSV

上一页 132 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G001846 Chr05 NC_080391.1:18489485-18489499promoter 内 3551-3565 bp + 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 18486971-18489049(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGAGA
SmilChr05G000159 Chr05 NC_080391.1:1274612-1274626promoter 内 3283-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 1270695-1273908(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCTGCC
SmilChr08G004792 Chr08 NC_080394.1:57219059-57219073promoter 内 1816-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 57221244-57222305(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTTCTGT
SmilChr02G002123 Chr02 NC_080388.1:37997103-37997117promoter 内 590-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 38000514-38005590(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGAGA
SmilChr03G003096 Chr03 NC_080389.1:48012934-48012948promoter 内 3976-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48012061-48012923(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGGTAGGTACT
SmilChr07G004013 Chr07 NC_080393.1:51210055-51210069promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51209464-51210036(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAGGAGTAGGTGAG
SmilChr02G002869 Chr02 NC_080388.1:48883987-48884001promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48884044-48887808(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAATACTAG
SmilChr06G002818 Chr06 NC_080392.1:40889703-40889717promoter 内 3941-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40889763-40891162(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTCTCCA
SmilChr06G002969 Chr06 NC_080392.1:42516363-42516377promoter 内 3887-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42516477-42517256(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACTACACA
SmilChr03G003064 Chr03 NC_080389.1:47584226-47584240promoter 内 3859-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47584368-47589089(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTAAAGTAGGTGAG
SmilChr03G004445 Chr03 NC_080389.1:62588028-62588042promoter 内 3842-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62583977-62587883(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCAAAT
SmilChr07G000583 Chr07 NC_080393.1:3983485-3983499promoter 内 3639-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3980237-3983137(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATGTAGTAGGTGTA
SmilChr03G001611 Chr03 NC_080389.1:20519438-20519452promoter 内 3594-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20517963-20519045(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCAGAAGTAGGTGTG
SmilChr06G002119 Chr06 NC_080392.1:28398436-28398450promoter 内 3568-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28398869-28419858(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGAATTAGGTGGA
SmilChr06G001041 Chr06 NC_080392.1:10300966-10300980promoter 内 3562-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10301405-10301477(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACAGTAGGTGAG
SmilChr02G004965 Chr02 NC_080388.1:71563962-71563976promoter 内 3420-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71562197-71563395(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTTGGTTAGGTGGT
SmilChr05G002419 Chr05 NC_080391.1:26703575-26703589promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26701311-26702960(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCAAAGTAGGTGAA
SmilChr01G004818 Chr01 NC_080387.1:66353584-66353598promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66354225-66356865(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGAGA
SmilChr02G000531 Chr02 NC_080388.1:7308885-7308899promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7309550-7325735(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGC
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36449532-36449546promoter 内 3317-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36450216-36450997(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGTAAGTAGGTGGT
SmilChr05G000164 Chr05 NC_080391.1:1309937-1309951promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1306150-1309232(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCTGCC
SmilChr01G004242 Chr01 NC_080387.1:60724992-60725006promoter 内 3253-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60723333-60724258(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTCCCCACCACCAC
SmilChr07G000424 Chr07 NC_080393.1:2956229-2956243promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2954125-2955483(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATGAAGTAGGTGAA
SmilChr02G002524 Chr02 NC_080388.1:43921032-43921046promoter 内 3183-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43921850-43925405(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTCCCCACCACCAC
SmilChr02G001581 Chr02 NC_080388.1:29535113-29535127promoter 内 3070-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29531658-29534196(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGAAGTAGGTGTT
SmilChr08G004058 Chr08 NC_080394.1:49206059-49206073promoter 内 3054-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49202781-49205126(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACTACACA
SmilChr03G003233 Chr03 NC_080389.1:50137366-50137380promoter 内 2980-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50133213-50136359(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCAAAGTAGGTGTG
SmilChr06G003228 Chr06 NC_080392.1:45025570-45025584promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45017852-45024547(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAATAGTAGGTGTG
SmilChr05G000649 Chr05 NC_080391.1:4915409-4915423promoter 内 2946-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4911563-4914368(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGAGA
SmilChr07G000885 Chr07 NC_080393.1:6343935-6343949promoter 内 2881-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6345055-6348080(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCTAATA
SmilChr07G001904 Chr07 NC_080393.1:16445718-16445732promoter 内 2838-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16441055-16444569(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGCCAGTAGGTGTA
SmilChr03G000030 Chr03 NC_080389.1:376982-376996promoter 内 2828-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 378155-379450(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTAGGTAGGTGTT
SmilChr01G002484 Chr01 NC_080387.1:42566057-42566071promoter 内 2809-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42567249-42570302(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCAGCT
SmilChr03G002780 Chr03 NC_080389.1:44232663-44232677promoter 内 2772-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44233892-44235338(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACTGCCGG
SmilChr03G000559 Chr03 NC_080389.1:6063061-6063075promoter 内 2761-2775 bp + 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6058931-6061835(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTATA
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