Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因，每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 133 / 133 下载 TSV

上一页 133 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002673 Chr02 NC_080388.1:46328197-46328206promoter 内 200-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 46331998-46335353(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTT
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47318169-47318178promoter 内 177-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47321993-47324609(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGAC
SmilChr01G005283 Chr01 NC_080387.1:70207454-70207463promoter 内 94-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 70211361-70212134(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGTC
SmilChr01G004425 Chr01 NC_080387.1:62348155-62348164promoter 内 80-89 bp + 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62352076-62356845(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGAC
SmilChr01G003992 Chr01 NC_080387.1:58352650-58352659promoter 内 61-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 58345415-58348719(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTT
SmilChr02G005123 Chr02 NC_080388.1:72700510-72700519promoter 内 57-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72704454-72705792(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGTC
SmilChr02G004749 Chr02 NC_080388.1:69697310-69697319promoter 内 35-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 69690685-69693353(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTT
SmilChr02G000471 Chr02 NC_080388.1:6381919-6381928promoter 内 3817-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6376046-6381744(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGTTATCTG
SmilChr01G003212 Chr01 NC_080387.1:50901429-50901438promoter 内 3805-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50894465-50901242(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr01G005132 Chr01 NC_080387.1:69113301-69113310promoter 内 3626-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69112292-69112935(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCG
SmilChr02G001735 Chr02 NC_080388.1:31890626-31890635promoter 内 3532-3541 bp + 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31887148-31890166(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr01G004402 Chr01 NC_080387.1:62136019-62136028promoter 内 3483-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62136537-62138406(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr02G004890 Chr02 NC_080388.1:70957723-70957732promoter 内 3254-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70954559-70956985(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCG
SmilChr01G003410 Chr01 NC_080387.1:52758753-52758762promoter 内 3025-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52755441-52757786(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7892645-7892654promoter 内 2869-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7893777-7896454(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr02G004939 Chr02 NC_080388.1:71363712-71363721promoter 内 2845-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71360734-71362565(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr02G003695 Chr02 NC_080388.1:58405903-58405912promoter 内 2824-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58407080-58409466(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr02G005008 Chr02 NC_080388.1:71888803-71888812promoter 内 2756-2765 bp + 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71890048-71893121(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr02G004984 Chr02 NC_080388.1:71727983-71727992promoter 内 2606-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71729378-71732730(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr01G005971 Chr01 NC_080387.1:75384446-75384455promoter 内 2576-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75385871-75386831(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53113969-53113978promoter 内 2496-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53109246-53112473(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr02G002716 Chr02 NC_080388.1:47006788-47006797promoter 内 2203-2212 bp - 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47008586-47011369(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72430227-72430236promoter 内 2004-2013 bp - 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCG
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48473074-48473083promoter 内 1993-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGTTATCTG
SmilChr02G002821 Chr02 NC_080388.1:48307929-48307938promoter 内 1974-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48309956-48312817(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr01G004178 Chr01 NC_080387.1:60229647-60229656promoter 内 1647-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60222171-60227302(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr02G003628 Chr02 NC_080388.1:57614027-57614036promoter 内 1433-1442 bp - 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57616595-57617995(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr01G001394 Chr01 NC_080387.1:27437344-27437353promoter 内 1397-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 27433553-27434749(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr02G000076 Chr02 NC_080388.1:977590-977599promoter 内 1288-1297 bp + 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 972487-974886(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr01G003734 Chr01 NC_080387.1:55634063-55634072promoter 内 1100-1109 bp - 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55629769-55631171(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr01G001836 Chr01 NC_080387.1:33290656-33290665promoter 内 921-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33293736-33296848(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71363712-71363721promoter 内 872-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCT
SmilChr01G001294 Chr01 NC_080387.1:25763478-25763487promoter 内 609-618 bp + 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25766870-25771005(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCG
SmilChr01G003379 Chr01 NC_080387.1:52473703-52473712promoter 内 398-407 bp - 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52466624-52470109(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACCG
SmilChr02G004319 Chr02 NC_080388.1:65504393-65504402promoter 内 390-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65508004-65510566(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGTTATCTG
SmilChr01G005697 Chr01 NC_080387.1:73238227-73238236promoter 内 350-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73241878-73242772(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70957723-70957732promoter 内 184-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70961540-70963494(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGGTTATCTG
SmilChr01G001211 Chr01 NC_080387.1:24339324-24339333promoter 内 10-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24343315-24345554(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGTTATCTG